Nanopore Transkriptom i full lengde

Nanopore transkriptomsekvensering er en kraftig metode for sekvensering av cDNA i full lengde, nøyaktig identifisering og kvantifisering av transkriptisoformer. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline er designet for å analysere RNA-Seq-data generert på Nanopore-plattformen mot et høykvalitets godt kommentert referansegenom, og gir kvalitativ og kvantitativ analyse på både gen- og transkripsjonsnivå. Etter kvalitetskontroll oppnås ikke-kimære (FLNC) sekvenser i full lengde og konsensussekvenser kartlegges til referansegenomet for å fjerne overflødige transkripsjoner. Fra dette transkripsjonssettet kvantifiseres uttrykket og differensielt uttrykte gener og transkripsjoner identifiseres og funksjonelt kommenteres. Rørledningen inkluderer også alternativ polyadenylering (APA) analyse, alternativ spleisingsanalyse, enkel sekvensrepetisjon (SSR) analyse, prediksjon av lncRNA og tilsvarende mål, prediksjon av kodende sekvenser (CDS), genfamilieanalyse, transkripsjonsfaktoranalyse, prediksjon av nye gener og funksjonell merknad av transkripsjoner.