Nanopore Transcriptoom van volledige lengte

Nanopore-transcriptoomsequencing is een krachtige methode voor het sequencen van cDNA's van volledige lengte, waarbij transcriptie-isovormen nauwkeurig worden geïdentificeerd en gekwantificeerd. De BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline is ontworpen om RNA-Seq-gegevens gegenereerd op het Nanopore-platform te analyseren tegen een hoogwaardig, goed geannoteerd referentiegenoom, en biedt kwalitatieve en kwantitatieve analyse op zowel gen- als transcriptniveau. Na kwaliteitscontrole worden niet-chimere (FLNC) sequenties van volledige lengte verkregen en worden consensussequenties in kaart gebracht op het referentiegenoom om overtollige transcripten te verwijderen. Uit deze transcriptieset wordt de expressie gekwantificeerd en worden differentieel tot expressie gebrachte genen en transcripten geïdentificeerd en functioneel geannoteerd. De pijplijn omvat ook alternatieve polyadenylatie (APA)-analyse, alternatieve splicing-analyse, Simple Sequence Repeat (SSR)-analyse, voorspelling van lncRNA en overeenkomstige doelen, voorspelling van coderende sequenties (CDS), genfamilie-analyse, transcriptiefactoranalyse, voorspelling van nieuwe genen. en functionele annotatie van transcripties.