Eukaryotische mRNA-sequencing-ngs
Functies
● vastleggen van poly -mRNA voorafgaand aan bibliotheekbereiding
● Optionele directionele mRNA-bibliotheekvoorbereiding om strengspecifieke sequentiegegevens mogelijk te maken
● Bioinformatische analyse van genexpressie en transcriptstructuur
Voordelen
●Uitgebreide expertise: Ons team heeft meer dan 600.000 monsters verwerkt bij BMKgene, met verschillende monstertypen zoals celculturen, weefsels en lichaamsvloeistoffen. We brengen een schat aan ervaring in elk project en hebben met succes meer dan 100.000 mRNA-seq-projecten voltooid in verschillende onderzoeksdomeinen.
●Rigoureuze kwaliteitscontrole: We implementeren kernbesturingspunten in alle fasen, van voorbeeld- en bibliotheekvoorbereiding tot sequencing en bioinformatica. Deze zorgvuldige monitoring zorgt voor de levering van consistent hoogwaardige resultaten en verzekert u dat uw project in betrouwbare handen is.
●Uitgebreide annotatie: We gebruiken meerdere databases om de differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's) functioneel te annoteren en overeenkomstige verrijkingsanalyses uit te voeren. Deze uitgebreide aanpak biedt inzichten in de cellulaire en moleculaire processen die ten grondslag liggen aan de transcriptoomrespons, zodat u volledig op de hoogte bent van de resultaten van uw project.
●Ondersteuning na de verkoop: Onze toewijding gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden na verkoop. Gedurende deze tijd bieden we projecten follow-up, hulp bij het oplossen van problemen en Q & A-sessies om alle vragen met betrekking tot de resultaten aan te pakken.
Voorbeeldvereisten en levering
| Bibliotheek | Sequencing -strategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| Poly a verrijkt | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 GB | Q30 ≥85% |
Voorbeeldvereisten:
Nucleotiden:
| Conc. (Ng/μl) | Bedrag (μg) | Zuiverheid | Integriteit | |
| Standaardbibliotheek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA -besmetting getoond op gel. | Voor planten: Rin≥4.0; Voor dieren: RIN ≥4.5; 5,0 ≥28s/18s ≥ 1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
| Directionele bibliotheek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA -besmetting getoond op gel. | Voor planten: Rin≥4.0; Voor dieren: RIN ≥4.5; 5,0 ≥28s/18s ≥ 1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
● Planten:
Wortel, stengel of bloemblad: 450 mg
Blad of zaad: 300 mg
Fruit: 1,2 g
●Dier:
Hart of darm: 300 mg
Ingewanden of hersenen: 240 mg
Spier: 450 mg
Botten, haar of huid: 1G
● geleedpotigen:
Insecten: 6G
Crustacea: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Cellen: 106 cellen
Aanbevolen monsterafgifte
Container: 2 ml centrifugebuis (blikfolie wordt niet aanbevolen)
Voorbeeldetikettering: groep+repliceren EG A1, A2, A3; B1, B2, B3 ... ...
Verzending:
1. DROY-ICE: Monsters moeten in zakken worden verpakt en begraven in droge ijs.
2. RNAS -tafelsbuizen: RNA -monsters kunnen worden gedroogd in RNA -stabilisatiebuis (bijv. Rnastable®) en verzonden in kamertemperatuur.
Service -werkstroom
Experimentontwerp
Voorbeeldafgifte
RNA -extractie
Bibliotheekconstructie
Volgorde
Gegevensanalyse
After-Sale Services
Bio -informatica
Eukaryotisch MRNA -sequencing -analyse Workflow
Bio -informatica
ØRuwe gegevenskwaliteitscontrole
ØReferentie -genoomuitlijning
ØTranscriptstructuuranalyse
ØKwantificering van expressie
ØDifferentiële expressieanalyse
ØFunctie -annotatie en verrijking
Referentie -genoomuitlijning
Gegevensverzadiging
Steekproefcorrelatie en beoordeling van biologische replica's
Differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's)
Functionele annotatie van DEG's
Functionele verrijking van DEG's
Verken de vooruitgang die wordt vergemakkelijkt door BMKgene's eukaryotische NGS -mRNA -sequencingdiensten via een samengestelde verzameling publicaties.
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan en triclocarban verzwakken de olfactorische capaciteit van goudvis door de herkenning van de geur te beperken, de transductie van de olfactorische signaal te verstoren en de verwerking van de olfactorische informatieverwerking te verstoren', wateronderzoek, 233, p. 119736. Doi: 10.1016/j.watres.2023.119736.
JIA, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kaapt menselijke P11 om schimmelbevattende fagosomen naar niet-degradatieve route te omleiden', Cell Host & Microbe, 31 (3), pp. 373-388.E10. doi: 10.1016/j.chom.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP -transcriptiefactoren die betrokken zijn bij de schietontwikkeling van Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus munro)', Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. Doi: 10.3389/fpls.2022.884443/bibtex.
Wen, X. et al. (2022) 'Het chrysanthemum lavandulifoliumgenoom en het moleculaire mechanisme dat ten grondslag ligt aan diverse capitulumtypen', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/uur/uhab022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Een cascade -nanoreactor voor het verbeteren van sonodynamische therapie op colorectale kanker via synergetische ROS -augment en autofagie -blokkade', Nano Today, 49, p. 101798. Doi: 10.1016/j.nantod.2023.101798.
