Sequencing van het hele genoom van planten en dieren
Servicefuncties
● De voorbereiding van de bibliotheek kan standaard of PCR-vrij zijn
● Beschikbaar in 4 sequencingplatforms: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 of PacBio Revio.
● Bioinformatische analyse gericht op de detectie van varianten: SNP, InDel, SV en CNV
Servicevoordelen
●Uitgebreide expertise en publicatierecords: De opgebouwde ervaring met genoomsequencing voor meer dan 1000 soorten heeft geresulteerd in meer dan 1000 gepubliceerde gevallen met een cumulatieve impactfactor van meer dan 5000.
●Uitgebreide bio-informatica-analyse: Inclusief variatieaanroep en functieannotatie.
● Ondersteuning na verkoop:Onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een after-sales serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
●Uitgebreide annotatie: We gebruiken meerdere databases om de genen functioneel te annoteren met geïdentificeerde variaties en de bijbehorende verrijkingsanalyse uit te voeren, waardoor inzichten worden verkregen over meerdere onderzoeksprojecten.
Servicespecificaties
| Varianten te identificeren | Sequentiestrategie | Aanbevolen diepte |
| SNP en InDel | Illumina NovaSeq PE150 of MGI T7 | 10x |
| SV en CNV (minder nauwkeurig) | 30x | |
| SV en CNV (nauwkeuriger) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP's, Indels, SV en CNV | PacBio Revio | 10x |
Voorbeeldvereisten
| Weefsel of geëxtraheerde nucleïnezuren | Illumina/MGI | Nanoporie | PacBio
| ||
| Dierlijke ingewanden | 0,5-1 gram | ≥ 3,5 gram
| ≥ 3,5 gram
| ||
| Dierlijke spier | ≥ 5 gram
| ≥ 5 gram
| |||
| Zoogdierenbloed | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Gevogelte/visbloed | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant-vers blad | 1-2 gr | ≥ 2 gram
| ≥ 5 gram
| ||
| Gekweekte cellen |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insectenzacht weefsel/Individueel | 0,5-1 gram | ≥ 1 gram
| ≥ 3 gram
| ||
| Geëxtraheerd DNA
| Concentratie: ≥ 1 ng/ µL Hoeveelheid: ≥ 30 ng Beperkte of geen degradatie of vervuiling
| Concentratie Hoeveelheid
OD260/280
OD260/230
Beperkte of geen degradatie of vervuiling
| ≥ 40 ng/μL 4 µg/stroomcel/monster
1,7-2,2
≥1,5 | Concentratie Hoeveelheid
OD260/280
OD260/230
Beperkte of geen degradatie of vervuiling | ≥ 50 ng/μL 10 µg/stroomcel/monster
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| PCR-vrije bibliotheekvoorbereiding: Concentratie≥ 40 ng/μL Hoeveelheid≥ 500 ng | |||||
Servicewerkstroom
Levering van monsters
DNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
Gegevenslevering
Bevat de volgende analyse:
- Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
- Statistieken van uitlijning met referentiegenoom
- Variantidentificatie: SNP, InDel, SV en CNV
- Functionele annotatie van varianten
Statistieken van uitlijning met referentiegenoom - sequencing-diepteverdeling
SNP-oproepen tussen meerdere monsters
InDel-identificatie - statistieken van de InDel-lengte in de CDS-regio en de genoombrede regio
Variantverdeling over het genoom – Circos-plot
Functionele annotatie van genen met geïdentificeerde varianten – Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'Een glutathion S-transferase GhTT19 bepaalt de pigmentatie van bloemblaadjes via het reguleren van de accumulatie van anthocyanine in katoen', Plant Biotechnology Journal, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Het wilde Hevea brasiliensis-genoom op chromosoomniveau biedt nieuwe hulpmiddelen voor genomisch ondersteunde veredeling en waardevolle loci om de rubberopbrengst te verhogen', Plant Biotechnology Journal, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genoom van de estuariene oester geeft inzicht in de klimaatimpact en adaptieve plasticiteit', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analyse van genoom- en methylatieveranderingen bij Chinese inheemse kippen in de loop van de tijd geeft inzicht in het behoud van soorten', Communications Biology, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
