CircRNA sequencing-illumina
Functies
● RRNA-uitputting gevolgd door de voorbereiding van de directionele bibliotheek, waardoor strengspecifieke sequentiegegevens mogelijk zijn.
● Bioinformatische workflow maakt CircRNA -voorspelling en expressiekwantificering mogelijk
Servicevoordelen
●Meer uitgebreide RNA -bibliotheken:We gebruiken rRNA-uitputting in plaats van lineaire RNA-uitputting in onze pre-bibliotheekbereiding, zodat de sequentiegegevens niet alleen circRNA maar ook mRNA en lncRNA omvatten, waardoor gezamenlijke analyse van deze datasets mogelijk wordt
●Optionele analyse van competitieve endogene RNA (Cerna) -netwerken: Bieding van diepere inzichten in cellulaire regulerende mechanismen
●Uitgebreide expertise: Met een trackrecord van het verwerken van meer dan 20.000 monsters bij BMKgene, verspreid over diverse voorbeeldtypen en lncRNA -projecten, brengt ons team een schat aan ervaring voor elk project.
●Rigoureuze kwaliteitscontrole: We implementeren kernbesturingspunten in alle fasen, van voorbeeld- en bibliotheekvoorbereiding tot sequencing en bioinformatica. Deze zorgvuldige monitoring zorgt voor de levering van consistent hoogwaardige resultaten.
● Ondersteuning na de verkoop: Onze toewijding gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden na verkoop. Gedurende deze tijd bieden we projecten follow-up, hulp bij het oplossen van problemen en Q & A-sessies om alle vragen met betrekking tot de resultaten aan te pakken.
Voorbeeldvereisten en levering
| Bibliotheek | Platform | Aanbevolen gegevens | Data QC |
| RRNA uitgeput directionele bibliotheek | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30 ≥85% |
Voorbeeldvereisten:
Nucleotiden:
| Conc. (Ng/μl) | Bedrag (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA -besmetting getoond op gel. | RIN ≥ 6.0; 5,0 ≥28s/18s ≥ 1,0; beperkte of geen basislijnhoogte |
● Planten:
Wortel, stengel of bloemblad: 450 mg
Blad of zaad: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hart of darm: 450 mg
Ingewanden of hersenen: 240 mg
Spier: 600 mg
Botten, haar of huid: 1,5 g
● geleedpotigen:
Insecten: 9G
Crustacea: 450 mg
● Volbloed:2 buizen
● Cellen: 106 cellen
● Serum en plasma: 6 ml
Aanbevolen monsterafgifte
Container: 2 ml centrifugebuis (blikfolie wordt niet aanbevolen)
Voorbeeldetikettering: groep+repliceren EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. DROY-ICE: Monsters moeten in zakken worden verpakt en begraven in droge ijs.
2. RNastable Tubes: RNA -monsters kunnen worden gedroogd in RNA -stabilisatiebuis (bijv. RNASTABLE®) en verzonden bij kamertemperatuur.
Service -werkstroom
Experimentontwerp
Voorbeeldafgifte
RNA -extractie
Bibliotheekconstructie
Volgorde
Gegevensanalyse
After-Sale Services
Bio -informatica
CircRNA -voorspelling: chromosomale verdeling
Differentieel uitgedrukt CircrNas - vulkaanplot
Differentiaal tot expressie gebrachte circRNA's - hiërarchische clustering
Functionele verrijking van de gastheergenen van CircRNA
Ontdek de onderzoeksontwikkelingen die worden gefaciliteerd door de CircRNA -sequencing -diensten van BMKgene via een samengestelde verzameling publicaties.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 reguleert CircRNA -vorming en microRNA -gemedieerde genuitschakeling in hepatocellulair carcinoom', oncogeen 2021 40:25, 40 (25), pp. 4338–4351. doi: 10.1038/S41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X OO-responsief transcriptoom onthult de rol van de circulaire RNA133 bij ziektebestendigheid door expressie van osarab in rijst te reguleren', Phytopathology Research, 5 (1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s42483-023-00188-8/cijfers/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 moduleert de balans van circulaire en lineaire transcripten in hepatocellulair carcinoom'. doi: 10.21203/rs.3.rs-2418311/v1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Uitgebreide evaluatie van circRNA's in cirrotische cardiomyopathie voor en na levertransplantatie', International Immunopharmacology, 114, p. 109495. Doi: 10.1016/j.intimp.2022.109495.
