● Twee exome panelen beschikbaar op basis van doelverrijking met sondes: Selecteer zeker Human All Exon V6 (Agilent) en Xgen Exome Hybridization Panel V2 (IDT).
● Sequencing op Illumina Novaseq.
● Bioinformatische pijpleiding gericht op ziekteanalyse of tumoranalyse.
●Toelt uit het eiwitcodeergebied: Door eiwitcoderende regio's vast te leggen en te sequencen, wordt HWES gebruikt om varianten te onthullen die verband houden met eiwitstructuur.
●Kosteneffectief:HWE's levert ongeveer 85% van de door menselijke ziekten geassocieerde mutaties van 1% van het menselijk genoom op.
●Hoge nauwkeurigheid: Met hoge sequentiediepte vergemakkelijkt HWE's de detectie van zowel gemeenschappelijke varianten als zeldzame varianten met frequenties lager dan 1%.
●Rigoureuze kwaliteitscontrole: We implementeren vijf kernbesturingspunten in alle fasen, van voorbeeld- en bibliotheekvoorbereiding tot sequencing en bioinformatica. Deze zorgvuldige monitoring zorgt voor de levering van consistent hoogwaardige resultaten.
●Uitgebreide bioinformatica -analyse: Onze pijplijn gaat verder dan het identificeren van variaties op het referentiegenoom, omdat het geavanceerde analyse omvat die is ontworpen om specifiek onderzoeksvragen te beantwoorden met betrekking tot genetische aspecten van ziekten of tumoranalyse.
●Post-sales ondersteuning:Onze toewijding gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden na verkoop. Gedurende deze tijd bieden we projecten follow-up, hulp bij het oplossen van problemen en Q & A-sessies om alle vragen met betrekking tot de resultaten aan te pakken.
Exon Capture -strategie | Sequencing -strategie | Aanbevolen gegevensuitvoer |
Zeker selecteren Human All Exon V6 (Agilent) of xgen exome hybridisatiepaneel v2 (IDT)
| Illumina novaseq PE150 | 5 -10 GB Voor Mendeliaanse aandoeningen/zeldzame ziekten:> 50x Voor tumormonsters: ≥ 100x |
Monstertype
| Hoeveelheid(QUBIT®)
| Concentratie | Volume
| Zuiverheid (Nanodrop ™) |
Genomisch DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1.8-2.0 Geen degradatie, geen besmetting
|
Bioinformatische analyse van Hwes-ziektemonsters omvat:
● Gegevens sequencing qc
● Referentie -genoomuitlijning
● Identificatie van SNP's en indels
● Functionele annotatie van SNP's en indels
Bioinformatische analyse van tumormonsters omvat:
● Gegevens sequencing qc
● Referentie -genoomuitlijning
● Identificatie van SNP's, indels en somatische variaties
● Identificatie van kiemlijnvarianten
● Analyse van mutatiehandtekeningen
● Identificatie van aandrijfgenen op basis van winst-functie-mutaties
● Mutatie -annotatie op het niveau van de gevoeligheid van drugs
● Heterogeniteitsanalyse - Berekening van zuiverheid en ploidy
Gegevens QC - Statistieken van Exome Capture
Variantidentificatie - Indels
Geavanceerde analyse: identificatie en verdeling van schadelijke SNP's/indels - Circos plot
Tumoranalyse: identificatie en verdeling van somatische mutaties - Circos plot
Tumoranalyse: klonale lijnen