Eukaryotische mRNA -analyse (op referentie gebaseerde en de novo -opties beschikbaar)
Deze pijplijn maakt gebruik van NGS RNA-seq-gegevens als invoer en produceert resultaten van meerdere stroomafwaartse analyses, waaronder maar niet beperkt tot: Sequencing Data Quality Assessment,de novoAnnotatie van transcriptiesite, variabele splitsingsanalyse, differentiële expressieanalyse, functie -annotatie en verrijkingsanalyse.
Lange niet-coderende RNA-analyse
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA) zijn niet-coderende transcripten met lengtes langer dan 200 nT en spelen bekend om rollen in chromatine-organisatie en regulatie. High-throughput sequencing-technologieën en bio-informatiek hebben onze begrip lncRNA-sequenties en positioneringsinformatie in staat gesteld om LNCRNA's te identificeren met cruciale regulerende functies. Deze pijplijn biedt lncRNA -analyse naast analyses die worden genoemd in de eukaryotische mRNA -analysepijplijn.
16S/18S/zijn amplicon -sequencing
De amplicon sequencing microbiële diversiteitsanalysepijplijn werd ontwikkeld op basis van jarenlange ervaring in de analyse van microbiële diversiteitsproject. De pijplijn bevat gestandaardiseerde basisanalyse, die betrekking heeft op de mainstream -analyse -inhoud van het huidige microbiële onderzoek en gepersonaliseerde analyse. Het analyserapport is rijk en uitgebreid, met de optie om verschillende persoonlijke analyse uit te voeren. Bovendien kunnen monsters en groepen meteen worden aangepast voor extra aanpassing en controle.
Shotgun Metagenomics Analysis
De metagenomische analyse van het shotgun -analyse maakt gebruik van NGS -gegevens van gemengde genomische materialen geëxtraheerd uit omgevingsmonsters. Opgenomen analyses bieden gedetailleerde informatie over soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerken met omgevingsfactoren.
NGS-WGS-variantanalyse
De NGS-WGS-variantanalyse is een geïntegreerde variantdetectiepijplijn die gegevenskwaliteitscontrole, sequentie-uitlijning, annotatie en genmutatieanalyse uitvoert. De pijplijn volgt op GATK -best practices voor SNP- en indeldetectie en gebruikt manta voor structurele variantaanroepen.
Genoom Wide Association Study (GWAS)
De GWAS -pijplijn is een downstream -analyse die eerder gegenereerde VCF -bestanden en overeenkomstige fenotype -gegevens voor een cohort van individuen als input neemt. Met behulp van specifieke statistische methoden wil GWAS genoombrede nucleotidevariaties ontdekken die gecorreleerd waren met fenotypische verschillen. Het speelt een cruciale rol bij het verkennen van functionele genen geassocieerd met complexe menselijke ziekten en ingewikkelde eigenschappen bij planten en dieren.
Bulk segregatie analyse (BSA)
BSA -analyse omvat het poolen van personen met extreme fenotypische eigenschappen van een scheidende populatie. Door het vergelijken van differentiële loci tussen de gepoolde monsters, identificeert deze benadering snel nauw verbonden moleculaire markers geassocieerd met doelgenen. Op grote schaal gebruikt bij genetische mapping van planten en dieren, is het een waardevol hulpmiddel voor door markerondersteunde fokken.
Evolutionaire genetica -analyse
De workflow van de evolutionaire genetica -analyse maakt gebruik van de uitgebreide ervaring van BMKgene in genetische evolutieprojecten en omvat fylogenetische boomconstructie, koppelingsontstationalanalyse, beoordeling van genetische diversiteit, selectieve sweep -identificatie, verwantschapsanalyse, principale componentanalyse en karakterisering van de populatiestructuur.
