Genoom
Chromosoom-schaal assemblage en analyse van biomassa gewas miscanthus lutarioriparius genoom
Nanopore sequencing | Illumina | HI-C | RNA-sequencing | Fylogenie
In deze studie boden biomarker-technologieën technische ondersteuning over nanopore sequencing, de novo genoomassemblage, HI-C geassisteerde assemblage, enz.
Abstract
Misdrijf, een rhizomateuze meerjarige plant, heeft een groot potentieel voor bio -energieproductie vanwege zijn hoge biomassa en stresstolerantie. We rapporteren een montage op chromosoomschaal vanMiscanthus lutarioripariusGenoom door Oxford Nanopore-sequencing en HI-C-technologieën te combineren. De 2,07 GB-assemblage beslaat 96,64% van het genoom, met contig N50 van 1,71 MB. De centromere en telomeersequenties worden geassembleerd voor respectievelijk alle 19 chromosomen en chromosoom 10. Allotetraploïde oorsprong van de M. lutarioriparius wordt verwekt met behulp van centromere satellietherhalingen. De tetraploïde genoomstructuur en verschillende chromosomale herschikkingen ten opzichte van sorghum worden duidelijk aangetoond. Tandem dubbele genen vanM. lutarioripariuszijn functioneel verrijkt, niet alleen in termen gerelateerd aan stressrespons, maar ook biosynthese van de celwand. Genfamilies gerelateerd aan ziektebestendigheid, celwandbiosynthese en metaaliontransport worden sterk uitgebreid en ontwikkeld. De uitbreiding van deze families kan een belangrijke genomische basis zijn voor de verbetering van opmerkelijke eigenschappen vanM. Lutarioriparius.
Belangrijkste statistieken van genoomassemblage
Figuur. Overzicht van de M. lutarioriparius -genoomassemblage
Nieuws en hoogtepunten streeft naar het delen van de nieuwste succesvolle gevallen met biomarker -technologieën, het vastleggen van nieuwe wetenschappelijke prestaties en prominente technieken die tijdens het onderzoek zijn toegepast.
Posttijd: Jan-05-2022