Genoombrede associatieanalyse
Werkstroom
Servicevoordelen
●Uitgebreide expertise en publicatierecords: met opgebouwde ervaring in GWAS heeft BMKGene honderden soortenprojecten in populatie-GWAS-onderzoek voltooid, onderzoekers geholpen om meer dan 100 artikelen te publiceren, en de cumulatieve impactfactor bereikte 500.
● Uitgebreide bio-informatica-analyse: workflow omvat SNP-eigenschapsassociatieanalyse, waarbij een reeks kandidaatgenen en hun overeenkomstige functionele annotatie wordt geleverd.
●Zeer bekwaam bio-informaticateam en korte analysecyclus: met veel ervaring in geavanceerde genomica-analyses levert het team van BMKGene uitgebreide analyses met een snelle doorlooptijd.
●Ondersteuning na verkoop:Onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een after-sales serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties en vereisten
| Type sequencing | Aanbevolen populatieschaal | Sequentiestrategie | Nucleotidenvereisten |
| Sequencing van het hele genoom | 200 monsters | 10x | Concentratie: ≥ 1 ng/ µL Totaalbedrag≥ 30ng Beperkte of geen degradatie of vervuiling |
| Specifiek-locus versterkt fragment (SLAF) | Tagdiepte: 10x Aantal tags: < 400 Mb: WGS wordt aanbevolen < 1 Gb: 100.000 tags 1Gb > 2Gb: 300K-tags Maximaal 500.000 tags | Concentratie ≥ 5 ng/μL Totaal bedrag ≥ 80 ng Nanodruppel OD260/280=1,6-2,5 Agarosegel: geen of beperkte afbraak of contaminatie
|
Materiaalkeuze
Verschillende variëteiten, ondersoorten, landrassen/genenbanken/gemengde families/wilde hulpbronnen
Verschillende variëteiten, ondersoorten, landrassen
Halfbroer/zusfamilie/wilde hulpbronnen
Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
RNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
- Genoombrede associatieanalyse: LM-, LMM-, EMMAX-, FASTLMM-model
- Functionele annotatie van kandidaatgenen
SNP-eigenschapsassociatieanalyse - Manhattan-plot
SNP-kenmerkassociatieanalyse – QQ-plot
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de GWAS-services van BMKGene via een samengestelde verzameling publicaties:
Lv, L. et al. (2023) 'Inzicht in de genetische basis van ammoniaktolerantie bij scheermessen Sinonovacula constricta door genoombrede associatiestudie',Aquacultuur, 569, blz. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omics-analyses van 398 toetredingen van vossestaartgierst onthullen genomische regio's die verband houden met domesticatie, metabolietenkenmerken en ontstekingsremmende effecten',Moleculaire plant, 15(8), blz. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genoombrede associatie-in kaart brengen van Hulless nauwelijks fenotypes in droogteomgeving',Grenzen in de plantenwetenschappen, 13, blz. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, dat codeert voor een sulfotransferase, verleent resistentie tegen de sojabonenmozaïekvirusstammen G2 en G3',Plant, cel en milieu, 44(8), blz. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
