De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE biedt veelzijdige oplossingen voor schimmelgenomen, tegemoetkomend aan diverse onderzoeksbehoeften en gewenste volledigheid van het genoom. Alleen al het gebruik van short-read Illumina-sequencing maakt het genereren van een conceptgenoom mogelijk. Short-reads en long-read sequencing met behulp van Nanopore of Pacbio worden gecombineerd voor een verfijnder schimmelgenoom met langere contigs. Bovendien verbetert de integratie van Hi-C-sequencing de mogelijkheden verder, waardoor het mogelijk wordt een volledig genoom op chromosoomniveau te bereiken.
Servicefuncties
Met drie mogelijke opties om uit te kiezen, afhankelijk van de gewenste mate van volledigheid van het genoom:
● Conceptgenoomoptie: Short-read sequencing met Illumina NovaSeq PE150.
● Schimmelfijngenoomoptie:
Genoomonderzoek: Illumina NovaSeq PE150.
Genoomassemblage: PacBio Revio (HiFi-lezingen) of Nanopore PromethION 48.
● Schimmelgenoom op chromosoomniveau:
Genoomonderzoek: Illumina NovaSeq PE150.
Genoomassemblage: PacBio Revio (HiFi-lezingen) of Nanopore PromethION 48.
Contig-verankering met Hi-C-montage.
Servicevoordelen
●Meerdere sequentiestrategieën beschikbaar: Voor verschillende onderzoeksdoelen en vereisten voor de volledigheid van het genoom
●Volledige bio-informatica-workflow:Dit omvat genoomassemblage en de voorspelling van meerdere genomische elementen, functionele genannotatie en contig-verankering.
●Uitgebreide expertise: Met meer dan 12.000 verzamelde microbiële genomen brengen we meer dan tien jaar ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide inhoud en uitstekende ondersteuning na de verkoop met zich mee.
●Ondersteuning na verkoop:Onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een after-sales serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties
| Dienst | Sequentiestrategie | Kwaliteitscontrole |
| Ontwerpgenoom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fijn genoom | Genoomonderzoek: Illumina PE150 50 x Montage: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Eencellig) contig N50 ≥2Mb (ONT Eencellig) contig N50 ≥500kb (Overige) |
| Genoom op chromosoomniveau | Genoomonderzoek: Illumina PE150 50 x Montage: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x Hi-C Montage 100x | Contig-verankeringsverhouding>90%
|
Servicevereisten
| Concentratie (ng/μL) | Totaal bedrag (µg) | Volume (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanoporie | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Eencellige schimmel: ≥3,5x1010 cellen
Macroschimmel: ≥10 g
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
Genoomonderzoek:
- Sequencing-gegevenskwaliteitscontrole
- Genoomschatting: grootte, heterozygositeit, repetitieve elementen
Fijne genoomassemblage:
- Sequencing-gegevenskwaliteitscontrole
- De nieuweMontage
- Genoomcomponentanalyse: voorspelling van CDS en meerdere genomische elementen
- Functionele annotatie met meerdere algemene databases (GO, KEGG, etc.) en geavanceerde databases (CARD, VFDB, etc.)
Hi-C-montage:
- Hi-C Bibliotheekbeoordeling.
- Contigs die clusteren, ordenen en oriënteren verankeren
- Evaluatie van HI-C-assemblage: gebaseerd op referentiegenoom en hittekaart
Genoomonderzoek: k-mer-verdeling
Genoomassemblage: gen-homologe annotatie (NR-database)
Genoomassemblage: functionele genannotatie (GO)
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de assemblagediensten voor schimmelgenoomen van BMKGene via een samengestelde verzameling publicaties.
Hao, J. et al. (2023) 'Geïntegreerde omische profilering van de medicinale paddenstoel Inonotus obliquus onder ondergedompelde omstandigheden',BMC Genomica, 24(1), blz. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genoomsequencing onthult de evolutie en pathogene mechanismen van de tarwe-scherpe oogvlekkenziekteverwekker Rhizoctonia granalis',Het gewasjournaal, 11(2), blz. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genoombronnen voor vier Clarireedia-soorten die een dollarvlek veroorzaken op diverse graszoden',Plantenziekte, 107(3), blz. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetisch en moleculair bewijs van een tetrapolair paarsysteem in de eetbare paddenstoel Grifola frondosa',Tijdschrift voor schimmels, 9(10), blz. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
