mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA-sekvensering tillater profilering av alle mRNA-transkripsjoner i celler under spesifikke forhold og er en mye brukt teknologi innen ulike forskningsområder. BMKCloud De novo mRNA-seq-rørledningen er designet for å analysere poly-A-anrikede sekvenseringsbiblioteker når ingen referansegenom er tilgjengelig. Rørledningen starter med kvalitetskontroll, etterfulgt avde novotranskripsjonsmontering og unigen settvalg. Den unigen strukturanalysen forutsier kodende sekvens (CDS) og enkel sekvensrepetisjon (SSR). Deretter finner differensialekspresjonsanalysen differensielt uttrykte gener (DEG) blant de testede forholdene, etterfulgt av funksjonell merknad og berikelse av DEG for å trekke ut biologisk innsikt.