Metagenomics (NGS)

Shotgun Metagenomics met Illumina is een populair hulpmiddel voor het bestuderen van microbiomen door DNA direct te sequencen van complexe monsters, waardoor zowel taxonomische als functionele diversiteit de studie mogelijk is. De BMKCloud Metagenomic (NGS) -pijplijn begint met kwaliteitscontrole en metagenoomassemblage, waaruit genen worden voorspeld en geclusterd in niet-redundante datasets die worden geannoteerd voor functie en taxonomie met behulp van meerdere databases. Deze informatie wordt gebruikt om de taxonomische diversiteit van het monster (alfa-diversiteit) en diversiteit tussen monsters (bèta-diversiteit) te analyseren. Differentiële analyse tussen groepen vindt OTU's en biologische functies die verschillen tussen de twee groepen met behulp van zowel parametrische als niet-parametrische tests, terwijl de correlatieanalyse deze verschillen in omgevingsfactoren relateert.