Exclusive Agency for Korea

BMKCLOUD Log in

Producten

16S/18S/zijn amplicon sequencing-pacbio

De 16S en 18S rRNA-genen, samen met het interne getranscribeerde spacer (ITS) gebied, dienen als cruciale moleculaire vingerafdrukmarkers vanwege hun combinatie van sterk geconserveerde en hyper-variabele regio's, waardoor ze onschatbare hulpmiddelen zijn voor het karakteriseren van prokaryotische en eukaryotische organismen. Versterking en sequencing van deze regio's bieden een isolatievrije aanpak voor het onderzoeken van de microbiële samenstelling en diversiteit in verschillende ecosystemen. Hoewel Illumina-sequencing typisch gericht is op korte hypervariabele regio's zoals V3-V4 van 16S en ITS1, is aangetoond dat superieure taxonomische annotatie haalbaar is door de volledige lengte van 16s, 18s en zijn te sequencen. Deze uitgebreide aanpak resulteert in hogere percentages van nauwkeurig geclassificeerde sequenties, waardoor een resolutieniveau wordt bereikt dat zich uitstrekt tot soortidentificatie. Pacbio's single-molecule real-time (SMRT) sequencingplatform onderscheidt zich door zeer nauwkeurige lange lezingen (HIFI) te bieden die de volledige amplicons bedekken, waardoor de precisie van Illumina-sequencing wordt gesplitst. Met dit vermogen kunnen onderzoekers een ongeëvenaard voordeel behalen - een panoramisch beeld van het genetische landschap. De uitgebreide dekking verhoogt de resolutie in soortenanotatie aanzienlijk, met name binnen bacteriële of schimmelgemeenschappen, waardoor een dieper inzicht in de ingewikkeldheden van microbiële populaties mogelijk is.

Neem contact met ons op

Servicegegevens

Bio -informatica

Demo -resultaten

Uitgelichte publicaties

Servicefuncties

● Sequencing -platform: Pacbio Revio

● Sequencing -modus: CCS (hifi luidt)

● Versterking van het doelgebied gevolgd door tandemverbinding van amplicons vóór HiFi SMRT Bell Library Voorbereiding

Servicevoordelen

●Hogere taxonomische resolutie: tHan short-amplicon sequencing,het mogelijk maken van hogere OTU -classificatiepercentages op soortniveau.

●Zeer nauwkeurige honkroep: PACBIO CCS -modussequencing (hifi luidt).

●Isolatievrij: Snelle identificatie van microbiële samenstelling in omgevingsmonsters.

●Breed van toepassing: Diverse microbiële gemeenschapsstudies.

●Uitgebreide bioinformatische analyse: Het nieuwste Qiime2 -pakket (kwantitatief inzicht in microbiële ecologie) met verschillende analyses in termen van database, annotatie, OTU/ASV.

●Uitgebreide expertise: Met duizenden amplicon-sequencingprojecten die jaarlijks worden uitgevoerd, brengt BMKgene meer dan een decennium van ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide inhoud en uitstekende post-sales-ondersteuning.

Servicespecificaties

Bibliotheek	Sequencing -strategie	Gegevens aanbevolen
Amplicon	Pacbio Revio	30-10-150 K Tags (CCS)

Voorbeeldvereisten

Concentratie (ng/µl)	Totale hoeveelheid (µg)	Volume (µl)
≥5	≥0.3	≥20

Aanbevolen monsterafgifte

Vries de monsters 3-4 uur in vloeibare stikstof en bewaar in vloeibare stikstof of -80 graden tot langdurig reservering. Monsterverzending met droog IIC is vereist.

Service -werkstroom

Voorbeeldafgifte

Bibliotheekconstructie

Volgorde

Gegevensanalyse

After-Sale Services

Vorig: 16S/18S/zijn amplicon sequencing-ngs

Volgende: Assay voor transposase-toegankelijke chromatine met hoge doorvoersequencing (ATAC-SEQ)

Bevat de volgende analyse:

● Ruwe gegevenskwaliteitscontrole

● OTU-clustering/de-ruis (ASV)

● OTU -annotatie

● Alpha Diversity Analysis: Meerdere indexen, waaronder Shannon, Simpson en ACE.

● Beta -diversiteitsanalyse

● Analyse tussen de groepen

● Correlatieanalyse: tussen omgevingsfactoren en samenstelling en diversiteit

● 16S functionele genvoorspelling

Histogram van taxonomische verdeling

Gemeenschapsverdeling fylogenetische boom

Alpha Diversity Analysis: ACE

index

Beta Diversity Analysis: PCOA

Intergroepsanalyse: ANOVA

Ontdek de vooruitgang die wordt gefaciliteerd door BMKgene's Amplicon -sequencing -diensten met PACBIO via een samengestelde verzameling publicaties.

Gao, X. en Wang, H. (2023) 'Vergelijkende analyse van pensbacterieprofielen en functies tijdens aanpassing aan verschillende fenologie (regreen versus grasachtig) in alpine merino -schapen met twee groeiende stadia op een alpine weide', fermentatie, 9 ( 1), p. 16. doi: 10.3390/Fermentation9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'De microbiële donkere materie vastleggen in woestijnbodems met behulp van culturomics-gebaseerde metagenomica en analyse met hoge resolutie', NPJ-biofilms en microbiomen 2023 9: 1, 9 (1), pp. 1–14. doi: 10.1038/S41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effecten van vetzuurzouten op gistkarakteristieken, bacteriediversiteit en aerobe stabiliteit van gemengd kuilvoer bereid met alfalfa, rijststro en tarwezemelen', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102 (4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'De interactie tussen oxidatieve stressbiomarkers en darmmicrobiota in de antioxiderende effecten van extracten van Sonchus brachyotus DC. In oxazolon-geïnduceerde darmoxidatieve stress bij volwassen zebravissen ', Antioxidants 2023, vol. 12, pagina 192, 12 (1), p. 192. doi: 10.3390/Antiox12010192.