एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमण
प्राविधिक योजना
न्यूक्लीको अलगाव 10× जेनोमिक्स क्रोमियम ™ द्वारा प्राप्त हुन्छ, जसमा डबल क्रसिंगहरू सहित आठ-च्यानल माइक्रोफ्लुइडिक्स प्रणाली हुन्छ। यस प्रणालीमा, बारकोडहरू र प्राइमर, इन्जाइमहरू र एकल न्यूक्लियससहितको जेल मोतीहरू नानोलिटर-आकारको तेल ड्रपमा समेटिएका हुन्छन्, जसले जेल बिड-इन-इमल्शन (GEM) उत्पन्न गर्दछ। एक पटक GEM गठन भएपछि, सेल लाइसिस र बारकोडहरूको रिलीज प्रत्येक GEM मा प्रदर्शन गरिन्छ। mRNA लाई 10× बारकोड र UMI को साथ cDNA अणुहरूमा उल्टो ट्रान्सक्राइब गरिएको छ, जुन थप मानक अनुक्रमिक पुस्तकालय निर्माणको विषय हो।
सुविधाहरू
● जमे भएका तन्तुहरूबाट एकल-नाभिक निलम्बनको तयारी
● जेल बिड-इन-इमल्सन (GEM) को गठन पछि cDNA संश्लेषण
● GEM मा प्रत्येक मोती 4 खण्डहरू मिलेर बनेको प्राइमरहरूले भरिएको हुन्छ:
एमआरएनए प्राइमिङ र सीडीएनए संश्लेषणका लागि पाली(डीटी) पुच्छर,
प्रवर्धन पूर्वाग्रह सुधार गर्न अद्वितीय आणविक पहिचानकर्ता (UMI)
10x बारकोड
आंशिक पढिएको १ अनुक्रम प्राइमरको बाइन्डिङ अनुक्रम
फाइदाहरू
एकल-न्युक्लियस आरएनए अनुक्रमणले एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमणिकाको सीमितताहरू पार गर्दछ, सक्षम पार्दै:
● फ्रिज गरिएको नमूनाहरूको प्रयोग र ताजा नमूनाहरूमा मात्र सीमित छैन
● ताजा कोशिकाहरूको इन्जाइमेटिक उपचारको तुलनामा जमे भएका कोशिकाहरूको कम तनाव, कम तनाव-प्रेरित जीनको रूपमा ट्रान्सक्रिप्टोम डेटामा प्रतिबिम्बित हुन्छ।
● रातो रक्त कोशिकाहरू पहिले हटाउन आवश्यक छैन
● असीमित सेल व्यास
● नमूनाहरूको ठूलो एर्रे जुन विश्लेषणको लागि योग्य छ, जटिल र नाजुक तन्तुका प्रकारहरू जुन कोशिकाको पृथकीकरणको क्रममा सेल क्लम्पिङ वा विनाशको सम्भावना हुन्छ।
नमूनाहरू जुन एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमणद्वारा विश्लेषण गर्न सकिँदैन र एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमणिका लागि योग्य छन्:
| कोशिका / ऊतक | कारण |
| फ्रिज गरिएको टिश्युलाई ताजा गर्नुहोस् | ताजा वा लामो-बचत संस्थाहरू प्राप्त गर्न असमर्थ |
| मांसपेशी कोशिका, मेगाकारियोसाइट, फ्याट… | उपकरणमा प्रवेश गर्न सेल व्यास धेरै ठूलो छ |
| कलेजो… | भाँच्न धेरै कमजोर, एकल कक्षहरू छुट्याउन असमर्थ |
| न्यूरोन सेल, मस्तिष्क… | थप संवेदनशील, तनाव गर्न सजिलो, अनुक्रम परिणामहरू परिवर्तन हुनेछ |
| प्यान्क्रियाज, थाइराइड… | एन्डोजेनस इन्जाइमहरूमा समृद्ध, एकल सेल निलम्बनको उत्पादनलाई असर गर्छ |
एकल-न्यूक्लियस बनाम एकल-कोशिका
| एकल नाभिक | एकल सेल |
| असीमित सेल व्यास | सेल व्यास: 10-40 μm |
| सामग्री जमे भएका ऊतक हुन सक्छ | सामग्री ताजा ऊतक हुनुपर्छ |
| जमे भएका कोशिकाहरूको कम तनाव | इन्जाइम उपचार सेल तनाव प्रतिक्रिया हुन सक्छ |
| रातो रक्त कोशिकाहरू हटाउन आवश्यक छैन | रातो रक्त कोशिकाहरू हटाउन आवश्यक छ |
| आणविक जैव सूचना व्यक्त गर्दछ | सम्पूर्ण सेलले जैव सूचना व्यक्त गर्दछ |
निर्दिष्टीकरणहरू
| नमूना आवश्यकताहरू | पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | Data सिफारिस गर्नुभयो | गुणस्तर नियन्त्रण |
| पशु ऊतक ≥ 200 मिलीग्राम बिरुवाको ऊतक ≥ 400 मिलीग्राम | 10x जीनोमिक्स sn cDNA पुस्तकालय | Illumina PE150 | प्रति सेल 100K PE पढिन्छ (100-200 Gb) | माइक्रोस्कोप अन्तर्गत 700-1200 न्यूक्ली/μl र न्यूक्ली अखण्डता अवलोकन गरियो |
नमूना तयारी मार्गदर्शन र सेवा कार्यप्रवाहको बारेमा थप विवरणहरूको लागि, कृपया एकसँग कुरा गर्न नहिचकिचाउनुहोस्BMKGENE विशेषज्ञ
सेवा कार्य प्रवाह
निम्न विश्लेषण समावेश:
● गुणस्तर नियन्त्रण: कोशिकाहरूको संख्या, जीन पत्ता लगाउने, कोशिकाहरूको सही पहिचान, आरएनए अणुहरू र अभिव्यक्ति परिमाणीकरण
● भित्री नमूना विश्लेषण:
सेल क्लस्टरिङ र क्लस्टर एनोटेसन
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: क्लस्टरहरूमा DEGs को पहिचान
कार्यात्मक एनोटेशन र क्लस्टर DEGs को संवर्धन
● अन्तर-समूह विश्लेषण:
डाटा को संयोजन
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूहहरूमा DEGs को पहिचान
कार्यात्मक एनोटेशन र समूह DEGs को संवर्धन
● उन्नत विश्लेषण:
सेल चक्र विश्लेषण
स्यूडोटाइम विश्लेषण
सेल संचार विश्लेषण (CellPhoneDB)
जीन सेट संवर्धन विश्लेषण (GSEA)
भित्री-नमूना विश्लेषण
सेल क्लस्टरिङ:
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: क्लस्टर DEGs
अन्तर-समूह विश्लेषण
भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूह DEGs
उन्नत विश्लेषण:
स्यूडोटाइम विश्लेषण:
कोशिका चक्र विश्लेषण:
यी विशेष प्रकाशनहरूमा 10X क्रोमियमद्वारा BMKGene को एकल-न्युक्लियस RNA अनुक्रमण सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्:
वाङ, एल एट अल। (2021) 'एकल-कोशिका ट्रान्सक्रिप्टोमिक विश्लेषणले स्टेरोइड-प्रतिरोधी अस्थमा एक्सेर्बेशनमा फोक्सोको प्रतिरक्षा परिदृश्य प्रकट गर्दछ',संयुक्त राज्य अमेरिका को विज्ञान को राष्ट्रीय एकेडेमी को कार्यवाही, ११८(२), पृ। e2005590118। doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al। (2022) 'ग्रेभ्स डिजिज र हाशिमोटोको थाइरोइडाइटिसको सूक्ष्म वातावरणमा प्रतिरक्षा कक्षहरूमा डिसरेगुलेटेड जीन अभिव्यक्ति र असामान्य मेटाबोलिक सिग्नलिङका लागि विश्वव्यापी नियामक नेटवर्क',इम्युनोलोजी मा फ्रंटियर्स, १३, पृ। 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX।
टियान, एच एट अल। (2023) 'एकल-कोशिका ट्रान्सक्रिप्टोमले फ्लाउन्डर (Paralichthys olivaceus) inactivated Edwardsiella tarda सँग खोप लगाएपछि ल्युकोसाइट्सको विषमता र प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाहरू उजागर गर्दछ',एक्वाकल्चर, ५६६, पृ। 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238।
Yu, Y. et al। (2023) 'फोटोडायनामिक थेरापीले ग्यास्ट्रिक क्यान्सर भएका बिरामीहरूमा एन्टि-ट्यूमर प्रतिरोधात्मक क्षमतालाई पुन: निर्माण मार्फत प्रतिरक्षा चेकपोइन्ट अवरोधकहरूको परिणाम सुधार गर्दछ',ग्यास्ट्रिक क्यान्सर, 26(5), pp. 798-813। doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS।
