Hittekaart
De Heatmap-tool accepteert een matrixgegevensbestand als invoer en stelt gebruikers in staat gegevens te filteren, normaliseren en clusteren. De primaire use case voor heatmaps is clusteranalyse van het genexpressieniveau tussen verschillende monsters.
Gene-annotatie
De Gene Annotation-tool voert gen-annotatie uit op basis van sequentie-uitlijning van ingevoerde FASTA-bestanden met verschillende databases.
Basiszoekhulpmiddel voor lokale uitlijning (BLAST)
De BLAST-tool is een BMKCloud-geïntegreerde versie van NCBI BLAST en kan worden gebruikt om dezelfde functies uit te voeren met behulp van gegevens die zijn geüpload naar het BMKCloud-account.
CDS_UTR-voorspelling
De CDS_UTR Prediction-tool is ontworpen om coderende regio's (CDS) en niet-coderende regio's (UTR) in gegeven transcriptsequenties te voorspellen op basis van BLAST-resultaten tegen bekende eiwitdatabases en ORF-voorspellingsresultaten.
Manhattan-perceel
De Manhattan Plot-tool maakt de weergave van experimenten met hoge aantallen mogelijk en wordt vaak gebruikt in genoombrede associatiestudies (GWAS).
Circos-diagram
De CIRCOS Diagram-tool biedt een efficiënte visualisatie van hoe genomische kenmerken over het genoom zijn verdeeld. Gemeenschappelijke kenmerken zijn onder meer kwantitatieve loci, SNP's, InDels, structurele en kopienummervarianten.
Genontologie (GO) verrijking
De GO Enrichment-tool biedt functionele verrijkingsanalyse. De primaire software in deze tool is het TopGO-Bioconductor-pakket, dat differentiële expressieanalyse, GO-verrijkingsanalyse en visualisatie van de resultaten omvat.
Gewogen gen-co-expressie netwerkanalyse (WGCNA)
WGCNA is een veelgebruikte dataminingmethode voor het ontdekken van co-expressiemodules van genen. Het is toepasbaar op verschillende expressiedatasets, waaronder microarray- en NGS-genexpressiegegevens.
InterProScan
De InterProScan-tool biedt InterPro-eiwitsequentieanalyse en -classificatie.
GO KEGG-verrijking
De GO KEGG-verrijkingstool is ontworpen om een GO-verrijkingshistogram, KEGG-verrijkingshistogram en KEGG-verrijkingsroute te genereren op basis van een verstrekte genenset en bijbehorende annotatie.