-
Vergelijkende genomica
Vergelijkende genomica omvat het onderzoek en de vergelijking van de volledige genoomsequenties en -structuren tussen verschillende soorten. Dit vakgebied probeert de evolutie van soorten te onthullen, genfuncties te decoderen en de genetische regulerende mechanismen op te helderen door geconserveerde of uiteenlopende sequentiestructuren en elementen in verschillende organismen te identificeren. Een uitgebreid vergelijkend genomisch onderzoek omvat analyses zoals genfamilies, evolutionaire ontwikkeling, duplicatie van het hele genoom en de impact van selectieve druk.
-
Evolutionaire genetica
Het platform voor populatie- en evolutionaire genetische analyse is opgericht op basis van de enorme ervaring die jarenlang is opgebouwd binnen het BMK R&D-team. Het is een gebruiksvriendelijk hulpmiddel, vooral voor onderzoekers die geen hoofdvak in bio-informatica hebben. Dit platform maakt fundamentele evolutionaire genetica-gerelateerde basisanalyses mogelijk, waaronder fylogenetische boomconstructie, koppelingsonevenwichtsanalyse, beoordeling van genetische diversiteit, selectieve sweepanalyse, verwantschapsanalyse, PCA, analyse van populatiestructuur, enz.
-
Op Hi-C gebaseerde genoomassemblage
Hi-C is een methode die is ontworpen om de chromosoomconfiguratie vast te leggen door het combineren van op nabijheid gebaseerde interacties en sequencing met hoge doorvoer. Aangenomen wordt dat de intensiteit van deze interacties negatief gecorreleerd is met de fysieke afstand op chromosomen. Daarom worden Hi-C-gegevens gebruikt om het clusteren, ordenen en oriënteren van samengestelde sequenties in een conceptgenoom te begeleiden en deze op een bepaald aantal chromosomen te verankeren. Deze technologie maakt een genoomassemblage op chromosoomniveau mogelijk bij gebrek aan een op populaties gebaseerde genetische kaart. Elk afzonderlijk genoom heeft een Hi-C nodig.
-
Plant/dier De Novo genoomsequencing
De Novosequencing verwijst naar de constructie van het volledige genoom van een soort met behulp van sequencing-technologieën bij afwezigheid van een referentiegenoom. De introductie en wijdverbreide acceptatie van sequencing van de derde generatie, met langere leesbewerkingen, hebben de genoomassemblage aanzienlijk verbeterd door de overlap tussen leesbewerkingen te vergroten. Deze verbetering is vooral relevant bij het omgaan met uitdagende genomen, zoals die met een hoge heterozygositeit, een hoog percentage repetitieve regio's, polyploïden en regio's met repetitieve elementen, abnormale GC-inhoud of hoge complexiteit die doorgaans slecht zijn samengesteld met behulp van short-read sequencing. alleen.
Onze totaaloplossing biedt geïntegreerde sequencingdiensten en bio-informatische analyses die een hoogwaardig, de novo geassembleerd genoom opleveren. Een eerste genoomonderzoek met Illumina levert schattingen op van de omvang en complexiteit van het genoom, en deze informatie wordt gebruikt om de volgende stap van langgelezen sequencing met PacBio HiFi te begeleiden, gevolgd doorde nieuweassemblage van contigs. Het daaropvolgende gebruik van HiC-assemblage maakt het verankeren van de contigs aan het genoom mogelijk, waardoor een assemblage op chromosoomniveau wordt verkregen. Ten slotte wordt het genoom geannoteerd door genvoorspelling en door tot expressie gebrachte genen te sequencen, waarbij gebruik wordt gemaakt van transcriptomen met korte en lange lezingen.
-
Menselijke hele exome-sequencing
Human Whole exome sequencing (hWES) wordt algemeen erkend als een kosteneffectieve en krachtige sequencing-aanpak voor het opsporen van ziekteveroorzakende mutaties. Ondanks dat ze slechts ongeveer 1,7% van het gehele genoom uitmaken, spelen exons een cruciale rol door het profiel van de totale eiwitfuncties direct te weerspiegelen. Met name in het menselijk genoom manifesteert meer dan 85% van de mutaties die verband houden met ziekten zich in de eiwitcoderende regio's. BMKGENE biedt een uitgebreide en flexibele dienst voor de sequencing van het hele exoom van mensen met twee verschillende strategieën voor het vastleggen van exonen die beschikbaar zijn om aan verschillende onderzoeksdoelen te voldoen.
-
Specifieke locus versterkte fragmentsequencing (SLAF-Seq)
High-throughput genotypering, vooral bij grootschalige populaties, is een fundamentele stap in genetische associatiestudies en biedt een genetische basis voor functionele genontdekking, evolutionaire analyse, enz. In plaats van diepgaande hersequencing van het hele genoom,Verminderde representatie van genoomsequencing (RRGS)wordt in deze onderzoeken vaak gebruikt om de sequentiekosten per monster te minimaliseren, terwijl een redelijke efficiëntie bij het ontdekken van genetische markers behouden blijft. RRGS bereikt dit door DNA te verteren met restrictie-enzymen en zich te concentreren op een specifiek fragmentgroottebereik, waardoor slechts een fractie van het genoom wordt gesequenced. Van de verschillende RRGS-methodologieën is Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) een aanpasbare en hoogwaardige aanpak. Deze methode, onafhankelijk ontwikkeld door BMKGene, optimaliseert de restrictie-enzymset voor elk project. Dit verzekert de generatie van een aanzienlijk aantal SLAF-tags (400-500 bps regio's van het genoom waarvan de sequentie wordt bepaald) die uniform over het genoom zijn verdeeld, terwijl repetitieve regio's effectief worden vermeden, waardoor de beste ontdekking van genetische markers wordt verzekerd.
-
Illumina kant-en-klare bibliotheken
De Illumina-sequencingtechnologie, gebaseerd op Sequencing by Synthesis (SBS), is een wereldwijd omarmde NGS-innovatie, die verantwoordelijk is voor het genereren van meer dan 90% van 's werelds sequencinggegevens. Het principe van SBS omvat het afbeelden van fluorescent gelabelde omkeerbare terminators wanneer elke dNTP wordt toegevoegd en vervolgens wordt gesplitst om de opname van de volgende base mogelijk te maken. Omdat alle vier de omkeerbare terminator-gebonden dNTP's aanwezig zijn in elke sequencingcyclus, minimaliseert natuurlijke concurrentie de incorporatiebias. Deze veelzijdige technologie ondersteunt zowel single-read als paired-end bibliotheken, geschikt voor een reeks genomische toepassingen. De hoge doorvoercapaciteiten en precisie van Illumina-sequencing positioneren het als een hoeksteen in genomicsonderzoek, waardoor wetenschappers de complexiteit van genomen kunnen ontrafelen met ongeëvenaarde details en efficiëntie.
Onze kant-en-klare bibliotheeksequencing-service stelt klanten in staat sequencing-bibliotheken uit verschillende bronnen te maken (onder andere mRNA, volledig genoom, amplicon, 10x-bibliotheken). Vervolgens kunnen deze bibliotheken naar onze sequencingcentra worden verzonden voor kwaliteitscontrole en sequencing in Illumina-platforms.
