स्पेसिफिक-लोकस एम्प्लीफाइड फ्र्याग्मेन्ट सिक्वेन्सिङ (SLAF-Seq)
कार्यप्रवाह
प्राविधिक योजना
सेवा सुविधाहरू
● PE150 सँग NovaSeq मा अनुक्रमण।
● डबल बारकोडिङको साथ पुस्तकालय तयारी, 1000 भन्दा बढी नमूनाहरूको पूलिङ सक्षम पार्दै।
● यो प्रविधिलाई सन्दर्भ जीनोमको साथ वा बिना प्रयोग गर्न सकिन्छ, प्रत्येक केसको लागि फरक बायोइन्फर्मेटिक पाइपलाइनहरू सहित:
सन्दर्भ जीनोम संग: SNP र InDel खोज
सन्दर्भ जीनोम बिना: नमूना क्लस्टरिङ र SNP खोज
● मासिलिको मापूर्व-डिजाइन चरण बहु प्रतिबन्ध इन्जाइम संयोजनहरू पत्ता लगाउन स्क्रिन गरिएको छ जसले जीनोमको साथ SLAF ट्यागहरूको समान वितरण उत्पन्न गर्दछ।
● पूर्व-प्रयोगको समयमा, 9 SLAF पुस्तकालयहरू उत्पन्न गर्न 3 नमूनाहरूमा तीन इन्जाइम संयोजनहरू परीक्षण गरिन्छ, र यो जानकारी परियोजनाको लागि इष्टतम प्रतिबन्ध इन्जाइम संयोजन छनौट गर्न प्रयोग गरिन्छ।
सेवा लाभहरू
●उच्च आनुवंशिक मार्कर खोज: एक उच्च-थ्रुपुट डबल बारकोड प्रणालीलाई एकीकृत गर्नाले ठूलो जनसंख्याको एकै साथ अनुक्रमको लागि अनुमति दिन्छ, र लोकस-विशिष्ट प्रवर्धनले दक्षता बढाउँछ, ट्याग संख्याहरूले विभिन्न अनुसन्धान प्रश्नहरूको विविध आवश्यकताहरू पूरा गरेको सुनिश्चित गर्दै।
● जीनोममा कम निर्भरता: यो सन्दर्भ जीनोमको साथ वा बिना प्रजातिहरूमा लागू गर्न सकिन्छ।
●लचिलो योजना डिजाइन: एकल-इन्जाइम, डुअल-इन्जाइम, बहु-इन्जाइम पाचन, र विभिन्न प्रकारका इन्जाइमहरू विभिन्न अनुसन्धान लक्ष्यहरू वा प्रजातिहरू पूरा गर्न चयन गर्न सकिन्छ। दसिलिको माइष्टतम इन्जाइम डिजाइन सुनिश्चित गर्न पूर्व-डिजाइन गरिन्छ।
● Enzymatic पाचन मा उच्च दक्षता: एक को चालनसिलिको मापूर्व-डिजाईन र पूर्व-प्रयोगले क्रोमोजोम (1 SLAF ट्याग/4Kb) मा SLAF ट्यागहरूको वितरण र दोहोरिने क्रम घटाएको (<5%) सँग इष्टतम डिजाइन सुनिश्चित गरेको छ।
●व्यापक विशेषज्ञता: हाम्रो टोलीले बोटबिरुवा, स्तनपायी, चराचुरुङ्गी, कीराहरू र जलीय जीवहरू सहित सयौं प्रजातिहरूमा 5000 SLAF-Seq परियोजनाहरू बन्द गर्ने ट्र्याक रेकर्डको साथ प्रत्येक परियोजनामा अनुभवको धनी ल्याउँछ।
● आत्म-विकसित जैव सूचनात्मक कार्यप्रवाह: BMKGENE ले अन्तिम आउटपुटको विश्वसनीयता र शुद्धता सुनिश्चित गर्न SLAF-Seq को लागि एकीकृत जैव सूचनात्मक कार्यप्रवाह विकास गर्यो।
सेवा विशिष्टताहरू
| विश्लेषण को प्रकार | सिफारिस गरिएको जनसंख्या मापन | अनुक्रम रणनीति | |
| ट्याग अनुक्रमणको गहिराई | ट्याग नम्बर | ||
| आनुवंशिक नक्सा | 2 आमाबाबु र > 150 सन्तान | अभिभावक: 20x WGS सन्तान: 10x | जीनोम आकार: <400 Mb: WGS सिफारिस गरिएको छ <1Gb: 100K ट्यागहरू 1-2Gb:: 200K ट्यागहरू >2Gb: 300K ट्यागहरू अधिकतम 500k ट्यागहरू |
| जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडीज (GWAS) | ≥200 नमूनाहरू | 10x | |
| आनुवंशिक विकास | ≥30 नमूनाहरू, प्रत्येक उपसमूहबाट >10 नमूनाहरू सहित | 10x | |
सेवा आवश्यकताहरू
एकाग्रता ≥ 5 ng/µL
कुल रकम ≥ 80 एनजी
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose जेल: कुनै वा सीमित गिरावट वा प्रदूषण
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब
(धेरै नमूनाहरूको लागि, हामी इथानोलमा संरक्षण नगर्न सिफारिस गर्छौं)
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको र नमूना जानकारी फारम पेश गर्न समान हुनुपर्छ।
ढुवानी: ड्राई-बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्न आवश्यक छ र ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
सेवा कार्यप्रवाह
नमूना QC
पायलट प्रयोग
SLAF-प्रयोग
पुस्तकालय तयारी
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
निम्न विश्लेषण समावेश:
- अनुक्रम डेटा QC
- SLAF ट्याग विकास
सन्दर्भ जीनोममा म्यापिङ
कुनै सन्दर्भ जीनोम बिना: क्लस्टरिंग
- SLAF ट्यागहरूको विश्लेषण।: तथ्याङ्क, जीनोम भर वितरण
- मार्कर खोज: SNP, InDel, SNV, CV कलिङ र एनोटेसन
क्रोमोसोमहरूमा SLAF ट्यागहरूको वितरण:
क्रोमोसोमहरूमा SNPs को वितरण:
SNP एनोटेशन
| वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अनुप्रयोगहरू |
| २०२२ | प्रकृति संचार | १७.६९४ | गिगा-क्रोमोजोम र ट्री पेनीको गिगा-जीनोमको जीनोमिक आधार Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| २०१५ | नयाँ फिटोलोजिस्ट | ७.४३३ | घरेलु पदचिह्नले कृषि सम्बन्धी महत्वका जीनोमिक क्षेत्रहरूलाई लंगर दिन्छ सोयाबीन | SLAF-GWAS |
| २०२२ | उन्नत अनुसन्धान को जर्नल | १२.८२२ | G. hirsutum मा Gossypium barbadense को जीनोम-वाइड कृत्रिम घुसपैठ कपास फाइबर गुणस्तर र उपज को एक साथ सुधार को लागी उच्च लोकी प्रकट गर्नुहोस् विशेषताहरू | SLAF - विकासवादी आनुवंशिकी |
| २०१९ | आणविक बिरुवा | १०.८१ | जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण र डे नोवो सभाले वीडीको उत्पत्ति प्रकट गर्दछ एक विकासवादी खेल को रूप मा चावल | SLAF - विकासवादी आनुवंशिकी |
| २०१९ | प्रकृति जेनेटिक्स | ३१.६१६ | सामान्य कार्पको जीनोम अनुक्रम र आनुवंशिक विविधता, साइप्रिनस कार्पियो | SLAF-लिङ्केज नक्शा |
| २०१४ | प्रकृति जेनेटिक्स | २५.४५५ | खेती गरिएको बदामको जीनोमले लेग्युम क्यारियोटाइप, पोलीप्लोइडमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ विकास र बाली पालन। | SLAF-लिङ्केज नक्शा |
| २०२२ | प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल | ९.८०३ | ST1 को पहिचानले बीउ आकारविज्ञानको हिचहाइकिंग समावेश गर्ने चयनलाई प्रकट गर्दछ र सोयाबीन घरपालुवा समयमा तेल सामग्री | SLAF-मार्कर विकास |
| २०२२ | आणविक विज्ञान को अन्तर्राष्ट्रिय जर्नल | ६.२०८ | गहुँ-लेमस मोलिस 2Ns (2D) को लागि पहिचान र DNA मार्कर विकास डिसोमिक क्रोमोजोम प्रतिस्थापन | SLAF-मार्कर विकास |
| वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अनुप्रयोगहरू |
| २०२३ | वनस्पति विज्ञान मा फ्रंटियर्स | ६.७३५ | पाइरस पाइरिफोलियाको फल पाक्ने क्रममा चिनी सामग्रीको QTL म्यापिङ र ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण | आनुवंशिक नक्सा |
| २०२२ | प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल | ८.१५४ | ST1 को पहिचानले सोयाबीन पाल्तुकरणको क्रममा बीउ आकार विज्ञान र तेल सामग्रीको हिचहाइकिंग समावेश चयनलाई प्रकट गर्दछ।
| SNP कल गर्दै |
| २०२२ | वनस्पति विज्ञान मा फ्रंटियर्स | ६.६२३ | जेनोम-वाइड एसोसिएशन म्यापिङ अफ हुलेस बेरेली फेनोटाइपहरू सुख्खा वातावरणमा।
| GWAS |
