PacBio 2+3 mRNA-oplossing van volledige lengte
Functies
● Studieontwerp:
Gepoold monster waarvan de sequentie is bepaald met PacBio om transcript-isovormen te identificeren
Afzonderlijke monsters (replica's en te testen omstandigheden) gesequenced metNGS om transcriptexpressie te kwantificeren
● PacBio-sequencing in CCS-modus, waardoor HiFi-lezingen worden gegenereerd
● Sequencing van de volledige transcripties
● Voor analyse is geen referentiegenoom nodig; het kan echter worden gebruikt
● Bio-informatica-analyse omvat niet alleen expressie op gen- en isovormniveau, maar ook analyse van lncRNA, genfusies, poly-adenylatie en genstructuur
Voordelen
● Hoge nauwkeurigheid: HiFi leest met nauwkeurigheid >99,9% (Q30), vergelijkbaar met NGS
● Alternatieve splitsingsanalyse: het sequencen van alle transcripten maakt identificatie en karakterisering van isovormen mogelijk.
● Combinatie van PacBio- en NGS-sterktes: maakt kwantificering van expressie op isovormniveau mogelijk, waardoor veranderingen worden onthuld die mogelijk worden gemaskeerd bij het analyseren van de hele genexpressie
● Uitgebreide expertise: met een track record van het voltooien van meer dan 1100 PacBio transcriptoomprojecten van volledige lengte en het verwerken van meer dan 2300 monsters, brengt ons team een schat aan ervaring met zich mee voor elk project.
● Ondersteuning na verkoop: onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Monstervereisten en levering
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| PolyA-verrijkte mRNA CCS-bibliotheek | PacBio-vervolg II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 miljoen CCS | Q30≥85% |
| Poly A verrijkt | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nucleotiden
|
| Conc. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| Illumina-bibliotheek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel. | Voor planten: RIN≥4,0; Voor dieren: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
| PacBio-bibliotheek | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel. | Planten: RIN≥7,5 Dieren: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Monsterlabeling: groeperen+repliceren, bijvoorbeeld A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. Droogijs:Monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
2. RNAstable buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in een RNA-stabilisatiebuis (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.
Bevat de volgende analyse:
Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
Alternatieve polyadenyleringsanalyse (APA)
Fusion-transcriptanalyse
Alternatieve splitsingsanalyse
Benchmarking van Universal Single-Copy Orthologen (BUSCO)-analyse
Nieuwe transcriptanalyse: voorspelling van coderende sequenties (CDS) en functionele annotatie
lncRNA-analyse: voorspelling van lncRNA en doelen
MicroSatelietidentificatie (SSR)
Differentieel uitgedrukte transcripties (DET's) analyse
Differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's) analyse
Functionele annotatie van DEG's en DET's
BUSCO-analyse
Alternatieve splitsingsanalyse
Alternatieve polyadenyleringsanalyse (APA)
Differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's) en transcripties (DETs9-anlaysis
Eiwit-eiwitinteractienetwerken van DET's en DEG's
Ontdek de vooruitgang die mogelijk wordt gemaakt door BMKGene's PacBio 2+3 volledige mRNA-sequencing via een samengestelde verzameling publicaties.
Chao, Q. et al. (2019) 'De ontwikkelingsdynamiek van het Populus-stamtranscriptoom', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamische veranderingen in het ascorbinezuurgehalte tijdens de fruitontwikkeling en rijping van Actinidia latifolia (een ascorbaatrijk fruitgewas) en de geassocieerde moleculaire mechanismen', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effectieve voorspelling van genen voor de biosynthetische route die betrokken zijn bij bioactieve polyfyllinen in polyphylla van Parijs', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gecombineerde PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq-analyse van het Tuta absoluta (Meyrick) transcriptoom en cytochroom P450-genen', Insecten, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Een onderzoek naar de complexiteit van het transcriptoom met behulp van PacBio real-time analyse van één molecuul gecombineerd met Illumina RNA-sequencing voor een beter begrip van de biosynthese van ricinolzuur in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
