Exclusive Agency for Korea

BMKCLOUD Logg inn

Produkter

Full lengde mRNA -sekvensering -pacbio

Mens NGS-basert mRNA-sekvensering er et allsidig verktøy for å kvantifisere genuttrykk, begrenser dens avhengighet av Short Reads bruken i komplekse transkriptomiske analyser. På den annen side bruker PACBIO-sekvensering (ISO-Seq) langlesingsteknologi, noe som muliggjør sekvensering av mRNA-transkripsjoner i full lengde. Denne tilnærmingen letter en omfattende utforskning av alternativ spleising, genfusjoner og poly-adenylering. Imidlertid er det andre valg for kvantifisering av genuttrykk på grunn av den høye datamengden som kreves. PACBIO-sekvenseringsteknologi er avhengig av en-molekyl, sanntids (SMRT) -sekvensering, og gir en tydelig fordel i å fange opp mRNA-transkripsjoner i full lengde. Denne innovative tilnærmingen innebærer å bruke null-modus bølgeledere (ZMW) og mikrofabrikkert brønner som muliggjør sanntidsobservasjon av DNA-polymeraseaktivitet under sekvensering. Innenfor disse ZMW -ene syntetiserer PACBIOs DNA -polymerase en komplementær DNA -streng, og genererer lange leser som spenner over hele mRNA -transkripsjonene. PACBIO -drift i Circular Consensus Sequencing (CCS) modus forbedrer nøyaktigheten ved gjentatte ganger sekvensering av det samme molekylet. De genererte HIFI -lesene har en nøyaktighet som kan sammenlignes med NGS, og bidrar ytterligere til en omfattende og pålitelig analyse av komplekse transkriptomiske trekk.

Plattform: Pacbio Sequel II; Pacbio Revio

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demo -resultater

Utvalgte publikasjoner

Funksjoner

● CDNA-syntese fra poly-a mRNA etterfulgt av bibliotekforberedelse

● Sekvensering i CCS -modus, generere HIFI -leser

● Sekvensering av transkripsjonene i full lengde

● Analysen krever ikke et referansegenom; Imidlertid kan det brukes

● Bioinformatisk analyse muliggjør analyse av transkripsjoner isoform lncRNA, genfusjoner, poly-adenylering og genstruktur

Tjenestefordeler

●Høy nøyaktighet: Hifi leser med nøyaktighet> 99,9% (Q30), sammenlignbar med NGS

● Alternativ spleiseanalyse: sekvensering av hele transkripsjonene muliggjør isoform identifikasjon og karakterisering

●Omfattende kompetanse: Med en merittliste for å fullføre over 1100 pacbio transkriptomprosjekter i full lengde og behandle over 2300 prøver, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.

●Støtte etter salg: Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.

Eksempelkrav og levering

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Data anbefalt

Kvalitetskontroll

Polya -anriket mRNA CCS -bibliotek

Pacbio Sequel II

Pacbio Revio

20/40 GB

5/10 m CCS

Q30≥85%

Eksempelkrav:

Nukleotider:

● Planter:

Rot, stilk eller kronblad: 450 mg

Blad eller frø: 300 mg

Frukt: 1,2 g

● Dyr:

Hjerte eller tarm: 300 mg

Viscera eller hjerne: 240 mg

Muskel: 450 mg

Bein, hår eller hud: 1g

● Arthropods:

Insekter: 6g

Crustacea: 300 mg

● Hele blod: 1 rør

● Celler: 10⁶celler

Conc. (Ng/μl)

Beløp (μg)

Renhet

Integritet

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Begrenset eller ingen protein- eller DNA -forurensning vist på gel.

For planter: Rin≥7,5;

For dyr: Rin≥8,0;

5,0 ≥ 28s/18s≥1,0;

begrenset eller ingen baselinehøyde

Anbefalt prøvelevering

Container: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)

Eksempelmerking: Gruppe+replikat Eg A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Forsendelse:

1. Dry-is: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.

2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørkes i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes i romtemperatur.

Servicearbeidsflyt

Eksperimentdesign

Eksempellevering

RNA -ekstraksjon

Bibliotekskonstruksjon

Sekvensering

Dataanalyse

Etter salgstjenester

Tidligere: Eukaryotisk mRNA-sekvensering-NGS

NESTE: Full lengde mRNA-sekvensering-nanopore

Inkluderer følgende analyse:

● Rå data kvalitetskontroll

● Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)

● Fusion transkripsjonsanalyse

● Alternativ spleiseanalyse

● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analyse

● Roman transkripsjonsanalyse: prediksjon av kodingssekvenser (CDS) og funksjonell merknad

● LncRNA -analyse: prediksjon av lncRNA og mål

● Mikrosatelittidentifikasjon (SSR)

Busco -analyse

Alternativ skjøteanalyse

Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)

Funksjonell merknad av nye transkripsjoner

Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av Bmkgens nanopore mRNA-sekvenseringstjenester i full lengde i denne kjente publikasjonen.

Ma, Y. et al. (2023) 'Sammenlignende analyse av PACBIO og ONT RNA -sekvenseringsmetoder for Nemopilema Nomurai Venom Identification', Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'The Developmental Dynamics of the Populus STEM Transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), s. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiske endringer i askorbinsyreinnhold under fruktutvikling og modning av actinidia latifolia (en askorbatrik fruktavling) og de tilhørende molekylære mekanismene', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), s. 5808. DOI: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv prediksjon av biosyntetiske traségener involvert i bioaktive polyfylliner i Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-Z.

Liu, M. et al. (2023) 'Combined Pacbio ISO-Seq og Illumina RNA-Seq-analyse av Tuta Absoluta (Meyrick) transkriptom og cytokrom P450-gener', insekter, 14 (4), s. 363. Doi: 10.3390/insekter14040363/s1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersøkelse av transkriptomkompleksitet ved bruk av PACBIO enkelt-molekyl sanntidsanalyse kombinert med Illumina RNA-sekvensering for en bedre forståelse av ricinolsyrebiosyntese i Ricinus Communis', BMC Genomics, 20 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.