Hele genoom bisul fi te sequencing (WGBS)
Het hele genoombisulfietsequencing (WGBS) staat als de goudstandaard methodologie voor diepgaande verkenning van DNA-methylatie, met name de vijfde positie in cytosine (5-mc), een cruciale regulator van genexpressie en cellulaire activiteit. Het onderliggende principe van WGB's omvat de behandeling met bisulfiet, het induceren van de omzetting van niet -gemethyleerde cytosines in uracil (C naar U), terwijl gemethyleerde cytosines ongewijzigd blijven. Deze techniek biedt een resolutie van één base, waardoor onderzoekers het methyloom kunnen onderzoeken en abnormale methylatiepatronen geassocieerd met verschillende aandoeningen, met name kanker kunnen ontdekken. Door WGB's te gebruiken, kunnen wetenschappers ongeëvenaarde inzichten krijgen in genoombrede methyleringslandschappen, waardoor een genuanceerd begrip biedt van de epigenetische mechanismen die ten grondslag liggen aan verschillende biologische processen en ziekten.
Servicefuncties
● Vereist een referentiegenoom.
● Lambda -DNA wordt toegevoegd om bisulfietconversie -efficiëntie te controleren.
● Sequencing op Illumina Novaseq.
Servicevoordelen
●Gouden standaard voor DNA -methylatieonderzoek: Deze volwassen methylatieconversie -verwerkingstechnologie heeft een hoge nauwkeurigheid en een goede reproduceerbaarheid.
●Brede dekking en resolutie met één base:Detectie van methyleringsplaatsen op het genoombrede niveau.
●Compleet platform:Bied één stop uitstekende service van monsterverwerking, bibliotheekconstructie, sequencing tot bioinformatica-analyse.
●Uitgebreide expertise: Met WGBS-sequencing-projecten die met succes zijn voltooid in een divers scala aan soorten, brengt BMKgene meer dan tien jaar ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide inhoud en uitstekende post-sales-ondersteuning.
●Mogelijkheid om deel te nemen aan transcriptomics -analyse: Het toestaan van de geïntegreerde analyse van WGB's met andere omics-gegevens zoals RNA-seq.
Voorbeeldspecificaties
| Bibliotheek | Sequencing -strategie | Aanbevolen gegevensuitvoer | Kwaliteitscontrole |
| Bisulfiet behandeld | Illumina PE150 | 30x diepte | Q30 ≥ 85% Bisulfietconversie> 99% |
Voorbeeldvereisten
| Concentratie (ng/µl) | Totale hoeveelheid (µg) | Aanvullende vereisten | |
| Genomisch DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Beperkte degradatie of besmetting |
Service -werkstroom
Voorbeeldafgifte
DNA -extractie
Bibliotheekconstructie
Volgorde
Gegevensanalyse
Gegevensafgifte
Bevat de volgende analyse:
● Ruwe sequentiekwaliteitscontrole;
● Mapping om te verwijzen naar genoom;
● Detectie van 5MC gemethyleerde basen;
● Analyse van methylatieverdeling en annotatie;
● Analyse van differentieel gemethyleerde gebieden (DMR's);
● Functionele annotatie van genen geassocieerd met DMR's.
5MC methyleringsdetectie: soorten gemethyleerde plaatsen
Methyleringskaart. 5mc methylering genoombrede verdeling
Annotatie van sterk gemethyleerde gebieden
Differentieel gemethyleerde gebieden: bijbehorende genen
Differentieel gemethyleerde gebieden: annotatie van bijbehorende genen (genontologie)
Ontdek de onderzoeksontwikkelingen die worden gefaciliteerd door BMKgene's hele genoom bisulfite sequencing -services via een samengestelde verzameling publicaties.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analyse van DNA-methylatieprofielen tijdens de ontwikkeling van schapen skeletspier met behulp van hele genoom bisulfietsequencing',BMC Genomics, 21 (1), pp. 1-15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Nieuwe deoxyribonucleïnezuurmethyleringstoringen bij werknemers blootgesteld aan vinylchloride',Toxicologie en industriële gezondheid, 38 (7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Relaties tussen genoommethylering, niveaus van niet-coderende RNA's, mRNA's en metabolieten in rijpende tomatenfruit',Het plantjournaal, 103 (3), pp. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
