mRNA-sequencing over de volledige lengte -PacBio
Functies
● cDNA-synthese uit poly-A-mRNA gevolgd door voorbereiding van de bibliotheek
● Sequencing in CCS-modus, waardoor HiFi-lezingen worden gegenereerd
● Sequencing van de volledige transcripties
● Voor de analyse is geen referentiegenoom nodig; het kan echter worden gebruikt
● Bio-informatica-analyse maakt analyse mogelijk van transcripten isovorm lncRNA, genfusies, poly-adenylatie en genstructuur
Servicevoordelen
●Hoge nauwkeurigheid: HiFi leest met nauwkeurigheid >99,9% (Q30), vergelijkbaar met NGS
● Alternatieve splitsingsanalyse: sequencing van de volledige transcripties maakt identificatie en karakterisering van isovormen mogelijk
●Uitgebreide expertise: met een track record van het voltooien van meer dan 1100 PacBio transcriptoomprojecten van volledige lengte en het verwerken van meer dan 2300 monsters, brengt ons team een schat aan ervaring met zich mee voor elk project.
●Ondersteuning na verkoop: onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Monstervereisten en levering
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| PolyA-verrijkte mRNA CCS-bibliotheek | PacBio-vervolg II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 miljoen CCS | Q30≥85% |
Voorbeeldvereisten:
Nucleotiden:
● Planten:
Wortel, stengel of bloemblad: 450 mg
Blad of zaad: 300 mg
Vruchten: 1,2 gram
● Dier:
HART of Darm: 300 mg
Ingewanden of hersenen: 240 mg
Spier: 450 mg
Botten, haar of huid: 1 g
● Geleedpotigen:
Insecten: 6g
Schaaldieren: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Cellen: 106 cellen
| Conc. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel. | Voor planten: RIN≥7,5; Voor dieren: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
Aanbevolen monsterlevering
Houder: Centrifugeerbuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Monsterlabeling: groeperen+repliceren, bijvoorbeeld A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. Droogijs: Monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
2. RNAstable buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in een RNA-stabilisatiebuis (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.
Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
RNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
● Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
● Alternatieve polyadenyleringsanalyse (APA)
● Fusion-transcriptanalyse
● Alternatieve splitsingsanalyse
● Benchmarking van Universal Single-Copy Orthologen (BUSCO)-analyses
● Nieuwe transcriptanalyse: voorspelling van coderende sequenties (CDS) en functionele annotatie
● lncRNA-analyse: voorspelling van lncRNA en doelwitten
● MicroSatelietidentificatie (SSR)
BUSCO-analyse
Alternatieve splitsingsanalyse
Alternatieve polyadenyleringsanalyse (APA)
Functionele annotatie van nieuwe transcripties
Ontdek in deze publicatie de vooruitgang die mogelijk wordt gemaakt door de Nanopore-mRNA-sequencingdiensten van volledige lengte van BMKGene.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergelijkende analyse van PacBio- en ONT-RNA-sequencingmethoden voor identificatie van Nemopilema Nomurai-gif', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'De ontwikkelingsdynamiek van het Populus-stamtranscriptoom', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamische veranderingen in het ascorbinezuurgehalte tijdens de fruitontwikkeling en rijping van Actinidia latifolia (een ascorbaatrijk fruitgewas) en de geassocieerde moleculaire mechanismen', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effectieve voorspelling van genen voor de biosynthetische route die betrokken zijn bij bioactieve polyfyllinen in polyphylla van Parijs', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gecombineerde PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq-analyse van het Tuta absoluta (Meyrick) transcriptoom en cytochroom P450-genen', Insecten, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Een onderzoek naar de complexiteit van het transcriptoom met behulp van PacBio real-time analyse van één molecuul gecombineerd met Illumina RNA-sequencing voor een beter begrip van de biosynthese van ricinolzuur in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
