Nanopore-basert transkriptomsekvensering i full lengde
Nanopore-sekvensering skiller seg fra andre sekvenseringsplattformer ved at nukleotidene leses direkte uten DNA-syntese og genererer lange lesninger ved titalls kilobaser. Dette gir direkte lesing av full-lengde transkripsjoner og takler utfordringene i transkriptomiske studier.
√ Lav sekvensspesifikk skjevhet
√ Full-lengde avlesning av cDNA til for studier av genstruktur
√ Mindre data kreves for å dekke samme antall transkripsjoner
√ Identifikasjon av flere isoformer per gen
√ Uttrykk kvantifisering på isoform-nivå
Typisk bioinformatikkpipeline
Siste vellykkede tilfeller med biomarkørteknologier
1. Sammenlignende analyser av full-lengde transkriptomer avslører Gnetum luofuense stammens utviklingsdynamikk
Tidsskrift: Frontiers in Genetics
Publisert: mars 2021
Nøkkelord: MinION | Alternativ skjøting | APA | lncRNA | Differensielt uttrykte transkripsjoner
Les fulltekst
2. Enveis bevegelse av små RNA-er fra skudd til røtter i interspesifikke heterografter
Tidsskrift: Naturplanter
Publisert: januar 2021
Nøkkelord: Nanopore | Illumina | full-lengde mobil mRNA-deteksjon
3. Transkriptomanalyse i full lengde av aspargesrøtter avslører den molekylære mekanismen for salttoleranse indusert av arbuskulære mykorrhizale sopp
Tidsskrift: Environmental and Experimental Botany
Publisert: januar 2021
Nøkkelord: MinION | Differensielt uttrykte transkripsjoner | Transkripsjonsfaktorer | Alternativ skjøting
4. Fysiologiske karakteristiske endringer og full-lengde transkriptom av rose (Rosa chinensis) røtter og blader som svar på tørkestress
Tidsskrift: Plante- og cellefysiologi
Publisert: oktober 2020
Nøkkelord: PromethION | Differensielt uttrykte transkripsjoner | Funksjonell prediksjon | Skjøtede isoformer | TF og lncRNA
5. Analyse og omfattende sammenligning av PacBio og nanoporebasert RNA-sekvensering av Arabidopsis-transkriptomet
Journal: Plantemetode
Publisert: april 2020
Nøkkelord: GridION | PromethION | PacBio-oppfølger | Illumina NovaSeq | Genomjustering | Transkripsjonsidentifikasjon | Alternativ skjøting | SSR | LncRNA | Isoform kvantifisering
Nyheter og høydepunkter tar sikte på å dele de siste vellykkede tilfellene med Biomarker Technologies, fange nye vitenskapelige prestasjoner samt fremtredende teknikker brukt under studien.
Innleggstid: Jan-08-2022