mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA-sequencing maakt profilering van alle mRNA-transcripten in cellen onder specifieke omstandigheden mogelijk en is een veelgebruikte technologie in verschillende onderzoeksgebieden. De BMKCloud De novo mRNA-seq-pijplijn is ontworpen om met poly-A verrijkte sequencing-bibliotheken te analyseren wanneer er geen referentiegenoom beschikbaar is. De pijplijn begint met kwaliteitscontrole, gevolgd doorde nieuwetranscriptassemblage en unige set-selectie. De unigeenstructuuranalyse voorspelt coderende sequentie (CDS) en eenvoudige sequentieherhalingen (SSR). Vervolgens vindt de differentiële expressieanalyse differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's) onder de geteste omstandigheden, gevolgd door functionele annotatie en verrijking van DEG's om biologische inzichten te extraheren.