Eukaryot mRNA-sekvensering-NGS
Funksjoner
● Innfanging av poly-mRNA før bibliotekpreparering
● Valgfri forberedelse av retningsbestemt mRNA-bibliotek for å muliggjøre innhenting av strengspesifikke sekvenseringsdata
● Bioinformatisk analyse av genuttrykk og transkripsjonsstruktur
Fordeler
●Omfattende kompetanse: Teamet vårt har behandlet over 600 000 prøver hos BMKgene, som spenner over ulike prøvetyper som cellekulturer, vev og kroppsvæsker. Vi bringer et vell av erfaring til hvert prosjekt og har vellykket fullført over 100 000 mRNA-Seq-prosjekter innen ulike forskningsdomener.
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater, og forsikrer deg om at prosjektet ditt er i pålitelige hender.
●Omfattende merknad: Vi bruker flere databaser for funksjonelt å kommentere Differentially Expressed Genes (DEGs) og utføre tilsvarende berikelsesanalyser. Denne omfattende tilnærmingen gir innsikt i de cellulære og molekylære prosessene som ligger til grunn for transkriptomresponsen, og sikrer at du er fullt informert om prosjektets resultater.
●Support etter salg: Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| Poly A beriket | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85 % |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet | |
| Standard bibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
| Retningsbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
●Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Bein, hår eller hud: 1g
● Leddyr:
Insekter: 6g
Krepsdyr: 300 mg
● Fullblod: 1 rør
● Celler: 106 celler
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1. Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNA-bordrør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
Eukaryot Arbeidsflyt for mRNA-sekvensanalyse
Bioinformatikk
ØKvalitetskontroll av rådata
ØReferansegenomjustering
ØTranskripsjonsstrukturanalyse
ØKvantifisering av uttrykk
ØDifferensiell uttrykksanalyse
ØFunksjonsanmerkning og berikelse
Referanse Genome Alignment
Datametning
Prøvekorrelasjon og vurdering av biologiske replikater
Differensielt uttrykte gener (DEGs)
Funksjonell merknad av DEG
Funksjonell berikelse av DEG
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes eukaryote NGS mRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Huang, L. et al. (2023) "Triclosan og triclocarban svekker luktekapasiteten til gullfisk ved å begrense luktgjenkjenning, forstyrre luktsignaltransduksjon og forstyrre luktinformasjonsbehandling", Water Research, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kaprer menneskelig p11 for å omdirigere soppholdige fagosomer til ikke-nedbrytende vei', Cell Host & Microbe, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP-transkripsjonsfaktorer involvert i skuddutvikling av Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Chrysanthemum lavandulifolium-genomet og den molekylære mekanismen som ligger til grunn for ulike capitulum-typer', Hagebruksforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'En kaskade nanoreaktor for å forbedre sonodynamisk terapi på tykktarmskreft via synergistisk ROS-forsterkning og autofagiblokkering', Nano Today, 49, s. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
