Specifieke locus versterkte fragmentsequencing (SLAF-Seq)
Werkstroom
Technisch schema
Servicefuncties
● Sequencing op NovaSeq met PE150.
● Bibliotheekvoorbereiding met dubbele barcodes, waardoor het bundelen van meer dan 1000 monsters mogelijk is.
● Deze techniek kan worden gebruikt met of zonder referentiegenoom, met voor elk geval verschillende bioinformatische pijplijnen:
Met referentiegenoom: SNP en InDel-ontdekking
Zonder referentiegenoom: monsterclustering en SNP-ontdekking
● In dein silicoIn de pre-ontwerpfase worden meerdere restrictie-enzymcombinaties gescreend om de combinaties te vinden die een uniforme verdeling van SLAF-tags langs het genoom genereren.
● Tijdens het voorexperiment worden drie enzymcombinaties getest in 3 monsters om 9 SLAF-bibliotheken te genereren. Deze informatie wordt gebruikt om de optimale restrictie-enzymcombinatie voor het project te kiezen.
Servicevoordelen
●Ontdekking van hoge genetische markers: De integratie van een dubbel barcodesysteem met hoge doorvoer maakt de gelijktijdige sequencing van grote populaties mogelijk, en locusspecifieke amplificatie verbetert de efficiëntie, waardoor wordt gegarandeerd dat tagnummers voldoen aan de uiteenlopende vereisten van verschillende onderzoeksvragen.
● Lage afhankelijkheid van het genoom: Het kan worden toegepast op soorten met of zonder referentiegenoom.
●Flexibel schemaontwerp: Single-enzym, dual-enzym, multi-enzymvertering en verschillende soorten enzymen kunnen allemaal worden geselecteerd om tegemoet te komen aan verschillende onderzoeksdoelen of soorten. Dein silicopre-ontwerp wordt uitgevoerd om een optimaal enzymontwerp te garanderen.
● Hoge efficiëntie in enzymatische spijsvertering: De geleiding van eenin silicopre-ontwerp en een pre-experiment zorgden voor een optimaal ontwerp met een gelijkmatige verdeling van SLAF-tags op het chromosoom (1 SLAF-tag/4Kb) en verminderde repetitieve sequentie (<5%).
●Uitgebreide expertise: Ons team brengt een schat aan ervaring met zich mee voor elk project, met een trackrecord van het afsluiten van meer dan 5000 SLAF-Seq-projecten voor honderden soorten, waaronder planten, zoogdieren, vogels, insecten en waterorganismen.
● Zelf ontwikkelde bio-informaticaworkflow: BMKGENE ontwikkelde een geïntegreerde bioinformatische workflow voor SLAF-Seq om de betrouwbaarheid en nauwkeurigheid van de uiteindelijke output te garanderen.
Servicespecificaties
| Type analyse | Aanbevolen populatieschaal | Sequentiestrategie | |
| Diepte van tagsequencing | Tagnummer | ||
| Genetische kaarten | 2 ouders en >150 nakomelingen | Ouders: 20x WGS Nakomelingen: 10x | Genoomgrootte: <400 Mb: WGS wordt aanbevolen <1 Gb: 100.000 tags 1-2Gb:: 200K-tags >2Gb: 300K-tags Maximaal 500.000 tags |
| Genoombrede associatiestudies (GWAS) | ≥200 monsters | 10x | |
| Genetische evolutie | ≥30 monsters, met >10 monsters uit elke subgroep | 10x | |
Servicevereisten
Concentratie ≥ 5 ng/μL
Totaal bedrag ≥ 80 ng
Nanodruppel OD260/280=1,6-2,5
Agarosegel: geen of beperkte afbraak of contaminatie
Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml
(Voor de meeste monsters raden wij aan om ze niet in ethanol te bewaren)
Etikettering van monsters: Monsters moeten duidelijk geëtiketteerd zijn en identiek zijn aan het ingediende monsterinformatieformulier.
Verzending: Droogijs: Monsters moeten eerst in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
Serviceworkflow
Voorbeeld-QC
Proefexperiment
SLAF-experiment
Voorbereiding bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
- Sequentiegegevens QC
- SLAF-tagontwikkeling
In kaart brengen van het referentiegenoom
Zonder referentiegenoom: clustering
- Analyse van SLAF-tags.: statistieken, verdeling over het genoom
- Markerdetectie: SNP, InDel, SNV, CV-oproep en annotatie
Verdeling van SLAF-tags op chromosomen:
Verdeling van SNP's op chromosomen:
SNP-annotatie
| Jaar | Tijdschrift | IF | Titel | Toepassingen |
| 2022 | Communicatie over de natuur | 17.694 | Genomische basis van de giga-chromosomen en het giga-genoom van boompioen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nieuwe fytoloog | 7.433 | De voetafdrukken van domesticatie verankeren genomische regio’s van agronomisch belang sojabonen | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tijdschrift voor geavanceerd onderzoek | 12.822 | Genoombrede kunstmatige introgressies van Gossypium barbadense in G. hirsutum onthullen superieure loci voor gelijktijdige verbetering van de kwaliteit en opbrengst van katoenvezels onderscheidende kenmerken | SLAF-Evolutionaire genetica |
| 2019 | Moleculaire plant | 10.81 | Populatiegenomische analyse en De Novo Assembly onthullen de oorsprong van Weedy Rijst als evolutionair spel | SLAF-Evolutionaire genetica |
| 2019 | Natuurgenetica | 31.616 | Genoomsequentie en genetische diversiteit van de karper, Cyprinus carpio | SLAF-koppelingskaart |
| 2014 | Natuurgenetica | 25.455 | Het genoom van gekweekte pinda's geeft inzicht in karyotypes van peulvruchten, polyploïde evolutie en domesticatie van gewassen. | SLAF-koppelingskaart |
| 2022 | Tijdschrift voor plantenbiotechnologie | 9.803 | Identificatie van ST1 onthult een selectie waarbij de zaadmorfologie wordt gelift en oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen | SLAF-Marker-ontwikkeling |
| 2022 | Internationaal tijdschrift voor moleculaire wetenschappen | 6.208 | Identificatie en DNA-markerontwikkeling voor een Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomische chromosoomsubstitutie | SLAF-Marker-ontwikkeling |
| Jaar | Tijdschrift | IF | Titel | Toepassingen |
| 2023 | Grenzen in de plantenwetenschap | 6.735 | QTL-mapping en transcriptoomanalyse van het suikergehalte tijdens de fruitrijping van Pyrus pyrifolia | Genetische kaart |
| 2022 | Tijdschrift voor plantenbiotechnologie | 8.154 | Identificatie van ST1 onthult een selectie waarbij de zaadmorfologie en het oliegehalte tijdens de domesticatie van sojabonen worden gelift
| SNP-oproep |
| 2022 | Grenzen in de plantenwetenschap | 6.623 | Genome-Wide Association Mapping van Hulless Barely Fenotypes in droogteomgeving.
| GWAS |
