Pacbio Transcriptoom van volledige lengte

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, maakt nauwkeurige identificatie van transcript-isovormen mogelijk, werpt licht op alternatieve polyadenylatie en splitsing, en leidt tot nauwkeurigere genexpressieanalyse. De BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome-pijplijn is ontworpen om cDNA-bibliotheken te analyseren waarvan de sequentie is bepaald in de Circular Consensus Sequencing (CCS)-modus en identificeert niet-chimere (FLNC)-sequenties van volledige lengte, die vervolgens worden geclusterd in niet-redundante transcripten. Een daaropvolgende BUSCO-analyse beoordeelt de volledigheid van de transcriptoomassemblage. Van het samengestelde transcriptoom worden meerdere analyses uitgevoerd: alternatieve splitsing, eenvoudige sequentieherhaling (SSR), voorspelling van lncRNA en overeenkomstige doelgenen, voorspelling van nieuwe genen, analyse van genfamilies, analyse van transcriptiefactoren en functionele annotatie van transcripten.