BMKMANU S3000_SPATIAL Transkriptom
BMKMANU S3000 romlig transkriptom teknisk ordning
Funksjoner
- Oppløsning: 3,5 um
- Spotdiameter: 2,5 um
- Antall flekker: Omtrent 4 millioner
- 3 Mulige fangstområdeformater: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm eller 15 mm * 20 mm
- Hver strekkodet perle er lastet med primere sammensatt av 4 seksjoner:
• Poly (DT) hale for mRNA -priming og cDNA -syntese,
• Unik molekylær identifikator (UMI) for å korrigere forsterkningsskjevhet
• Romlig strekkode
• Bindingssekvens av delvis lest 1 sekvenseringsgrunning
- H&E og fluorescerende farging av seksjoner
- Mulighet for å bruke cellesegmenteringsteknologi: Integrering av H & E -farging, fluorescerende farging og RNA -sekvensering for å bestemme grensene for hver celle og tilordne genuttrykk riktig til hver celle. Behandling nedstrøms romlig profileringsanalyse basert på celleskinne.
- Mulig for å oppnå analyse av flere nivåer: Fleksibel analyse på flere nivåer fra 100um til 3,5 um for å løse forskjellige vevsfunksjoner ved optimal oppløsning.
Fordeler med Bmkmanu S3000
-Dobling av fangstflekker til 4 millioner: med en forbedret oppløsning på 3,5 um, noe som fører til i høyere gen- og UMI -deteksjon per celle. Dette resulterer i forbedret gruppering av celler basert på transkripsjonelle profiler, med finere detaljer som samsvarer med vevstrukturen.
- Subcellulær oppløsning:Hvert fangstområde inneholdt> 2 millioner romlige strekkodede flekker med en diameter på 2,5 um og en avstand på 5 um mellom spotsentre, noe som muliggjør romlig transkriptomanalyse med subcellulær oppløsning (5 um).
-Multi-level Resolution Analyse:Fleksibel analyse på flere nivåer fra 100 μm til 5 μm for å løse forskjellige vevsfunksjoner ved optimal oppløsning.
-Mulighet for å bruke "tre i ett lysbilde" cellesegmenteringsteknologi:Ved å kombinere fluorescensfarging, H & E-farging og RNA-sekvensering på et enkelt lysbilde, styrker vår "tre-i-ett" -analysealgoritme identifisering av cellegrenser for påfølgende cellebasert transkriptomikk.
-Kompatibel med flere sekvenseringsplattformer: Både NGS og langlest sekvensering tilgjengelig.
-Fleksibel design av 1-8 aktivt fangstområde: Størrelsen på fangstområdet er fleksibelt, og er mulig å bruke 3 formater (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm og 15 mm * 20 mm)
-One-stop service: Integrerer all erfaring og ferdighetsbaserte trinn, inkludert kryoseksjon, farging, vevsoptimalisering, romlig strekkoding, bibliotekforberedelse, sekvensering og bioinformatikk.
-Omfattende bioinformatikk og brukervennlig visualisering av resultater:Pakken inkluderer 29 analyser og 100+ høykvalitetsfigurer, kombinert med bruk av internt utviklet programvare for å visualisere og tilpasse cellesplitting og spotklynging.
-Tilpasset dataanalyse og visualisering: tilgjengelig for forskjellige forskningsforespørsler
-Svært dyktige tekniske team: med erfaring med over 250 vevstyper og 100+ arter inkludert mennesker, mus, pattedyr, fisk og planter.
-I sanntidsoppdateringer om hele prosjektet: med full kontroll over eksperimentell fremgang.
-Valgfri leddanalyse med encellet mRNA-sekvensering
Servicespesifikasjoner
| Prøvekrav | Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefalt | Kvalitetskontroll |
| Oct-Embedded Cryo-prøver (Optimal diameter: ca. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blokker per prøve 1 for eksperiment, 1 for sikkerhetskopi | S3000 cDNA -bibliotek | Illumina PE150 | 160K PE leser per 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
For mer informasjon om prøveflyt for prøveforberedelse og arbeidsflytBmkgene Expert
Servicearbeidsflyt
I prøveforberedelsesfasen utføres en innledende bulk-RNA-ekstraksjonsforsøk for å sikre at et RNA av høy kvalitet kan oppnås. I vevsoptimaliseringstrinnet er seksjonene farget og visualisert og permeabiliseringsbetingelsene for mRNA -frigjøring fra vev er optimalisert. Den optimaliserte protokollen blir deretter brukt under bibliotekskonstruksjon, etterfulgt av sekvensering og dataanalyse.
Den komplette tjenestearbeidsflyten innebærer sanntidsoppdateringer og klientbekreftelser for å opprettholde en responsiv tilbakemeldingssløyfe, noe som sikrer jevn prosjektutførelse.
Dataene som genereres av BMKMANU S3000 blir analysert ved bruk av programvaren “BstMatrix”, som uavhengig er designet av BMKGene, og genererer et cellenivå og flernivåoppløselig genuttrykksmatrise. Derfra genereres en standardrapport som inkluderer datakvalitetskontroll, analyse av indre prøve og intergruppeanalyse.
- Datakvalitetskontroll:
- Datautgang og kvalitetspoengdistribusjon
- Gendeteksjon per sted
- Vevsdekning
- Analyse av indre prøve:
- Genrikdom
- Spot Clustering, inkludert redusert dimensjonsanalyse
- Differensiell ekspresjonsanalyse mellom klynger: Identifisering av markørgener
- Funksjonell merknad og berikelse av markørgener
- Intergruppeanalyse
-Omkombinering av flekker fra begge prøvene (f.eks. Syke og kontroll) og omklynge
- Identifisering av markørgener for hver klynge
- Funksjonell merknad og berikelse av markørgener
- Differensialuttrykk av den samme klyngen mellom gruppene
I tillegg er BMKGene utviklet “BSTVIEWER” et brukervennlig verktøy som gjør det mulig for brukeren å visualisere genuttrykket og spotklyngingen i forskjellige oppløsninger.
Bmkgene tilbyr romlige profileringstjenester med presis encelleoppløsning (basert på celleskinne eller flernivå firkantet bin fra 100um til 3,5um).
Romlige profileringsdata fra vevsseksjoner på S3000 -lysbilde presterte godt som nedenfor.
Casestudie 1: Mushjerne
Analyse av en musens hjerneseksjon med S3000 resulterte i identifisering av ~ 94 000 celler, med en median sekvensering av ~ 2000 gener per celle. Den forbedrede oppløsningen på 3,5 UM resulterte i en veldig detaljert klynging av cellene basert på transkripsjonsmønstre, med klyngene av celler som etterligner hjernens differensierte strukturer. Dette observeres enkelt ved å visualisere fordelingen av celler gruppert som oligodendrocytter og mikroglia -celler, som nesten utelukkende er lokalisert i henholdsvis grått og hvitt stoff.
Casestudie 2: Musembryo
Analyse av et musembryo -seksjon med S3000 resulterte i identifisering av ~ 2200 000 celler, med en median sekvensering av ~ 1600 gener per celle. Den forbedrede oppløsningen på 3,5 UM resulterte i en veldig detaljert klynging av cellene basert på transkripsjonsmønstre, med 12 klynger i øyet og 28 klynger i hjernen.
Innerprøve analyse Cell Clustering:
Markørgener Identifikasjon og romlig distribusjon:
-Høyere subcellulær oppløsning: Sammenlignet med S1000-lysbilde, inneholdt hvert fangstområde på S3000> 4 millioner romlige strekkodede flekker med en diameter på 2,5 um og en avstand på 3,5 um mellom spotsentre, noe som muliggjør romlig transkriptomanalyse med høyere undercellulær oppløsning (Square Bin: 3,5 um).
- Høyere fangst effektivitet: Sammenlignet med S1000 -lysbilde, øker median_umi fra 30% til 70%, median_gene øker fra 30% til 60%
Ordning av S1000 -brikke:
Opplegg for S3000 -brikke:
