Vergelijkende genomica
Servicevoordelen
●Uitgebreide expertise en publicatierecords: met de cumulatieve impact heeft BMKGene meer dan 90 vergelijkende genomica-projecten voltooid, met een cumulatieve impactfactor van 900.
●Uitgebreide bio-informatica-analyse: het analysepakket bevat de acht meest benodigde analyses, biedt goed ontworpen cijfers die klaar zijn om te publiceren en een gemakkelijke interpretatie van de resultaten mogelijk maakt
●Zeer bekwaam bio-informaticateam en korte analysecyclus: met veel ervaring in vergelijkende genomica-analyses vervult het team van BMKGene diverse gepersonaliseerde analyse-eisen in een korte doorlooptijd
●Ondersteuning na verkoop:Onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een after-sales serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Servicespecificaties
| Geschatte doorlooptijd | Aantal soorten | Analyses |
| 30 werkdagen | 6 - 12 | Clustering van genenfamilies Uitbreiding en samentrekking van de genfamilie Fylogenetische boomconstructie Schatting van de divergentietijd (fossiele kalibratie vereist) LTR-invoegtijd (voor planten) Duplicatie van het hele genoom (voor planten) Selectieve druk Synteny-analyse |
Bio-informatica analyses
● Genfamilie
● Fylogenetica
● Divergentietijd
● Selectieve druk
● Synteny-analyse
Monstervereisten en levering
Voorbeeldvereisten:
Weefsel of DNA voor genoomsequencing en -assemblage
Voor weefsel
| Soort | Weefsel | Vragenlijst | PacBio CCS |
| Dier | Visceraal weefsel | 0,5 ~ 1 gram | ≥ 3,5 gram |
| Spierweefsel | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Zoogdierenbloed | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Gevogelte/visbloed | |||
| Plant | Vers blad | 1 ~ 2 gram | ≥ 5,0 g |
| Bloemblaadje/stengel | 1 ~ 2 gram | ≥ 10,0 g | |
| Wortel/Zad | 1 ~ 2 gram | ≥ 20,0 g | |
| Cellen | Gekweekte cel | - | ≥ 1 x 108 |
Gegevens
Genoomsequentiebestanden (.fasta) en annotatiebestanden (.gff3) van nauw verwante soorten
Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
*De hier getoonde demoresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen gepubliceerd met Biomarker Technologies
1. Schatting van de LTR-insertietijd: de figuur toont een unieke bimodale verdeling in de LTR-RT-insertietijden in het Weining-roggegenoom, vergeleken met andere soorten. De meest recente piek verscheen ongeveer 0,5 miljoen jaar geleden.
Li Guang et al.,Natuurgenetica, 2021
2. Fylogenie en analyse van genfamilies op chayote (Sechium edule): Door chayote en de andere 13 verwante soorten in de genfamilie te analyseren, bleek Chayote het meest nauw verwant te zijn met de slangenpompoen (Trichosanthes anguina). Chayote afgeleid van slangenpompoen in ongeveer 27-45 Mya en volledige genoomduplicatie (WGD) werd waargenomen in chayote in 25 ± 4 Mya, wat de derde WGD-gebeurtenis is in cucuibitaceae.
Fu A et al.,Tuinbouwonderzoek, 2021
3. Synteny-analyse: Sommige genen die verband houden met fytohormonen bij de fruitontwikkeling werden gevonden in chayote, slangenpompoen en pompoen. De correlatie tussen chayote en squash is iets hoger dan die tussen chayote en slangenpompoen.
Fu A et al.,Tuinbouwonderzoek, 2021
4. Analyse van de genenfamilie: KEGG-verrijking van de uitbreiding en contractie van de genfamilie in de genomen van G.thurberi en G.davidsonii toonde aan dat de biosynthese van steroïden en de biosynthese van brassinosteroïden waren uitgebreid.
Yang Z et al.,BMC Biologie, 2021
5. Analyse van volledige genoomduplicatie: 4DTV- en Ks-distributieanalyse toonde een volledige genoomduplicatiegebeurtenis aan. Pieken van intraspecies vertoonden duplicatiegebeurtenissen. Pieken van interspecies vertoonden soortvormingsgebeurtenissen. De analyse gaf aan dat O. europaea, vergeleken met de andere drie nauw verwante soorten, recentelijk een grootschalige genduplicatie heeft ondergaan.
Rao G et al.,Tuinbouwonderzoek, 2021
BMK-zaak
Roos zonder prik: genomische inzichten gekoppeld aan vochtadaptatie
Gepubliceerd: Nationale wetenschapsrecensie, 2021
Sequentiestrategie:
'Van BasyeDoornloos' (R.Wichurainan) genoom:
Ongeveer. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Belangrijkste resultaten
1. Het R.wichuraiana-genoom van hoge kwaliteit werd geconstrueerd met behulp van lang gelezen sequencing-technieken, die een verzameling van 530,07 Mb opleveren (de geschatte genoomgrootte was ongeveer 525,9 Mb volgens flowcytometrie en 525,5 volgens genoomonderzoek; Heterozygositeit was ongeveer 1,03%). De geschatte score van BUSCO was 93,9%. Vergeleken met “Old blush” (haploOB) werd de kwaliteit en volledigheid van dit genoom bevestigd door de nauwkeurigheid van de basis op één basis en de LTR-assemblage-index (LAI = 20,03). Het R.wichuraiana-genoom bevat 32.674 eiwitcoderende genen.
2. Multi-omics gezamenlijke analyse, bestaande uit vergelijkende genomica, transcriptomics en QTL-analyse van de genetische populatie, onthulde de cruciale soortvorming tussen R. wichuraiana en Rosa chinensis. Ook was het waarschijnlijk dat expressievariatie van verwante genen in QTL geassocieerd was met stamprikkelpatronen.
Vergelijkende genomica-analyse tussen Basye's Thornless en Rosa chinensis, inclusief synteny-analyse, genfamiliecluster, expansie- en contractie-analyse, bracht een groot aantal variaties aan het licht, die verband hielden met cruciale eigenschappen van rozen. De unieke uitbreiding van de NAC- en FAR1/FRS-genenfamilie hield zeer waarschijnlijk verband met resistentie tegen zwarte vlek.
Vergelijkende genomica-analyse tussen BT- en haploOB-genomen.
Zhong, M., et al. “Roos zonder prik: genomische inzichten gekoppeld aan vochtadaptatie”Nationale wetenschapsrecensie, 2021;, nwab092.
