Exclusive Agency for Korea

Ik ben banner-03

Producten

RNA-sequencing met enkele kernen

De ontwikkeling van single-cell capture en aangepaste bibliotheekconstructietechnieken, gekoppeld aan high-throughput sequencing, heeft een revolutie teweeggebracht in genexpressiestudies op celniveau. Deze doorbraak maakt een diepere en uitgebreidere analyse van complexe celpopulaties mogelijk, waardoor de beperkingen die gepaard gaan met het middelen van genexpressie over alle cellen worden overwonnen en de werkelijke heterogeniteit binnen deze populaties behouden blijft. Hoewel single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) onmiskenbare voordelen heeft, stuit het op uitdagingen in bepaalde weefsels waar het creëren van een eencellige suspensie moeilijk blijkt en nieuwe monsters vereist. Bij BMKGene pakken we deze hindernis aan door single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq) aan te bieden met behulp van de ultramoderne 10X Genomics Chromium-technologie. Deze aanpak verbreedt het spectrum van monsters die vatbaar zijn voor transcriptoomanalyse op eencellig niveau.

De isolatie van kernen wordt bereikt door de innovatieve 10X Genomics Chromium-chip, met een achtkanaals microfluïdicasysteem met dubbele kruisingen. Binnen dit systeem worden gelparels met streepjescodes, primers, enzymen en een enkele kern ingekapseld in oliedruppels van nanoliterformaat, waardoor Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ontstaat. Na GEM-vorming vinden binnen elke GEM cellyse en het vrijkomen van streepjescodes plaats. Vervolgens ondergaan mRNA-moleculen omgekeerde transcriptie naar cDNA's, waarbij 10x barcodes en Unique Molecular Identifiers (UMI's) worden opgenomen. Deze cDNA's worden vervolgens onderworpen aan een standaardconstructie van een sequencingbibliotheek, waardoor een robuuste en uitgebreide verkenning van genexpressieprofielen op het niveau van een enkele cel mogelijk wordt gemaakt.

Platform: 10× Genomics Chromium en Illumina NovaSeq-platform


Servicedetails

Bio-informatica

Demoresultaten

Aanbevolen publicaties

Technisch schema

De isolatie van kernen wordt bereikt door 10× Genomics Chromium™, dat bestaat uit een achtkanaals microfluïdicasysteem met dubbele kruisingen. In dit systeem worden gelkralen met streepjescodes en primer, enzymen en een enkele kern ingekapseld in een oliedruppel ter grootte van een nanoliter, waardoor Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ontstaat. Zodra GEM is gevormd, worden in elke GEM cellyse en het vrijgeven van streepjescodes uitgevoerd. mRNA wordt omgekeerd getranscribeerd in cDNA-moleculen met 10x barcodes en UMI, die verder onderworpen zijn aan de standaardconstructie van sequencing-bibliotheken.

企业微信截图_1737445364188

Functies

● Bereiding van suspensie van enkele kernen uit bevroren weefsels

● Vorming van Gel Bead-in-Emulsion (GEM), gevolgd door cDNA-synthese

● Elke kraal in een GEM is geladen met primers die uit 4 secties bestaan:

poly(dT) staart voor mRNA-priming en cDNA-synthese,

Unieke Moleculaire Identificatie (UMI) om amplificatiebias te corrigeren

10x streepjescode

Bindende sequentie van gedeeltelijk gelezen 1-sequencingprimer

Voordelen

Single-nucleus RNA-sequencing omzeilt de beperkingen van single-cell RNA-sequencing, waardoor:

● Het gebruik van bevroren monsters en niet alleen beperkt tot verse monsters

● Lage stress van ingevroren cellen vergeleken met enzymatische behandeling van verse cellen, weerspiegeld in de transcriptoomgegevens in de vorm van minder door stress geïnduceerde genen

● Er is geen voorafgaande verwijdering van rode bloedcellen nodig

● Onbeperkte celdiameter

● Grote reeks monsters die in aanmerking komen voor analyse, inclusief complexe en kwetsbare weefseltypen die gevoelig zijn voor celklontering of -vernietiging tijdens weefseldissociatie

Monsters die niet kunnen worden geanalyseerd met RNA-sequencing van één cel en die in aanmerking komen voor RNA-sequencing met enkele kernen:

Cel / Weefsel

Reden

Onvers bevroren weefsel

Kan geen nieuwe of lang bewaarde organisaties ophalen

Spiercel, megakaryocyt, vet…

De celdiameter is te groot om in het instrument te komen

Lever…

Te kwetsbaar om te breken, niet in staat afzonderlijke cellen te onderscheiden

Neuroncel, Hersenen…

Gevoeliger, gemakkelijk te benadrukken, zal de sequentieresultaten veranderen

Alvleesklier, schildklier…

Rijk aan endogene enzymen, die de productie van eencellige suspensie beïnvloeden

Enkele kern versus eencellige

Enkele kern

Eencellig

Onbeperkte celdiameter

Celdiameter: 10-40 μm

Het materiaal kan bevroren weefsel zijn

Het materiaal moet vers weefsel zijn

Lage stress van bevroren cellen

Enzymbehandeling kan een celstressreactie veroorzaken

Er hoeven geen rode bloedcellen verwijderd te worden

Rode bloedcellen moeten worden verwijderd

Nucleair drukt bio-informatie uit

De hele cel brengt bio-informatie tot expressie

Specificaties

Voorbeeldvereisten

Bibliotheek

Sequentiestrategie

Gegevens aanbevolen

Kwaliteitscontrole

Dierlijk weefsel ≥ 200 mg

Plantenweefsel ≥ 400 mg

10x Genomics sn cDNA-bibliotheek

Illumina PE150

100K PE-metingen per cel

(100-200 GB)

700-1200 kernen/μl en integriteit van de kernen waargenomen onder de microscoop

Voor meer informatie over begeleiding bij monstervoorbereiding en serviceworkflow kunt u gerust contact opnemen met een

Servicewerkstroom

foto's 117

  • Vorig:
  • Volgende:

  • wps_doc_9

     

    Bevat de volgende analyse:

     

    ● Kwaliteitscontrole: aantal cellen, gendetectie, nauwkeurige identificatie van cellen, RNA-moleculen en kwantificering van expressie

    ● Innerlijke monsteranalyse:

    Celclustering en clusterannotatie

    Differentiële expressieanalyse: identificatie van DEG's in clusters

    Functionele annotatie en verrijking van cluster DEG's

    ● Intergroepsanalyse:

    Combinatie van gegevens

    Differentiële expressieanalyse: identificatie van DEG's in groepen

    Functionele annotatie en verrijking van groeps-DEG's

    ● Geavanceerde analyse:

    Celcyclusanalyse

    Pseudotime-analyse

    Analyse van mobiele communicatie (CellPhoneDB)

    Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)

    Analyse van binnenmonsters

    Celclustering:

    wps_doc_10

     

    Differentiële expressieanalyse: cluster DEG's

    图foto9

     

    Intergroepsanalyse

    Differentiële expressieanalyse: groeps-DEG's

    图foto 10 

    Geavanceerde analyse:

    Pseudotijdanalyse:

    图foto 11

     

     

    Celcyclusanalyse:

    图foto 12

     

    Ontdek de vooruitgang die mogelijk wordt gemaakt door de single-nucleus RNA-sequencing-diensten van BMKGene door 10X Chromium in deze aanbevolen publicaties:

     

    Wang, L. et al. (2021) 'Single-cell transcriptomische analyse onthult het immuunlandschap van de longen bij steroïde-resistente astma-exacerbatie',Proceedings van de National Academy of Sciences van de Verenigde Staten van Amerika, 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

    Zheng, H. et al. (2022) 'Een mondiaal regelgevingsnetwerk voor ontregelde genexpressie en abnormale metabolische signalering in immuuncellen in de micro-omgeving van de ziekte van Graves en de schildklierontsteking van Hashimoto',Grenzen in de immunologie, 13, blz. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

    Tian, ​​H. et al. (2023) 'Eencellig transcriptoom onthult heterogeniteit en immuunreacties van leukocyten na vaccinatie met geïnactiveerde Edwardsiella tarda in bot (Paralichthys olivaceus)',Aquacultuur, 566, blz. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

    Yu, Y. et al. (2023) 'Fotodynamische therapie verbetert de uitkomst van immuuncheckpointremmers via het hermodelleren van de antitumorimmuniteit bij patiënten met maagkanker',Maagkanker, 26(5), blz. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.

     

    ontvang een offerte

    Schrijf hier uw bericht en stuur het naar ons

    Stuur uw bericht naar ons: