16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-NGS
Servicefuncties
● Sequentieplatform: Illumina NovaSeq.
● Versterking van korte gebieden van 16S, 18S en ITS, naast andere versterkingsdoelen.
● Flexibele keuzes van amplicon.
● Eerdere projectervaring met meerdere versterkingsdoelen.
Servicevoordelen
●Isolatievrij:Snelle identificatie van microbiële samenstelling in milieumonsters.
●Hoge resolutie: In weinig voorkomende componenten in milieumonsters.
●Breed inzetbaar: Diverse microbiële gemeenschapsstudies.
●Uitgebreide bio-informatica-analyse: Het nieuwste QIIME2-pakket (kwantitatief inzicht in microbiële ecologie) met diverse analyses op het gebied van database, annotatie, OTU/ASV.
●Uitgebreide expertise: Met jaarlijks 150.000 ampliconsequencingprojecten uitgevoerd, brengt BMKGENE meer dan tien jaar ervaring, een zeer bekwaam analyseteam, uitgebreide inhoud en uitstekende ondersteuning na de verkoop met zich mee.
Servicespecificaties
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K-tags (lezen paren) |
Servicevereisten
| Concentratie (ng/μL) | Totaal bedrag (ng) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Bodem/slib: 1-2g
● Darminhoud-dier: 0,5-2g
● Darminhoud-insect: 0,1-0,25g
● Plantoppervlak (verrijkt sediment): 0,1-0,5 g
● Met fermentatiebouillon verrijkt sediment): 0,1-0,5 g
● Feces (grote dieren): 0,5-2g
● Feces (muis): 3-5 korrels
● Pulmonale alveolaire spoelvloeistof: filtreerpapier
● Vaginale uitstrijkje: 5-6 wattenstaafjes
● Huid/genitaal uitstrijkje/speeksel/mondig zacht weefsel/keelholteuitstrijkje/rectaal uitstrijkje: 2-3 wattenstaafjes
● Oppervlaktemicro-organismen: filtreerpapier
● Waterlichaam/lucht/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 1-2g
● Tandplak: 0,5-1g
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bevat de volgende analyse:
- Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
- OTU-clustering /De-noise (ASV)
- OTU-annotatie
- Alfadiversiteitsanalyse: meerdere indexen, waaronder Shannon, Simpson en ACE.
- Bèta-diversiteitsanalyse
- Intergroepsanalyse
- Correlatieanalyse: tussen omgevingsfactoren en OUT-samenstelling en diversiteit
- 16S functionele genvoorspelling
Histogram van taxonomische distributie
taxonomische overvloed clusterende hittekaart
Alfadiversiteitsanalyse: verdunningscurve
bèta-diversiteitsanalyse: NMDS
Intergroepsanalyse: ontdekking van LEFSE-biomarkers
Ontdek de vooruitgang die wordt mogelijk gemaakt door de ampliconsequencingdiensten van BMKGene met Illumina via een samengestelde verzameling publicaties.
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Synthetische bacteriële consortia-transplantatie voor de behandeling van door Gardnerella vaginalis geïnduceerde bacteriële vaginose bij muizen', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Microbiomen van luchtstof verzameld tijdens het op de grond gebaseerde gesloten bioregeneratieve levensondersteunende experiment “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Voedselafhankelijke overvloed aan functionele genen gerelateerd aan stikstoftransformatie gecontroleerd stikstofverlies bij compostering', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
