Volledige lengte mRNA-sequencing-Nanopore
Functies
● Capture van poly-A-mRNA gevolgd door cDNA-synthese en bibliotheekvoorbereiding
● Sequencing van de volledige transcripties
● Bioinformatische analyse gebaseerd op afstemming op een referentiegenoom
● Bio-informatica-analyse omvat niet alleen expressie op gen- en isovormniveau, maar ook analyse van lncRNA, genfusies, poly-adenylatie en genstructuur
Servicevoordelen
●Kwantificering van expressie op isovormniveau: maakt gedetailleerde en nauwkeurige expressieanalyse mogelijk, waardoor veranderingen worden onthuld die mogelijk worden gemaskeerd bij het analyseren van de hele genexpressie
●Verminderde datavereisten:Vergeleken met Next-Generation Sequencing (NGS) vertoont Nanopore-sequencing lagere gegevensvereisten, waardoor gelijkwaardige niveaus van kwantificeringsverzadiging van genexpressie met kleinere gegevens mogelijk zijn.
●Hogere nauwkeurigheid van expressiekwantificering: zowel op gen- als isovormniveau
●Identificatie van aanvullende transcriptomische informatie: alternatieve polyadenylatie, fusiegenen en lcnRNA en hun doelgenen
●Uitgebreide expertise: Ons team brengt een schat aan ervaring met zich mee voor elk project, nadat het meer dan 850 Nanopore transcriptoomprojecten van volledige lengte heeft voltooid en meer dan 8.000 monsters heeft verwerkt.
●Ondersteuning na verkoop: onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Monstervereisten en levering
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| Poly A verrijkt | Illumina PE150 | 6/12 GB | Gemiddelde kwaliteitsscore: Q10 |
Voorbeeldvereisten:
Nucleotiden:
| Conc. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel. | Voor planten: RIN≥7,0; Voor dieren: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
● Planten:
Wortel, stengel of bloemblad: 450 mg
Blad of zaad: 300 mg
Vruchten: 1,2 gram
● Dier:
HART of Darm: 300 mg
Ingewanden of hersenen: 240 mg
Spier: 450 mg
Botten, haar of huid: 1 g
● Geleedpotigen:
Insecten: 6g
Schaaldieren: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Cellen: 106 cellen
Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Monsterlabeling: groeperen+repliceren, bijvoorbeeld A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. Droogijs: Monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
2. RNAstable buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in een RNA-stabilisatiebuis (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.
Servicewerkstroom
Nucleotiden:
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Servicewerkstroom
Weefsel:
Experimentontwerp
Levering van monsters
RNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
● Verwerking van ruwe gegevens
● Transcriptie-identificatie
● Alternatieve splitsing
● Expressiekwantificering op genniveau en isovormniveau
● Differentiële expressieanalyse
● Functieannotatie en verrijking (DEG's en DET's)
Alternatieve splitsingsanalyse
Alternatieve polyadenyleringsanalyse (APA)
lncRNA-voorspelling
Annotatie van nieuwe genen
Clustering van DET's
Eiwit-eiwitnetwerken in DEG's
Ontdek de vooruitgang die mogelijk wordt gemaakt door BMKGene's Nanopore-mRNA-sequencingdiensten van volledige lengte via een samengestelde verzameling publicaties.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetische en transcriptionele activering van de secretoire kinase FAM20C als een oncogen bij glioom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hij, Z. et al. (2023) 'Volledige transcriptoomsequencing van lymfocyten die reageren op IFN-γ onthult een Th1-scheve immuunrespons bij bot (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergelijkende analyse van PacBio- en ONT-RNA-sequencingmethoden voor identificatie van Nemopilema Nomurai-gif', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analyse onthult verschillende functionele tendensen tussen exosomen en microblaasjes afgeleid van hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TAFELS/6.
