Niet-referentiegebaseerde mRNA-sequencing-NGS
Functies
● Capture van poly-mRNA vóór voorbereiding van de bibliotheek
● Onafhankelijk van elk referentiegenoom: gebaseerd op de novo assemblage van transcripten, waardoor een lijst met unigenen wordt gegenereerd die zijn geannoteerd met meerdere databases (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Uitgebreide bioinformatische analyse van genexpressie en transcriptstructuur
Servicevoordelen
●Uitgebreide expertise: met een staat van dienst in de verwerking van meer dan 600.000 monsters bij BMKGENE, variërend van verschillende soorten monsters, zoals celculturen, weefsels en lichaamsvloeistoffen, brengt ons team een schat aan ervaring mee naar elk project. We hebben met succes meer dan 100.000 mRNA-Seq-projecten in verschillende onderzoeksdomeinen afgerond.
●Strenge kwaliteitscontrole: we implementeren kerncontrolepunten in alle stadia, van monster- en bibliotheekvoorbereiding tot sequencing en bio-informatica. Deze nauwgezette monitoring garandeert de levering van resultaten van consistent hoge kwaliteit.
● Uitgebreide annotatie: we gebruiken meerdere databases om de differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's) functioneel te annoteren en de overeenkomstige verrijkingsanalyse uit te voeren, waardoor inzicht wordt verkregen in de cellulaire en moleculaire processen die ten grondslag liggen aan de transcriptoomrespons.
●Ondersteuning na verkoop: onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Monstervereisten en levering
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| Poly A verrijkt | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Voorbeeldvereisten:
Nucleotiden:
| Conc. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel. | Voor planten: RIN≥4,0; Voor dieren: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
● Planten:
Wortel, stengel of bloemblad: 450 mg
Blad of zaad: 300 mg
Vruchten: 1,2 gram
● Dier:
HART of Darm: 300 mg
Ingewanden of hersenen: 240 mg
Spier: 450 mg
Botten, haar of huid: 1 g
● Geleedpotigen:
Insecten: 6g
Schaaldieren: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Cellen: 106 cellen
Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Monsterlabeling: groeperen+repliceren, bijvoorbeeld A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. Droogijs: Monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
2. RNAstable buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in een RNA-stabilisatiebuis (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.
Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
RNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bio-informatica
Transcriptoomassemblage en unigene-selectie
Unigene-annotatie
Monstercorrelatie en beoordeling van biologische replicaten
Differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's)
Functionele annotatie van DEG's
Functionele verrijking van DEG's
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de eukaryotische NGS-mRNA-sequencingdiensten van BMKGene via een samengestelde verzameling publicaties.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transcriptoomassemblage en sekse-vooringenomen genexpressie in de geslachtsklieren van de Amoer-meerval (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transcriptoomanalyse van het sucrosemetabolisme tijdens bolzwelling en -ontwikkeling bij ui (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (september), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo assemblage, karakterisering en annotatie voor het transcriptoom van Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transcriptoomanalyse biedt inzicht in de zouttolerantie van Podocarpus macrophyllus onder zoutstress', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/CIJFERS/9.
