-
Gereedschapskisten
BMKCloud is een toonaangevend bio-informatisch platform dat een one-stop-oplossing biedt voor genomische programma's, waarop onderzoekers in verschillende domeinen, waaronder de medische, landbouw-, milieu-, enz., alom vertrouwen. BMKCloud streeft ernaar geïntegreerde, betrouwbare en efficiënte diensten te leveren, waaronder platforms en hulpmiddelen voor bio-informatica-analyse. , computerbronnen, openbare database, bio-informatische online cursussen, enz. BMKCloud beschikt over verschillende veelgebruikte bio-informatische hulpmiddelen, waaronder genannotatie, evolutionaire genetische hulpmiddelen, ncRNA, gegevenskwaliteitscontrole, assemblage, uitlijning, data-extractie, mutaties, statistieken, figuurgenerator, sequentieanalyse, enz.
-
De novo bacteriële genoomassemblage
Wij bieden een complete service voor de assemblage van bacteriële genoomen, waarbij we garanderen dat er geen hiaten zijn. Dit is mogelijk door long-read sequencing-technologieën te integreren, zoals Nanopore en PacBio voor assemblage en short-read sequencing met Illumina voor assemblagevalidatie en foutcorrectie van ONT-lezingen. Onze service biedt de volledige bio-informatische workflow, van assemblage, functionele annotatie en geavanceerde bio-informatica-analyse, waarmee specifieke onderzoeksdoelen worden vervuld. Deze dienst maakt de ontwikkeling mogelijk van nauwkeurige referentiegenomen voor verschillende genetische en genomische studies. Bovendien vormt het de basis voor toepassingen zoals stamoptimalisatie, genetische manipulatie en ontwikkeling van microbiële technologie, waardoor betrouwbare en hiaatvrije genomische gegevens worden gegarandeerd die cruciaal zijn voor het bevorderen van wetenschappelijke inzichten en biotechnologische innovatie.
-
klein RNA
Kleine RNA's zijn een soort kort, niet-coderend RNA met een gemiddelde lengte van 18-30 nt, inclusief miRNA, siRNA en piRNA. Er is massaal gerapporteerd dat deze kleine RNA's betrokken zijn bij verschillende biologische processen, zoals de afbraak van mRNA, translatieremming, vorming van heterochromatine, enz. Analyse van de sequentie van kleine RNA's is op grote schaal toegepast in onderzoeken naar de ontwikkeling van dieren en planten, ziekten, virussen, enz. sequencing-analyseplatform bestaat uit standaardanalyse en geavanceerde datamining. Op basis van RNA-seq-gegevens kan standaardanalyse miRNA-identificatie en -voorspelling, miRNA-doelgenvoorspelling, annotatie en expressieanalyse bereiken. Geavanceerde analyse maakt op maat gemaakte miRNA-zoekopdrachten en -extractie, het genereren van Venn-diagrammen, miRNA en het opbouwen van doelgennetwerken mogelijk.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS is een analyseplatform voor het opnieuw sequencen van het hele genoom, dat is ontwikkeld op basis van rijke ervaring met biomarkertechnologieën. Dit gebruiksvriendelijke platform maakt een snelle indiening van een geïntegreerde analyseworkflow mogelijk door eenvoudigweg een paar basisparameters in te stellen, die geschikt zijn voor DNA-sequencinggegevens die zijn gegenereerd door zowel het Illumina-platform als het BGI-sequencingplatform. Dit platform wordt ingezet op een krachtige computerserver, die zeer efficiënte gegevensanalyse in zeer beperkte tijd mogelijk maakt. Gepersonaliseerde datamining is beschikbaar op basis van standaardanalyse, inclusief gemuteerde genquery, PCR-primerontwerp, enz.
-
mRNA(referentie)
Transcriptoom is de link tussen genomische genetische informatie en het proteoom van de biologische functie. Regulatie op transcriptieniveau is de belangrijkste en meest bestudeerde regulatiemodus van organismen. Transcriptoomsequencing kan het transcriptoom op elk moment en onder elke omstandigheid sequencen, met een resolutie die nauwkeurig is tot op een enkel nucleotide. Het kan op dynamische wijze het niveau van gentranscriptie weerspiegelen, tegelijkertijd zeldzame en normale transcripten identificeren en kwantificeren, en de structurele informatie verschaffen van voorbeeld van specifieke transcripties.
Momenteel wordt transcriptoomsequencingtechnologie op grote schaal gebruikt in de agronomie, de geneeskunde en andere onderzoeksgebieden, waaronder de regulering van de ontwikkeling van dieren en planten, aanpassing aan het milieu, immuuninteractie, genlokalisatie, genetische evolutie van soorten en detectie van tumoren en genetische ziekten.
-
Metagenomica (NGS)
Dit analyseplatform is ontworpen voor shotgun-metagenomische data-analyse op basis van jarenlange ervaring. Het bestaat uit een geïntegreerde workflow die verschillende vaak benodigde metagenomica-analyses bevat, waaronder gegevensverwerking, onderzoeken op soortniveau, onderzoeken op genfunctieniveau, metagenoombinning, enz. Daarnaast zijn aangepaste dataminingtools beschikbaar via de standaardanalyseworkflow, inclusief het opvragen van genen en soorten. , parameterinstelling, gepersonaliseerde figuurgeneratie, enz.
-
LncRNA
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA) zijn een soort transcripten met een lengte langer dan 200 nt, die niet in staat zijn eiwitten te coderen. Accumulatief bewijs suggereert dat de meeste lncRNA's zeer waarschijnlijk functioneel zijn. High-throughput sequencing-technologieën en bio-informatische analysetools stellen ons in staat om lncRNA-sequenties te onthullen en informatie efficiënter te positioneren en ons ertoe te brengen lncRNA's met cruciale regulerende functies te ontdekken. BMKCloud is er trots op om onze klanten een lncRNA-sequencing-analyseplatform te bieden waarmee snelle, betrouwbare en flexibele lncRNA-analyses kunnen worden gerealiseerd.
-
GWAS
Genoombrede associatiestudie (GWAS) heeft tot doel genetische varianten (genotype) te identificeren die geassocieerd zijn met specifieke eigenschappen (fenotype). GWA-studies onderzoeken genetische markers die het hele genoom van een groot aantal individuen doorkruisen en voorspellen genotype-fenotype-associaties door statistische analyse op populatieniveau. Hersequencing van het hele genoom kan mogelijk alle genetische varianten ontdekken. Gekoppeld aan fenotypische gegevens kan GWAS worden verwerkt om fenotypegerelateerde SNP's, QTL's en kandidaatgenen te identificeren, wat de moderne dieren- en plantenveredeling sterk ondersteunt. SLAF is een zelfontwikkelde, vereenvoudigde strategie voor genoomsequencing, die genoombreed gedistribueerde markers, SNP, ontdekt. Deze SNP's kunnen als moleculair genetische markers worden verwerkt voor associatiestudies met gerichte eigenschappen. Het is een kosteneffectieve strategie bij het identificeren van complexe eigenschappen die verband houden met genetische variaties.
-
Nanopore Volledige transcriptomics
Complexe en variabele alternatieve isovormen in organismen zijn belangrijke genetische mechanismen voor het reguleren van genexpressie en eiwitdiversiteit. Nauwkeurige identificatie van transcriptstructuren is de basis voor diepgaand onderzoek naar regulatiepatronen van genexpressie. Het Nanopore-sequencingplatform heeft met succes transcriptomisch onderzoek naar isovormniveau gebracht. Dit analyseplatform is ontworpen om RNA-Seq-gegevens te analyseren die zijn gegenereerd op het Nanopore-platform op basis van het referentiegenoom, waardoor kwalitatieve en kwantitatieve analyses op zowel genniveau als transcriptieniveau worden bereikt.
-
circ-RNA
Circulair RNA (circRNA) is een type niet-coderend RNA waarvan onlangs is gebleken dat het een cruciale rol speelt in regulerende netwerken die betrokken zijn bij de ontwikkeling, weerstand tegen omgevingsfactoren, enz. Verschillend van lineaire RNA-moleculen, bijv. mRNA, lncRNA, 3' en 5' De uiteinden van circRNA zijn met elkaar verbonden om een cirkelvormige structuur te vormen, waardoor ze worden beschermd tegen de vertering van exonuclease en stabieler zijn dan het meeste lineaire RNA. CircRNA blijkt diverse functies te hebben bij het reguleren van genexpressie. CircRNA kan functioneren als ceRNA, dat miRNA competitief bindt, bekend als miRNA-spons. CircRNA-sequencing-analyseplatform maakt circRNA-structuur- en expressieanalyse, doelvoorspelling en gezamenlijke analyse met andere soorten RNA-moleculen mogelijk
-
BSA
Het Bulked Segregant Analysis-platform bestaat uit standaardanalyse in één stap en geavanceerde analyse met aangepaste parameterinstelling. BSA is een techniek die wordt gebruikt om snel fenotype-geassocieerde genetische markers te identificeren. De belangrijkste workflow van BSA omvat: 1. het selecteren van twee groepen individuen met extreem tegengestelde fenotypes; 2. het samenvoegen van het DNA, RNA of SLAF-seq (ontwikkeld door Biomarker) van alle individuen om twee grote hoeveelheden DNA te vormen; 3. het identificeren van differentiële sequenties ten opzichte van het referentiegenoom of daartussenin, 4. het voorspellen van kandidaat-gekoppelde regio's door middel van ED en SNP-indexalgoritme; 5. Functionele analyse en verrijking van genen in kandidaatregio's, enz. Meer geavanceerde datamining, waaronder screening van genetische markers en primerontwerp, is ook beschikbaar.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Het Amplicon (16S/18S/ITS)-platform is ontwikkeld met jarenlange ervaring in projectanalyse van microbiële diversiteit, dat gestandaardiseerde basisanalyse en gepersonaliseerde analyse bevat: basisanalyse omvat de reguliere analyse-inhoud van huidig microbieel onderzoek, de analyse-inhoud is rijk en alomvattend, en analyseresultaten worden gepresenteerd in de vorm van projectrapporten; De inhoud van gepersonaliseerde analyses is divers. Er kunnen monsters worden geselecteerd en de parameters kunnen flexibel worden ingesteld op basis van het basisanalyserapport en het onderzoeksdoel, om gepersonaliseerde vereisten te realiseren. Windows-besturingssysteem, eenvoudig en snel.
-
Evolutionaire genetica
Evolutionaire Genetica is een uitgebreide sequencing-service die is ontworpen om een inzichtelijke interpretatie te bieden van de evolutie binnen een grote groep individuen, gebaseerd op genetische variaties, waaronder SNP's, InDels, SV's en CNV's. Deze dienst omvat alle essentiële analyses die nodig zijn om de evolutionaire verschuivingen en genetische kenmerken van populaties op te helderen, inclusief beoordelingen van de populatiestructuur, genetische diversiteit en fylogenetische relaties. Bovendien verdiept het zich in studies over genstroom, waardoor schattingen van de effectieve populatieomvang en de divergentietijd mogelijk worden. Evolutionaire geneticastudies leveren waardevolle inzichten op in de oorsprong en aanpassingen van soorten.
Bij BMKGENE bieden we twee mogelijkheden voor het uitvoeren van evolutionaire geneticastudies op grote populaties: het gebruik van Whole Genome Sequencing (WGS) of het kiezen voor een genoomsequencingmethode met verminderde representatie, het in eigen huis ontwikkelde Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Hoewel WGS geschikt is voor kleinere genomen, komt SLAF naar voren als een kosteneffectief alternatief voor het bestuderen van grotere populaties met langere genomen, waardoor de sequentiekosten effectief worden geminimaliseerd.
