Verminderde representatie bisulfietsequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) is naar voren gekomen als een kosteneffectief en efficiënt alternatief voor Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) in DNA-methylatieonderzoek. Hoewel WGBS uitgebreide inzichten biedt door het gehele genoom met een enkele basisresolutie te onderzoeken, kunnen de hoge kosten ervan een beperkende factor zijn. RRBS verzacht deze uitdaging op strategische wijze door selectief een representatief deel van het genoom te analyseren. Deze methodologie is gebaseerd op de verrijking van CpG-eilandrijke gebieden door MspI-splitsing gevolgd door grootteselectie van fragmenten van 200-500/600 bp. Bijgevolg worden alleen regio's proximaal van CpG-eilanden gesequenced, terwijl die met verre CpG-eilanden van de analyse worden uitgesloten. Dit proces, gecombineerd met bisulfietsequencing, maakt detectie van DNA-methylatie met hoge resolutie mogelijk, en de sequencing-aanpak, PE150, richt zich specifiek op de uiteinden van de inserts in plaats van op het midden, waardoor de efficiëntie van methylatieprofilering wordt vergroot. De RRBS is een hulpmiddel van onschatbare waarde dat kosteneffectief onderzoek naar DNA-methylatie mogelijk maakt en de kennis van epigenetische mechanismen bevordert.
Servicefuncties
● Vereist een referentiegenoom.
● Lambda-DNA wordt gebruikt om de bisulfietomzettingsefficiëntie te monitoren.
● De efficiëntie van de MspI-vertering wordt ook gemonitord.
● Dubbele enzymvertering voor plantenmonsters.
● Sequencing op Illumina NovaSeq.
Servicevoordelen
●Kosteneffectief en efficiënt alternatief voor WGBS: waardoor de analyse tegen lagere kosten en met lagere monstervereisten kan worden uitgevoerd.
●Compleet platform:bieden one-stop uitstekende service, van monsterverwerking, bibliotheekconstructie en sequencing tot bio-informatica-analyse.
●Uitgebreide expertise: nu RRBS-sequencingprojecten met succes zijn voltooid voor een breed scala aan soorten, brengt BMKGENE meer dan tien jaar ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide inhoud en uitstekende ondersteuning na de verkoop met zich mee.
Servicespecificaties
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Aanbevolen gegevensuitvoer | Kwaliteitscontrole |
| Met MspI gedigereerde en met Bisulfiet behandelde bibliotheek | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Bisulfietconversie > 99% MspI snijefficiëntie > 95% |
Voorbeeldvereisten
| Concentratie (ng/μL) | Totaal bedrag (µg) |
| |
| Genomisch DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Beperkte afbraak of vervuiling |
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
● Kwaliteitscontrole van ruwe sequenties;
● In kaart brengen van het referentiegenoom;
● Detectie van 5mC-gemethyleerde basen en motiefidentificatie;
● Analyse van de methylatieverdeling en monstervergelijking;
● Analyse van differentieel gemethyleerde regio's (DMR's);
● Functionele annotatie van genen geassocieerd met DMR's.
Kwaliteitscontrole: verteringsefficiëntie (bij het in kaart brengen van het genoom)
Kwaliteitscontrole: bisulfietconversie (bij methylatie-informatie-extractie)
Methylatiekaart: 5mC-methylatie-genoombrede distributie
Voorbeeldvergelijking: analyse van hoofdcomponenten
Analyse van differentieel gemethyleerde regio's (DMR's): heatmap
Ontdek de onderzoeksvooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de bisulfietsequencingdiensten van BMKGene via een samengestelde verzameling publicaties.
Li, Z. et al. (2022) 'Hoogwaardige herprogrammering in Leydig-achtige cellen door CRISPR-activatie en paracriene factoren',PNAS-nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genoombrede DNA-methylatieanalyse van de lichaamssamenstelling bij Chinese monozygote tweelingen',Europees tijdschrift voor klinisch onderzoek, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-methylatie en taille-heupverhouding: een epigenoombrede associatiestudie bij Chinese monozygote tweelingen',Journal of Endocrinologisch Onderzoek, 45(12), blz. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
