Amplicon-sequencing (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS)-sequencing met Illumina is een methode voor het analyseren van microbiële diversiteit door microbiële profielen te identificeren op basis van hun sequenties en vervolgens te proberen de rijkdom en diversiteit van de gemeenschap binnen elk monster en tussen monsters te ontcijferen. De BMKCloud Amplicon (NGS)-pijplijn maakt de analyse van 16S, 18S, ITS en meerdere functionele genen mogelijk. Het begint met het bijsnijden van leesbewerkingen, het samenstellen van leesbewerkingen aan gepaarde uiteinden en kwaliteitsbeoordeling, gevolgd door het clusteren van vergelijkbare leesbewerkingen om Operational Taxonomic Units (OTU's) te genereren die in zes verschillende analysesecties worden gebruikt. Taxonomische annotatie geeft informatie over de relatieve overvloed en samenstelling van elk monster, terwijl alfa- en bèta-diversiteitsanalyses zich richten op respectievelijk de microbiële diversiteit binnen en tussen monsters. Differentiële analyse tussen groepen vindt OTU's die verschillen met behulp van zowel parametrische als niet-parametrische tests, terwijl correlatieanalyse deze verschillen relateert aan omgevingsfactoren. Ten slotte wordt de functionele genenabundantie voorspeld op basis van de markergenabundantie, waardoor inzicht wordt verkregen in de functie en ecologie in elk monster.