BMKMANU S3000_SPATIAL TRANSCRIPTOME
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Schema
Functies
- Resolutie: 3,5 µm
- Spotdiameter: 2,5 µm
- Aantal vlekken: ongeveer 4 miljoen
- 3 Mogelijke vastleggebiedformaten: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm of 15 mm * 20 mm
- Elke barcoded kraal wordt geladen met primers samengesteld uit 4 secties:
• Poly (DT) staart voor mRNA -priming en cDNA -synthese,
• Unieke moleculaire identifier (UMI) om de versterkingsvooroordeel te corrigeren
• Ruimtelijke barcode
• Bindende sequentie van gedeeltelijke lees 1 sequencing primer
- H&E en fluorescerende kleuring van secties
- Mogelijkheid om celsegmentatietechnologie te gebruiken: integratie van H & E -kleuring, fluorescerende kleuring en RNA -sequencing om de grenzen van elke cel te bepalen en genexpressie correct aan elke cel toe te wijzen. Verwerking van stroomafwaartse ruimtelijke profileringsanalyse op basis van celbin.
- Mogelijk om een analyse van de resolutie op meerdere niveaus te bereiken: flexibele analyse op meerdere niveaus variërend van 100um tot 3,5 um tot het oplossen van diverse weefselkenmerken met een optimale resolutie.
Voordelen van BMKMANU S3000
-Verdubbeling van vangstvlekken tot 4 miljoen: met een verbeterde resolutie van 3,5 um, wat leidt tot in hogere gen- en umi -detectie per cel. Dit resulteert in verbeterde clustering van cellen op basis van transcriptionele profielen, met fijnere details die overeenkomen met de weefselstructuur.
- Subcellulaire resolutie:Elk vanggebied bevatte> 2 miljoen ruimtelijke barcodespots met een diameter van 2,5 µm en een afstand van 5 µm tussen spotcentra, waardoor ruimtelijke transcriptoomanalyse met subcellulaire resolutie (5 µM) mogelijk werd.
-Resolutie-analyse van meerdere niveaus:Flexibele analyse op meerdere niveaus variërend van 100 μm tot 5 μm om verschillende weefselkenmerken bij een optimale resolutie op te lossen.
-Mogelijkheid om "Three in One Dia" -celsegmentatietechnologie te gebruiken:Door fluorescentiekleuring, H&E kleuring en RNA-sequencing op een enkele dia te combineren, geeft ons "drie-in-één" analysegoritme de identificatie van celgrenzen voor daaropvolgende celgebaseerde transcriptomica.
-Compatibel met meerdere sequencingplatforms: Zowel NGS als Long-Read Sequencing beschikbaar.
-Flexibel ontwerp van 1-8 actieve opnamegebied: De grootte van het opnamegebied is flexibel en is mogelijk om 3 formaten te gebruiken (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm en 15 mm * 20 mm)
-One-stop-service: Integreert alle op vaardigheden gebaseerde stappen, inclusief cryo-sectioning, kleuring, weefseloptimalisatie, ruimtelijke barcodering, bibliotheekvoorbereiding, sequencing en bioinformatica.
-Uitgebreide bioinformatica en gebruiksvriendelijke visualisatie van resultaten:Pakket omvat 29 analyses en 100+ hoogwaardige cijfers, gecombineerd met het gebruik van inhouse ontwikkelde software om celsplitsing en spotclustering te visualiseren en aan te passen.
-Aangepaste gegevensanalyse en visualisatie: beschikbaar voor verschillende onderzoeksverzoeken
-Zeer bekwaam technisch team: met ervaring in meer dan 250 weefseltypen en 100+ soorten, waaronder mens, muis, zoogdier, vis en planten.
-Real-time updates over het hele project: met volledige controle over experimentele vooruitgang.
-Optionele gezamenlijke analyse met mRNA-sequencing met één cel
Servicespecificaties
| Voorbeeldvereisten | Bibliotheek | Sequencing -strategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| Oct-ingebedde cryo-monsters (Optimale diameter: ca. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blokken per monster 1 voor experiment, 1 voor back -up | S3000 cDNA -bibliotheek | Illumina PE150 | 160K PE leest per 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Voor meer informatie over de voorstelbereidingsbegeleiding en serviceworkflow, kunt u met eenBMKGENE -expert
Service -werkstroom
In de monstervoorbereidingsfase wordt een initiële bulk-RNA-extractieonderzoek uitgevoerd om ervoor te zorgen dat een hoogwaardig RNA kan worden verkregen. In de weefseloptimalisatiefase worden de secties gekleurd en gevisualiseerd en worden de permeabilisatieomstandigheden voor mRNA -afgifte uit weefsel geoptimaliseerd. Het geoptimaliseerde protocol wordt vervolgens toegepast tijdens de bibliotheekconstructie, gevolgd door sequencing en gegevensanalyse.
De volledige serviceworkflow omvat realtime updates en klantbevestigingen om een responsieve feedback-lus te handhaven, waardoor soepele projectuitvoering wordt gewaarborgd.
De gegevens gegenereerd door BMKManu S3000 worden geanalyseerd met behulp van de software "BSTMATRIX", die onafhankelijk is ontworpen door BMKGEEN, waardoor een celniveau en multilevel resolutie genexpressiematrix worden gegenereerd. Van daaruit wordt een standaardrapport gegenereerd met betrekking tot gegevenskwaliteitscontrole, analyse van binnenste steekproef en analyse tussen groepen.
- Gegevenskwaliteitscontrole:
- Gegevensuitgang en kwaliteitsscore verdeling
- Gene detectie per plek
- weefseldekking
- Analyse van binnenste steekproef:
- Gene rijkdom
- Spotclustering, inclusief analyse van verminderde dimensie
- Differentiële expressieanalyse tussen clusters: identificatie van markergenen
- Functionele annotatie en verrijking van markergenen
- Analyse tussen de groepen
-opnieuw combinatie van vlekken uit beide monsters (bijv. Zout en controle) en opnieuw clusteren
- Identificatie van markergenen voor elk cluster
- Functionele annotatie en verrijking van markergenen
- Differentiële expressie van hetzelfde cluster tussen groepen
Bovendien is de BMKgene ontwikkelde "BSTViewer" een gebruiksvriendelijk hulpmiddel waarmee de gebruiker de genexpressie en spotclustering bij verschillende resoluties kan visualiseren.
BMKGENE biedt ruimtelijke profileringsdiensten met een nauwkeurige resolutie met één cellen (gebaseerd op celbin of multilevel vierkante bak van 100um tot 3,5um).
Ruimtelijke profileringsgegevens van weefselsecties op S3000 -dia worden goed uitgevoerd als hieronder.
Case study 1: muishersenen
Analyse van een hersensectie van muizen met S3000 resulteerde in de identificatie van ~ 94.000 cellen, met een mediane sequencing van ~ 2000 genen per cel. De verbeterde resolutie van 3,5 um resulteerde in een zeer gedetailleerde clustering van de cellen op basis van transcriptionele patronen, waarbij de clusters van cellen de hersendifferentiële structuren nabootsen. Dit wordt gemakkelijk waargenomen door de verdeling van de verdeling van cellen te visualiseren geclusterd als oligodendrocyten en microglia -cellen, die zich bijna uitsluitend in grijze en witte stof bevinden.
Case study 2: Muisembryo
Analyse van een embryosectie van muizen met S3000 resulteerde in de identificatie van ~ 2200.000 cellen, met een mediane sequencing van ~ 1600 genen per cel. De verbeterde resolutie van 3,5 um resulteerde in een zeer gedetailleerde clustering van de cellen op basis van transcriptionele patronen, met 12 clusters in het ooggebied en 28 clusters in het gebied van de hersenen.
Binnenste-steekproef Analyse Celklustering:
Markergenen Identificatie en ruimtelijke verdeling:
-Hogere subcellulaire resolutie: vergeleken met S1000-dia, bevat elk opnamegebied van S3000> 4 miljoen ruimtelijke barcoded vlekken met een diameter van 2,5 µm en een afstand van 3,5 µm tussen spotcentra, waardoor ruimtelijke transcriptoomanalyse met hogere subcellulaire resolutie mogelijk is (vierkante bak: 3,5 µm).
- Hogere vangstefficiëntie: vergeleken met S1000 -dia, neemt mediaan_umi toe van 30% tot 70%, mediaan_gene neemt toe van 30% tot 60%
Schema van S1000 chip:
Schema van S3000 chip:
