Evolutionaire genetica
Servicevoordelen
Takagi et al.,Het plantendagboek, 2013
●Uitgebreide bioinformatische analyse:het mogelijk maken van de schatting van de genetische diversiteit, die het evolutionaire potentieel van soorten weerspiegelt, en het onthullen van betrouwbare fylogenetische relaties tussen soorten met minimale invloed van convergente evolutie en parallelle evolutie
●Optionele analyse op maat: zoals het schatten van de divergentietijd en -snelheid op basis van variaties op nucleotide- en aminozurenniveau.
●Uitgebreide expertise en publicatierecords: BMKGene heeft gedurende meer dan 15 jaar een enorme ervaring opgebouwd in populatie- en evolutionaire geneticaprojecten, die duizenden soorten bestrijken, enz. en heeft bijgedragen aan meer dan 1000 projecten op hoog niveau die zijn gepubliceerd in Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, enz.
● Zeer bekwaam bio-informaticateam en korte analysecyclus: met veel ervaring in geavanceerde genomica-analyses levert het team van BMKGene uitgebreide analyses met een snelle doorlooptijd.
● Ondersteuning na verkoop:Onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een after-sales serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties en vereisten
| Type sequencing | Aanbevolen populatieschaal | Sequentiestrategie | Nucleotidenvereisten |
| Sequencing van het hele genoom | ≥ 30 individuen, met ≥ 10 individuen uit elke subgroep
| 10x | Concentratie: ≥ 1 ng/ µL Totaalbedrag≥ 30ng Beperkte of geen degradatie of vervuiling |
| Specifiek-locus versterkt fragment (SLAF) | Tagdiepte: 10x Aantal tags: <400 Mb: WGS wordt aanbevolen <1 Gb: 100.000 tags 1Gb >2Gb: 300K-tags Maximaal 500.000 tags | Concentratie ≥ 5 ng/μL Totaal bedrag ≥ 80 ng Nanodruppel OD260/280=1,6-2,5 Agarosegel: geen of beperkte afbraak of contaminatie
|
Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
De service omvat analyse van de populatiestructuur (fylogenetische boom, PCA, populatiestratificatiegrafiek), populatiediversiteit en populatieselectie (koppelingsonevenwicht, selectieve selectie van voordelige locaties). De service kan ook analyses op maat omvatten (bijvoorbeeld divergentietijd, genenstroom).
*De hier getoonde demoresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen gepubliceerd met BMKGENE
1.Evolutieanalyse omvat de constructie van fylogenetische boom, populatiestructuur en PCA op basis van genetische variaties.
Fylogenetische boom vertegenwoordigt taxonomische en evolutionaire relaties tussen soorten met een gemeenschappelijke voorouder.
PCA heeft tot doel de nabijheid tussen subpopulaties te visualiseren.
De populatiestructuur toont de aanwezigheid van genetisch verschillende subpopulaties in termen van allelfrequenties.
Chen, enz. al.,PNAS, 2020
2. Selectieve sweep
Selectieve sweep verwijst naar een proces waarbij een voordelige locatie wordt geselecteerd en de frequenties van gekoppelde neutrale locaties worden verhoogd en die van niet-gekoppelde locaties worden verlaagd, wat resulteert in een vermindering van de regionale frequenties.
Genoombrede detectie op selectieve sweep-regio's wordt verwerkt door het berekenen van de genetische populatie-index (π, Fst, Tajima's D) van alle SNP's binnen een glijdend venster (100 Kb) bij een bepaalde stap (10 Kb).
Nucleotidendiversiteit (π）
Tajima's D
Fixatie-index (Fst)
Wu, enz. al.,Moleculaire plant, 2018
3. Genenstroom
Wu, enz. al.,Moleculaire plant, 2018
4.Demografische geschiedenis
Zhang, enz. al.,Natuurecologie en evolutie, 2021
5. Divergentietijd
Zhang, enz. al.,Natuurecologie en evolutie, 2021
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de diensten op het gebied van evolutionaire genetica van BMKGene via een samengestelde verzameling publicaties:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Ontdekking van moleculaire SNP-markers en kandidaatgenen geassocieerd met Sacbrood-virusresistentie in Apis cerana cerana-larven door middel van Whole-Genome Resequencing',Internationaal tijdschrift voor moleculaire wetenschappen, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Ontdekking van een wilde, genetisch zuivere Chinese reuzensalamander schept nieuwe mogelijkheden voor natuurbehoud',Zoölogisch onderzoek, 2022, vol. 43, nummer 3, pagina's: 469-480, 43 (3), pp. 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Fylogeografisch patroon en populatie-evolutiegeschiedenis van de inheemse Elymus sibiricus L. op het Qinghai-Tibetaanse plateau',Grenzen in de plantenwetenschappen, 13, blz. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomische inzichten in de evolutie van longan op basis van een genoomassemblage op chromosoomniveau en populatiegenomica van longan-toetredingen',Tuinbouwonderzoek, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
