Pacbio Full-lengde transkriptom

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, muliggjør nøyaktig identifikasjon av transkripsjonsisoformer, kaster lys over alternativ polyadenylering og spleising, og fører til mer nøyaktig genekspresjonsanalyse. BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome-pipeline er designet for å analysere cDNA-biblioteker sekvensert i Circular Consensus Sequencing (CCS)-modus og identifiserer Full-Length Non-Chimeric (FLNC)-sekvenser, som deretter grupperes i ikke-redundante transkripsjoner. En påfølgende BUSCO-analyse vurderer fullstendigheten av transkriptomsammenstillingen. Fra det sammensatte transkriptomet utføres flere analyser: alternativ spleising, enkel sekvensrepetisjon (SSR), prediksjon av lncRNA og tilsvarende målgener, prediksjon av nye gener, genfamilieanalyse, transkripsjonsfaktoranalyse og funksjonell annotering av transkripsjoner.