Transkriptom er koblingen mellom genomisk genetisk informasjon og proteomet av biologisk funksjon. Regulering av transkripsjonsnivå er den viktigste og mest studerte reguleringsmodusen for organismer. Transkriptomsekvensering kan sekvensere transkriptomet når som helst eller under enhver tilstand, med en oppløsning nøyaktig til et enkelt nukleotid. Det kan dynamisk gjenspeile nivået av gentranskripsjon, samtidig identifisere og kvantifisere sjeldne og normale transkripsjoner, og gi strukturell informasjon om prøve spesifikke transkripsjoner.
For tiden har transkriptomsekvenseringsteknologi blitt mye brukt innen agronomi, medisin og andre forskningsfelt, inkludert regulering av dyre- og planteutvikling, miljøsproduksjon, immuninteraksjon, genlokalisering, arter genetisk evolusjon og tumor og genetisk sykdomsdeteksjon.
