10x genomics visium ruimtelijk transcriptoom
Technisch schema
Functies
● Resolutie: 100 µm
● Spotdiameter: 55 µm
● Aantal vlekken: 4992
● Opvangoppervlak: 6,5 x 6,5 mm
● Elke barcodesplek is geladen met primers samengesteld uit 4 secties:
- Poly (DT) staart voor mRNA -priming en cDNA -synthese
- Unieke moleculaire identifier (umi) om de versterkingsvooroordeel te corrigeren
- Ruimtelijke barcode
- Bindende sequentie van gedeeltelijke lees 1 sequencing primer
● H&E kleuring van secties
Voordelen
●One-stop-service: Integreert alle ervaring en op vaardigheden gebaseerde stappen, inclusief cryo-sectioning, kleuring, weefseloptimalisatie, ruimtelijke barcodering, bibliotheekvoorbereiding, sequencing en bio-informatica.
● Zeer bekwaam technisch team: met ervaring in meer dan 250 weefseltypen en 100+ soorten, waaronder mens, muis, zoogdier, vis en planten.
●Realtime update over het hele project: met volledige controle over experimentele vooruitgang.
●Uitgebreide standaard bioinformatica:Pakket omvat 29 analyses en 100+ hoogwaardige cijfers.
●Aangepaste gegevensanalyse en visualisatie: beschikbaar voor verschillende onderzoeksverzoeken.
●Optionele gezamenlijke analyse met mRNA-sequencing met één cel
Specificaties
| Voorbeeldvereisten | Bibliotheek | Sequencing -strategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| Oct-ingebedde cryo-monsters (Optimale diameter: ongeveer 6x6x6 mm³) 2 blokken per monster | 10x visium cDNA -bibliotheek | Illumina PE150 | 50K PE leest per plek (60 GB) | Rin> 7 |
Voor meer informatie over de voorstelbereidingsbegeleiding en serviceworkflow, kunt u met eenBMKGENE -expert
Serviceworkflow
In de monstervoorbereidingsfase wordt een initiële bulk-RNA-extractieonderzoek uitgevoerd om ervoor te zorgen dat een hoogwaardig RNA kan worden verkregen. In de weefseloptimalisatiefase worden de secties gekleurd en gevisualiseerd en worden de permeabilisatieomstandigheden voor mRNA -afgifte uit weefsel geoptimaliseerd. Het geoptimaliseerde protocol wordt vervolgens toegepast tijdens de bibliotheekconstructie, gevolgd door sequencing en gegevensanalyse.
De volledige serviceworkflow omvat realtime updates en klantbevestigingen om een responsieve feedback-lus te handhaven, waardoor soepele projectuitvoering wordt gewaarborgd.
Bevat de volgende analyse:
Gegevenskwaliteitscontrole:
o Gegevensuitgang en kwaliteitsscore verdeling
O GENDETECTIE PER SPOT
O weefsel dekking
Analyse van binnenste steekproef:
O genrijkdom
o Spotclustering, inclusief verminderde dimensieanalyse
o Differentiële expressieanalyse tussen clusters: identificatie van markergenen
o Functionele annotatie en verrijking van markergenen
Inter-groep analyse
o RECOMBINATIE VAN SPLEN VAN BEIDE MONTEREN (bijv. Zout en controle) en opnieuw clusteren
o Identificatie van markergenen voor elk cluster
o Functionele annotatie en verrijking van markergenen
o Differentiële expressie van hetzelfde cluster tussen groepen
Inner Sample Analysis
Spotclustering
Markergenen identificatie en ruimtelijke verdeling
Inter-groep analyse
Gegevenscombinatie van beide groepen en hercluster
Marker genen van nieuwe clusters
Ontdek de vooruitgang die wordt gefaciliteerd door de Spatial Transcriptomics Service van BMKgene door 10x Visium in deze aanbevolen publicaties:
Chen, D. et al. (2023) 'MTHL1, een potentiële Drosophila -homoloog van GPCR's van zoogdieren, is betrokken bij antitumorreacties om oncogene cellen in vliegen te geïnjecteerd',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120 (30), p. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'Steel maakt afbakening met hoge resolutie mogelijk van spatiotemporele transcriptomische gegevens',Briefings in bioinformatica, 24 (2), pp. 1-10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'Een spatiotemporele atlas van organogenese bij de ontwikkeling van orchidebloemen',Nucleïnezuren onderzoek, 50 (17), pp. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) 'Integratie van ruimtelijke transcriptomica en single-nucleus RNA-sequencing onthult de potentiële therapeutische strategieën voor baarmoeder leiomyoma',International Journal of Biological Sciences, 19 (8), pp. 2515-2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
