T2T -genoomassemblage, Gap gratis genoom
1stTwee rijstgenomen1
Titel: Assemblage en validatie van twee spleetvrije referentiegenomen voor Xian/Indica Rice onthult inzichten in plant-centromere architectuur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Geplaatst tijd: 01 januari 2021.
Instituut: Huazhong Agricultural University, China
Materialen
O. sativa Xian/indicaRijstvariëteiten 'Zhenshan 97 (ZS97)' en 'Minghui 63 (MH63)
Sequencing -strategie
Ngs leest + hifi leest + clr leest + bionano + hi-c
Gegevens:
ZS97: 8.34 GB （~ 23X） HIFI leest + 48.39 GB (~ 131x) CLR Leest + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys -cellen
MH63: 37.88 GB (~ 103x) Hifi leest + 48,97 GB (~ 132x) CLR Leest + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys -cellen
Figuur 1 Twee spleetvrije rijstgenomen (MH63 en ZS97)
2ndBananengenoom2
Titel: Telomere-tot-telomeer Gapless chromosomen van banaan met behulp van nanopore sequencing
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Geplaatst tijd: 17 april 2021.
Instituut: Université Paris-Saclay, Frankrijk
Materialen
Dubbele haploïdeMusa acuminataspilmalaccensis((Dh-Pahang)
Sequencing -strategie en gegevens:
Himeq2500 PE250-modus+ minion/ promethion (93 GB, ~ 200x)+ optische kaart (DLE-1+ BSPQ1)
Tabel 1 Vergelijking van Musa Acuminata (DH-Pahang) Genoomassemblages
Figuur 2 Musa Genomes -architectuurvergelijking
3rdPaeodactylum tricornutum genoom3
Titel: Telomere-to-telomere genoomassemblage vanP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Geplaatst tijd: 4 mei 2021
Instituut: Western University, Canada
Materialen
Paeodactylum tricornutum(Culture Collection van algen en protozoa CCAP 1055/1)
Sequencing -strategie en gegevens:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 Paired-End Mid-Output NextSeq 550 Run
Figuur 3 Workflow voor telomeer-tot-telomeer genoomassemblage
4thHuman CHM13 Genoom4
Titel: de volledige reeks van een menselijk genoom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Geplaatst tijd: 27 mei 2021
Instituut: National Institutes of Health (NIH), VS
Materialen: Celline CHM13
Sequencing -strategie en gegevens:
30 × PACBIO Circulaire consensussequencing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, 100 × Illumina PCR-vrije sequencing (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics HI-C (HI-C), Bionano Optical Maps, en streng-seq
Tabel 2 Vergelijking van GRCH38 en T2T-CHM13 Human Genome Assemblies
Referentie
1.Sergey Nurk et al. De volledige volgorde van een menselijk genoom. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-tot-telomeer GAPLOSS-chromosomen van banaan met behulp van nanopore sequencing. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomere-tot-telomeer genoomassemblage van Paeodactylum tricornutum. BIORXIV 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Montage en validatie van twee spleetvrije referentiegenomen voor Xian/indica-rijst onthult inzichten in plant-centromere architectuur. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posttijd: Jan-06-2022