mRNA-seq (NGS) met referentie-genoom
RNA-seq is een standaard tool over de levensduur en gewaswetenschappen, die de kloof tussen genomen en proteomen overbrugt. De kracht ervan ligt in het ontdekken van nieuwe transcripten en het kwantificeren van hun expressie in één test. Het wordt veel gebruikt voor vergelijkende transcriptomische studies, waardoor licht wordt werpt op genen gerelateerd aan verschillende eigenschappen of fenotypes, zoals het vergelijken van mutanten met wildtypen of het onthullen van genexpressie onder specifieke omstandigheden. BMKCloud mRNA (referentie) app integreert expressiekwantificering, differentiële expressieanalyse (DEG) en sequentiestructuuranalyses in de mRNA-seq (NGS) bioinformatica-pijplijn en amalgameert de sterkte van vergelijkbare software, waarvoor gemak en gebruiksvriendelijkheid zorgt. Gebruikers kunnen hun RNA-seq-gegevens uploaden naar de cloud, waar de app een uitgebreide, one-stop bioinformatische analyse-oplossing biedt. Bovendien geeft het prioriteit aan klantervaring en biedt het gepersonaliseerde activiteiten op maat van de specifieke behoeften van gebruikers. Gebruikers kunnen parameters instellen en de pijplijnmissie zelf indienen, het interactieve rapport controleren, gegevens/diagrammen bekijken en volledige datamining, zoals: doelgenselectie, functionele clustering, diagrammen, enz.
Platform:Illumina, MGI
Strategie:RNA-seq
Lay -out: PARIED, Clean-data.
Bibliotheektype:FR-niet-niet-gevestigde, fr-firststrand of fr-secondstrand
Lees lengte:150 BP
Bestandstype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz of *.fq.gz. Het systeem zalCombineer automatisch de .fastq -bestanden volgens hun bestandsnamen,bijv. *_1.fastq gepaard met *._ 2.Fastq.
Aantal monsters:Er zijn geen beperkingen op het nummervan monsters, maar de analysetijd zal toenemen als het aantalMonsters groeien.
Aanbevolen gegevensbedrag:6 g per monster