Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Logg på

Produkter

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S og 18S rRNA-genene, sammen med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen, fungerer som pivotale molekylære fingeravtrykksmarkører på grunn av deres kombinasjon av svært konserverte og hypervariable regioner, noe som gjør dem til uvurderlige verktøy for å karakterisere prokaryote og eukaryote organismer. Amplifisering og sekvensering av disse regionene tilbyr en isolasjonsfri tilnærming for å undersøke den mikrobielle sammensetningen og mangfoldet på tvers av ulike økosystemer. Mens Illumina-sekvensering typisk retter seg mot korte hypervariable regioner som V3-V4 av 16S og ITS1, har det blitt demonstrert at overlegen taksonomisk merknad er oppnåelig ved å sekvensere hele lengden av 16S, 18S og ITS. Denne omfattende tilnærmingen resulterer i høyere prosentandeler av nøyaktig klassifiserte sekvenser, og oppnår et oppløsningsnivå som strekker seg til artsidentifikasjon. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekvenseringsplattform skiller seg ut ved å gi svært nøyaktige lange avlesninger (HiFi) som dekker full-lengde amplicons, og konkurrerer med presisjonen til Illumina-sekvensering. Denne evnen lar forskere oppnå en uovertruffen fordel - en panoramautsikt over det genetiske landskapet. Den utvidede dekningen hever oppløsningen i artsannotering betydelig, spesielt innenfor bakterie- eller soppsamfunn, noe som muliggjør en dypere forståelse av vanskelighetene til mikrobielle populasjoner.

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demo resultater

Utvalgte publikasjoner

Tjenestefunksjoner

● Sekvenseringsplattform: PacBio Revio

● Sekvenseringsmodus: CCS (HiFi-lesninger)

● Amplifisering av målregion etterfulgt av tandemkobling av amplikoner før forberedelse av HiFi SMRT-klokkebibliotek

Tjenestefordeler

●Høyere taksonomisk oppløsning: Than kort-amplikon-sekvensering,muliggjør høyere OTU-klassifiseringsrater på artsnivå.

●Svært nøyaktige baseanrop: PacBio CCS-modussekvensering (HiFi-lesing).

●Isolasjonsfri: Rask identifikasjon av mikrobiell sammensetning i miljøprøver.

●Allment anvendelig: Diverse mikrobielle samfunnsstudier.

●Omfattende bioinformatisk analyse: Den siste QIIME2-pakken (kvantitativ innsikt i mikrobiell økologi) med mangfoldige analyser når det gjelder database, annotering, OTU/ASV.

●Omfattende kompetanse: Med tusenvis av amplicon-sekvenseringsprosjekter utført årlig, bringer BMKGENE over et tiår med erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.

Tjenestespesifikasjoner

Bibliotek	Sekvenseringsstrategi	Data anbefales
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 K-tagger (CCS)

Eksempelkrav

Konsentrasjon (ng/µL)	Total mengde (µg)	Volum (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Anbefalt prøvelevering

Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon. Prøvefrakt med tørris er nødvendig.

Servicearbeidsflyt

Prøvelevering

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Tidligere: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Neste: Analyse for Transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)

Inkluderer følgende analyse:

●Rådatakvalitetskontroll

●OTU-klynger/de-noise (ASV)

●OTU-kommentar

●Alfa-diversitetsanalyse: flere indekser, inkludert Shannon, Simpson og ACE.

●Beta-mangfoldsanalyse

●Intergruppeanalyse

●Korrelasjonsanalyse: mellom miljøfaktorer og OUT-sammensetning og mangfold

●16S funksjonell genprediksjon

Histogram over taksonomisk distribusjon

Fellesfordelingsfylogenetisk tre

Alfa-diversitetsanalyse: ACE

indeks

Beta-diversitetsanalyse: PCoA

Intergruppeanalyse: ANOVA

Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes amplicon-sekvenseringstjenester med PacBio gjennom en kuratert samling av publikasjoner.

Gao, X. og Wang, H. (2023) 'Sammenlignende analyse av vombakterieprofiler og -funksjoner under tilpasning til forskjellig fenologi (Regreen vs. Grassy) hos alpine merinosau med to voksende stadier på en alpeneng', Fermentation, 9( 1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Fanging av det mikrobielle mørke materialet i ørkenjord ved bruk av kulturomikkbasert metagenomikk og høyoppløselig analyse', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effekter av fettsyresalter på gjæringsegenskaper, bakteriediversitet og aerob stabilitet av blandet ensilasje tilberedt med alfalfa, rishalm og hvetekli', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Samspillet mellom oksidativt stress-biomarkører og tarmmikrobiota i antioksidanteffektene av ekstrakter fra Sonchus brachyotus DC. i Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress in Adult Sebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, side 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.