प्रोकारियोटिक आरएनए अनुक्रमण
सुविधाहरू
● RNA नमूना प्रशोधनमा rRNA कमी र दिशात्मक RNA पुस्तकालय तयारी समावेश छ।
● सन्दर्भ जीनोममा पङ्क्तिबद्धतामा आधारित जैव सूचनात्मक विश्लेषण
● विश्लेषणमा जीन अभिव्यक्ति र DEGs तर ट्रान्सक्रिप्ट संरचना र sRNA विश्लेषण पनि समावेश छ।
सेवा लाभहरू
●कडा गुणस्तर नियन्त्रण: हामी नमूना र पुस्तकालय तयारी देखि अनुक्रमण र बायोइन्फर्मेटिक्स सम्म सबै चरणहरूमा कोर नियन्त्रण बिन्दुहरू लागू गर्छौं। यो सावधानीपूर्वक अनुगमनले लगातार उच्च-गुणस्तरको परिणामहरूको वितरण सुनिश्चित गर्दछ।
●स्ट्र्यान्ड-विशिष्ट अनुक्रमण डेटा: आरएनए पुस्तकालयको तयारी दिशात्मक भएकोले, एन्टी-सेन्स ट्रान्सक्रिप्टहरूको पहिचान सक्षम पार्दै।
●पूर्ण विश्लेषण प्रोकारियोटिक ट्रान्सक्रिप्टोमहरू अनुरूपबायोइन्फर्मेटिक पाइपलाइनले जीन अभिव्यक्तिको मात्र विश्लेषण गर्दैन तर ट्रान्सक्रिप्ट संरचनाको विश्लेषण पनि समावेश गर्दछ, जसमा ओपेरन्स, यूटीआर र प्रमोटरहरूको पहिचान समावेश छ। यसमा sRNAs को विश्लेषण पनि समावेश छ, अर्थात् एनोटेशन र माध्यमिक संरचना र लक्ष्यहरूको भविष्यवाणी।
●पोस्ट-बिक्री समर्थन: हाम्रो प्रतिबद्धता 3-महिना पछि-बिक्री सेवा अवधि संग परियोजना समाप्ति बाहिर विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरू सम्बोधन गर्न परियोजना फलो-अप, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रस्ताव गर्दछौं।
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
| पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | Data सिफारिस गर्नुभयो | गुणस्तर नियन्त्रण |
| rRNA समाप्त दिशात्मक पुस्तकालय | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताहरू:
| Conc.(ng/μl) | रकम (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| ≥ ५० | ≥ १ | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | RIN≥6.5 |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3; B1, B2, B3।
ढुवानी:
1. ड्राई-बरफ: नमूनाहरू झोलाहरूमा प्याक गरी ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
2. RNAstable ट्यूबहरू: RNA नमूनाहरू RNA स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै RNAstable®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
जैव सूचनात्मक विश्लेषण कार्यप्रवाह
निम्न विश्लेषण समावेश गर्दछ:
● कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
● सन्दर्भ जीनोममा पङ्क्तिबद्धता
● पुस्तकालय गुणस्तर मूल्याङ्कन: RNA खण्डीकरण अनियमितता, सम्मिलित आकार र अनुक्रम संतृप्ति
● पूर्वानुमानित कोडिङ जीनहरूको कार्यात्मक एनोटेशन
● अभिव्यक्ति विश्लेषण: सहसम्बन्ध र प्रिन्सिपल कम्पोनेन्ट विश्लेषण (PCA)
● भिन्न जीन अभिव्यक्ति (DEGs)
● कार्यात्मक एनोटेशन र DEGs को संवर्धन
● sRNA विश्लेषण: भविष्यवाणी, एनोटेशन, लक्ष्य, र माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी
● ट्रान्सक्रिप्ट संरचना विश्लेषण: अपरेन्स, सुरु र अन्त्य स्थिति, अनुवाद नगरिएको क्षेत्र (UTS), प्रवर्तक, र SNP/InDel विश्लेषण
अनुक्रम संतृप्ति
कोडिङ जीन को कार्यात्मक एनोटेशन
नमूनाहरू बीचको सम्बन्ध
विभेदित जीन (DEGs) विश्लेषण
कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण
sRNA एनोटेशन
यस विशेष प्रकाशनमा BMKGene को Nanopore पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण सेवाहरू द्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्।
गुआन, CP et al। (2018) 'बायोफिल्म-फर्मिंग स्ट्याफिलोकोकस एपिडर्मिडिसको ग्लोबल ट्रान्सक्रिप्टम परिवर्तनहरू सोफोरिया एलोपेक्युरोइड्सको कुल एल्कालोइड्सको प्रतिक्रिया',माइक्रोबायोलोजी को पोलिश जर्नल, ६७(२), पृ। 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024।
