-
BMKMANU S3000_ruimtelijk transcriptoom
Ruimtelijke transcriptomics lopen voorop bij wetenschappelijke innovatie en stellen onderzoekers in staat zich te verdiepen in ingewikkelde genexpressiepatronen in weefsels, terwijl hun ruimtelijke context behouden blijft. Te midden van verschillende platforms heeft BMKGene de BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip ontwikkeld, die een verbeterde resolutie van 3,5 µm biedt, het subcellulaire bereik bereikt en resolutie-instellingen op meerdere niveaus mogelijk maakt. De S3000-chip, met ongeveer 4 miljoen spots, maakt gebruik van microwells gelaagd met kralen geladen met ruimtelijk gecodeerde capture-sondes. Een cDNA-bibliotheek, verrijkt met ruimtelijke barcodes, wordt bereid vanaf de S3000-chip en vervolgens gesequenced op het Illumina NovaSeq-platform. De combinatie van ruimtelijk gebarcodeerde monsters en UMI's garandeert de nauwkeurigheid en specificiteit van de gegenereerde gegevens. De BMKManu S3000-chip is extreem veelzijdig en biedt resolutie-instellingen op meerdere niveaus die nauwkeurig kunnen worden afgestemd op verschillende weefsels en gewenste detailniveaus. Dit aanpassingsvermogen positioneert de chip als een uitstekende keuze voor diverse ruimtelijke transcriptomics-studies, waardoor nauwkeurige ruimtelijke clustering met minimale ruis wordt gegarandeerd. Het gebruik van celsegmentatietechnologie met BMKManu S3000 maakt de afbakening van transcriptionele gegevens tot de grenzen van cellen mogelijk, wat resulteert in een analyse die een directe biologische betekenis heeft. Bovendien resulteert de verbeterde resolutie van S3000 in een groter aantal gedetecteerde genen en UMI's per cel, waardoor een veel nauwkeurigere analyse van de ruimtelijke transcriptiepatronen en clustering van cellen mogelijk is.
-
RNA-sequencing met enkele kernen
De ontwikkeling van single-cell capture en aangepaste bibliotheekconstructietechnieken, gekoppeld aan high-throughput sequencing, heeft een revolutie teweeggebracht in genexpressiestudies op celniveau. Deze doorbraak maakt een diepere en uitgebreidere analyse van complexe celpopulaties mogelijk, waardoor de beperkingen die gepaard gaan met het middelen van genexpressie over alle cellen worden overwonnen en de werkelijke heterogeniteit binnen deze populaties behouden blijft. Hoewel single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) onmiskenbare voordelen heeft, stuit het op uitdagingen in bepaalde weefsels waar het creëren van een eencellige suspensie moeilijk blijkt en nieuwe monsters vereist. Bij BMKGene pakken we deze hindernis aan door single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq) aan te bieden met behulp van de ultramoderne 10X Genomics Chromium-technologie. Deze aanpak verbreedt het spectrum van monsters die vatbaar zijn voor transcriptoomanalyse op eencellig niveau.
De isolatie van kernen wordt bereikt door de innovatieve 10X Genomics Chromium-chip, met een achtkanaals microfluïdicasysteem met dubbele kruisingen. Binnen dit systeem worden gelparels met streepjescodes, primers, enzymen en een enkele kern ingekapseld in oliedruppels van nanoliterformaat, waardoor Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ontstaat. Na GEM-vorming vinden binnen elke GEM cellyse en het vrijkomen van streepjescodes plaats. Vervolgens ondergaan mRNA-moleculen omgekeerde transcriptie naar cDNA's, waarbij 10x barcodes en Unique Molecular Identifiers (UMI's) worden opgenomen. Deze cDNA's worden vervolgens onderworpen aan een standaardconstructie van een sequencingbibliotheek, waardoor een robuuste en uitgebreide verkenning van genexpressieprofielen op het niveau van een enkele cel mogelijk wordt gemaakt.
Platform: 10× Genomics Chromium en Illumina NovaSeq-platform
-
10x Genomics Visium ruimtelijk transcriptoom
Ruimtelijke transcriptomics is een geavanceerde technologie waarmee onderzoekers genexpressiepatronen in weefsels kunnen onderzoeken terwijl hun ruimtelijke context behouden blijft. Een krachtig platform op dit gebied is 10x Genomics Visium in combinatie met Illumina-sequencing. Het principe van 10X Visium ligt op een gespecialiseerde chip met een aangewezen opvanggebied waar weefselcoupes worden geplaatst. Dit opnamegebied bevat streepjescodes, die elk overeenkomen met een unieke ruimtelijke locatie in het weefsel. De gevangen RNA-moleculen uit het weefsel worden vervolgens tijdens het omgekeerde transcriptieproces gelabeld met unieke moleculaire identificatiegegevens (UMI's). Deze streepjescodes en UMI's maken nauwkeurige ruimtelijke mapping en kwantificering van genexpressie met een resolutie van één cel mogelijk. De combinatie van ruimtelijk gebarcodeerde monsters en UMI's garandeert de nauwkeurigheid en specificiteit van de gegenereerde gegevens. Door deze Spatial Transcriptomics-technologie te gebruiken, kunnen onderzoekers een dieper inzicht krijgen in de ruimtelijke organisatie van cellen en de complexe moleculaire interacties die plaatsvinden in weefsels, wat waardevolle inzichten oplevert in de mechanismen die ten grondslag liggen aan biologische processen op meerdere gebieden, waaronder oncologie, neurowetenschappen, ontwikkelingsbiologie en immunologie. en botanische studies.
Platform: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq
