DNA/RNA -sekvensering -Pacbio Sequencer
Funksjoner
To sekvenseringsmodus på Pacbio Sequencer: Continuous Long Read (CLR) og Circular Consensus Read (CCS)
| Sekvenseringsmodus | Bibliotekstørrelse | Teoretiske dataUtbytte (per celle) | EnkeltbaseNøyaktighet | Applikasjoner |
| Clr | 20kb, 30kb, etc. | 80 GB til 130 GB | Ca. 85% | De novo, SV ringer osv. |
| CCS | 15-20 kb | 14 til 40 GB/celle (oppfølger II) 70 til 110 GB/Cell (Revio) Avhenger av prøvene | Ca. 99% | De novo, SNP/INDEL/SV CALLING, ISO-Seq, |
Sammenligning av ytelsen og funksjonene til Revio og Sequel II
| Vilkår | Oppfølger II -system | Revio -system | Øke |
| Høyere tetthet | 8 millioner ZMWs | 25 millioner ZMWs | 3x |
| Uavhengige stadier | 1 | 4 | 4x |
| Kortere løpstider | 30 timer | 24 timer | 1.25x |
| 30x hifi menneskelige genomer / år | 88 | 1.300 | 15x totalt |
Tjenestefordeler
● Over 8 års erfaring på PACBIO -sekvenseringsplattformen med tusenvis av lukkede prosjekter med forskjellige arter.
● Fullt utstyrt med de nyeste PACBIO -sekvenseringsplattformene, Revio for å garantere tilstrekkelig sekvenseringsgjennomstrømning.
● Raskere omgangstid, høyere datautbytte og mer nøyaktige data.
● Bidraget i hundrevis av PACBIO-baserte publikasjoner med høy innvirkning.
Prøvekrav
| Prøvetype | Beløp | Konsentrasjon （qubit®） | Volum | Renhet | Andre |
| Genomisk DNA | Avhengig av datakrav | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Klar topp på 260 nm ，Ingen forurensninger | Konsentrasjonen må måles med qubit og qubit/nanopore = 0,8-2,5 |
| Totalt RNA | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；Ingen forurensninger | RIN -verdi ≥7,5 5 ≥28s/18S≥1 |
Tjenestearbeidsflyt
Prøveforberedelse
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Prosjektlevering
1. i husets avkastning
Data generert fra 63 CCS -celler (fra 26 arter)
| DATA-Pacbio-CCS-15 KB | Gjennomsnittlig | Maks | Min | Median |
| Utbytte - Subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118,118 | 144.689 |
| Subreads N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Gjennomsnittlig lengde-polymerase | 67.995 | 89,379 | 49.664 | 66.433 |
| Gjennomsnittlig lengdesubreads | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Gjennomsnittlig lengde-CC | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Data generert fra 16 CLR -celler (fra 76 arter)
| Data-PACBIO-CLR-30KB | Gjennomsnittlig | Maks | Min | Median |
| Utbytte - Subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39.456 | 121,191 | 15.389 | 35.231 |
| Subreads N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Gjennomsnittlig lengde-polymerase | 22.063 | 48.886 | 8 747 | 21.555 |
| Gjennomsnittlig lengdesubreads | 17.720 | 27.225 | 8 293 | 17 779 |
2.Data QC - DemoStatistikk over datautbytte
| Prøve | CCS leser Num | Total CCS -baser (BP) | CCS leser N50 (BP) | CCS Gjennomsnittlig lengde (BP) | CCS Longest Read (BP) | Subreads Bases (BP) | CCS -rate (%) |
| PB_BMKXXX | 3.444 159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
