-
एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमण
एकल-सेल क्याप्चर र अनुकूलन पुस्तकालय निर्माण प्रविधिको विकास, उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमको साथ, सेल स्तरमा जीन अभिव्यक्ति अध्ययनमा क्रान्तिकारी परिवर्तन भएको छ। यस सफलताले सबै कोशिकाहरूमा औसत जीन अभिव्यक्तिसँग सम्बन्धित सीमितताहरू पार गर्दै जटिल सेल जनसंख्याको गहिरो र अधिक व्यापक विश्लेषणको लागि अनुमति दिन्छ र यी जनसंख्याहरू भित्र साँचो विषमता संरक्षण गर्दछ। जबकि एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमण (scRNA-seq) का निर्विवाद फाइदाहरू छन्, यसले केही तन्तुहरूमा चुनौतीहरूको सामना गर्दछ जहाँ एकल-कोष निलम्बन सिर्जना गर्न गाह्रो हुन्छ र ताजा नमूनाहरू चाहिन्छ। BMKGene मा, हामी अत्याधुनिक 10X जेनोमिक्स क्रोमियम टेक्नोलोजी प्रयोग गरेर सिंगल-न्यूक्लियस RNA सिक्वेन्सिङ (snRNA-seq) प्रस्ताव गरेर यो बाधालाई सम्बोधन गर्छौं। यो दृष्टिकोणले एकल सेल स्तरमा ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषणको लागि उपयुक्त नमूनाहरूको स्पेक्ट्रमलाई फराकिलो बनाउँछ।
न्यूक्लीको अलगाव अभिनव 10X जेनोमिक्स क्रोमियम चिप मार्फत पूरा गरिएको छ, जसमा डबल क्रसिङसहित आठ-च्यानल माइक्रोफ्लुइडिक्स प्रणाली छ। यस प्रणाली भित्र, बारकोडहरू, प्राइमरहरू, इन्जाइमहरू, र एकल न्यूक्लियस समावेश गर्ने जेल मोतीहरू नानोलिटर-आकारको तेलको थोपाहरूमा समेटिएका हुन्छन्, जेल मनिका-इन-इमल्शन (GEM) बनाउँछन्। GEM गठन पछि, सेल lysis र बारकोड रिलीज प्रत्येक GEM भित्र हुन्छ। पछि, mRNA अणुहरू 10X बारकोडहरू र अद्वितीय आणविक पहिचानकर्ताहरू (UMIs) समावेश गर्दै, cDNA मा उल्टो ट्रान्सक्रिप्सनबाट गुज्रिन्छन्। यी सीडीएनएहरू त्यसपछि मानक अनुक्रमणिका पुस्तकालय निर्माणको अधीनमा छन्, एकल-कोशिका स्तरमा जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरूको बलियो र व्यापक अन्वेषणको सुविधा प्रदान गर्दै।
प्लेटफर्म: १० × जेनोमिक्स क्रोमियम र इलुमिना नोभासेक प्लेटफर्म
-
10x जेनोमिक्स भिजियम स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोम
स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स एक अत्याधुनिक प्रविधि हो जसले अनुसन्धानकर्ताहरूलाई तिनीहरूको स्थानिय सन्दर्भलाई सुरक्षित राख्दै टिस्युहरू भित्र जीन अभिव्यक्ति ढाँचाहरू अनुसन्धान गर्न अनुमति दिन्छ। यस डोमेनको एउटा शक्तिशाली प्लेटफर्म 10x जेनोमिक्स भिजियम हो जसमा इलुमिना सिक्वेन्सिङ छ। 10X भिजियम को सिद्धान्त एक निर्दिष्ट क्याप्चर क्षेत्र संग एक विशेष चिप मा निहित छ जहाँ टिश्यु खण्डहरू राखिएको छ। यो क्याप्चर क्षेत्रले बारकोड गरिएको स्पटहरू समावेश गर्दछ, प्रत्येक ऊतक भित्रको एक अद्वितीय स्थानिय स्थानसँग सम्बन्धित छ। टिस्युबाट कब्जा गरिएका आरएनए अणुहरूलाई रिभर्स ट्रान्सक्रिप्शन प्रक्रियाको क्रममा अद्वितीय आणविक पहिचानकर्ता (UMIs) ले लेबल लगाइन्छ। यी बारकोड गरिएका स्पटहरू र यूएमआईहरूले एकल-सेल रिजोल्युसनमा जीन अभिव्यक्तिको सटीक स्थानिय म्यापिङ र परिमाणीकरण सक्षम पार्छन्। स्थानिय बारकोड गरिएका नमूनाहरू र UMIs को संयोजनले उत्पन्न डाटाको शुद्धता र विशिष्टता सुनिश्चित गर्दछ। यस स्थानिय ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स टेक्नोलोजी प्रयोग गरेर, अन्वेषकहरूले कोशिकाहरूको स्थानिक संगठन र ऊतक भित्र हुने जटिल आणविक अन्तरक्रियाहरूको गहिरो बुझाइ प्राप्त गर्न सक्छन्, ओन्कोलोजी, न्यूरोसाइन्स, विकास जीवविज्ञान, इम्युनोलोजी सहित बहु क्षेत्रहरूमा जैविक प्रक्रियाहरू अन्तर्निहित संयन्त्रहरूमा अमूल्य अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दै। , र वनस्पति अध्ययन।
प्लेटफर्म: 10X जेनोमिक्स भिजियम र Illumina NovaSeq
-
पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण-नानोपोर
जबकि NGS-आधारित mRNA अनुक्रमण जीन अभिव्यक्ति मापन गर्न को लागी एक बहुमुखी उपकरण हो, छोटो पठन मा यसको निर्भरता जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक विश्लेषण मा यसको प्रभावकारिता प्रतिबन्धित गर्दछ। अर्कोतर्फ, नानोपोर सिक्वेन्सिङले लामो-पढ्ने टेक्नोलोजी प्रयोग गर्दछ, पूर्ण-लम्बाइ mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रम सक्षम पार्दै। यो दृष्टिकोणले वैकल्पिक स्प्लिसिङ, जीन फ्युजन, पोली-एडेनिलेसन, र mRNA आइसोफर्महरूको परिमाणीकरणको विस्तृत अन्वेषणको सुविधा दिन्छ।
नानोपोर अनुक्रमण, एक विधि जसले न्यानोपोर एकल-अणु वास्तविक-समय विद्युतीय संकेतहरूमा निर्भर गर्दछ, वास्तविक-समयमा परिणामहरू प्रदान गर्दछ। मोटर प्रोटिनहरूद्वारा निर्देशित, डबल-स्ट्र्यान्डेड डीएनए बायोफिल्ममा इम्बेड गरिएको नानोपोर प्रोटिनहरूसँग बाँधिन्छ, यो भोल्टेज भिन्नता अन्तर्गत नानोपोर च्यानलबाट गुज्र्दा अनवाइन्ड हुन्छ। DNA स्ट्र्यान्डमा विभिन्न आधारहरू द्वारा उत्पन्न विशिष्ट विद्युतीय संकेतहरू वास्तविक समयमा पत्ता लगाइन्छ र वर्गीकृत गरिन्छ, सही र निरन्तर न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमणको सुविधा दिन्छ। यो अभिनव दृष्टिकोणले छोटो-पढ्ने सीमितताहरू पार गर्दछ र जटिल जीनोमिक विश्लेषणको लागि एक गतिशील प्लेटफर्म प्रदान गर्दछ, जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक अध्ययनहरू सहित, तत्काल परिणामहरू सहित।
प्लेटफर्म: Nanopore PromethION 48
-
पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण - PacBio
जबकि NGS-आधारित mRNA अनुक्रमण जीन अभिव्यक्ति मापन गर्न को लागी एक बहुमुखी उपकरण हो, छोटो पठन मा यसको निर्भरता जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक विश्लेषण मा यसको प्रयोग प्रतिबन्धित गर्दछ। अर्कोतर्फ, PacBio अनुक्रमणिका (Iso-Seq) ले लामो-पढ्ने प्रविधि प्रयोग गर्दछ, पूर्ण-लम्बाइ mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रम सक्षम पार्दै। यो दृष्टिकोणले वैकल्पिक स्प्लिसिङ, जीन फ्युजन, र पाली-एडेनिलेसनको विस्तृत अन्वेषणलाई सुविधा दिन्छ। यद्यपि, आवश्यक डाटाको उच्च मात्राको कारणले जीन अभिव्यक्ति परिमाणीकरणका लागि अन्य विकल्पहरू छन्। PacBio सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजी सिंगल-मोलिक्युल, रियल-टाइम (SMRT) सिक्वेन्सिङमा निर्भर छ, जसले पूर्ण-लम्बाइ mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरू क्याप्चर गर्नमा छुट्टै फाइदा प्रदान गर्दछ। यो अभिनव दृष्टिकोणले शून्य-मोड वेभगाइडहरू (ZMWs) र माइक्रोफेब्रिकेटेड कुवाहरू प्रयोग गर्दछ जसले अनुक्रमणको समयमा DNA पोलिमरेज गतिविधिको वास्तविक-समय अवलोकन सक्षम गर्दछ। यी ZMWs भित्र, PacBio को DNA पोलिमरेजले DNA को एक पूरक स्ट्र्यान्ड संश्लेषण गर्दछ, लामो पढाइहरू उत्पन्न गर्दछ जुन सम्पूर्ण mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरू फैलिन्छ। सर्कुलर कन्सेन्सस सिक्वेन्सिङ (CCS) मोडमा PacBio सञ्चालनले एउटै अणुलाई बारम्बार क्रमबद्ध गरेर शुद्धता बढाउँछ। उत्पन्न गरिएको HiFi रीडहरूमा NGS सँग तुलनात्मक सटीकता छ, थप जटिल ट्रान्सक्रिप्टोमिक सुविधाहरूको विस्तृत र भरपर्दो विश्लेषणमा योगदान पुर्याउँछ।
प्लेटफर्म: PacBio सिक्वेल II; PacBio Revio
-
युकेरियोटिक mRNA अनुक्रमण-NGS
mRNA सिक्वेन्सिङ, एक बहुमुखी प्रविधि, विशेष परिस्थितिहरूमा कक्षहरू भित्र सबै mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको व्यापक प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ। यसको फराकिलो अनुप्रयोगहरूसँग, यो अत्याधुनिक उपकरणले जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ। मौलिक अनुसन्धान, क्लिनिकल डायग्नोस्टिक्स, र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाईएको, mRNA अनुक्रमले सेलुलर गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनका जटिलताहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ, विभिन्न क्षेत्रहरूमा यसको सम्भावनाको बारेमा जिज्ञासा उत्पन्न गर्दछ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
गैर-सन्दर्भ आधारित mRNA अनुक्रमण-NGS
mRNA अनुक्रमणले विशेष परिस्थितिहरूमा कक्षहरू भित्र सबै mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको व्यापक प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ। यो अत्याधुनिक प्रविधिले एक शक्तिशाली उपकरणको रूपमा कार्य गर्दछ, जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ। मौलिक अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाईएको, mRNA अनुक्रमले सेलुलर गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनका जटिलताहरूमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
लामो गैर-कोडिङ अनुक्रम-इलुमिना
लामो गैर-कोडिङ RNAs (lncRNAs) 200 न्यूक्लियोटाइडहरू भन्दा लामो हुन्छन् जसमा न्यूनतम कोडिङ क्षमता हुन्छ र गैर-कोडिङ RNA भित्र मुख्य तत्वहरू हुन्छन्। न्यूक्लियस र साइटोप्लाज्ममा पाइने, यी आरएनएहरूले एपिजेनेटिक, ट्रान्सक्रिप्शनल, र पोस्ट-ट्रान्सक्रिप्शनल नियमनमा महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छन्, जसले सेलुलर र आणविक प्रक्रियाहरूलाई आकार दिन तिनीहरूको महत्त्वलाई जोड दिन्छ। LncRNA अनुक्रमणिका सेल भिन्नता, ओन्टोजेनेसिस, र मानव रोगहरूमा एक शक्तिशाली उपकरण हो।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq
-
सानो आरएनए अनुक्रमण-इलुमिना
साना RNA (sRNA) अणुहरूमा माइक्रोआरएनए (miRNAs), सानो हस्तक्षेप गर्ने RNAs (siRNAs), र piwi-interacting RNAs (piRNAs) समावेश हुन्छन्। यी मध्ये, miRNAs, लगभग 18-25 न्यूक्लियोटाइड लामो, विभिन्न सेलुलर प्रक्रियाहरूमा उनीहरूको निर्णायक नियामक भूमिकाहरूको लागि विशेष रूपमा उल्लेखनीय छन्। टिश्यु-विशिष्ट र चरण-विशिष्ट अभिव्यक्ति ढाँचाहरूको साथ, miRNAs ले विभिन्न प्रजातिहरूमा उच्च संरक्षण प्रदर्शन गर्दछ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq
-
CircRNA अनुक्रमण-Illumina
सर्कुलर आरएनए सिक्वेन्सिङ (circRNA-seq) भनेको गोलाकार RNAs प्रोफाइल र विश्लेषण गर्नु हो, RNA अणुहरूको एक वर्ग जसले गैर-क्यानोनिकल स्प्लिसिङ घटनाहरूको कारण बन्द लूपहरू बनाउँछ, यस RNA लाई बढ्दो स्थिरता प्रदान गर्दछ। जबकि केहि circRNAs लाई microRNA स्पन्जको रूपमा काम गर्न देखाइएको छ, microRNAs पृथक गर्दै र तिनीहरूलाई उनीहरूको लक्षित mRNA हरू विनियमित गर्नबाट रोक्छ, अन्य circRNA ले प्रोटीनसँग अन्तरक्रिया गर्न सक्छ, जीन अभिव्यक्ति परिमार्जन गर्न सक्छ, वा सेलुलर प्रक्रियाहरूमा भूमिका खेल्न सक्छ। circRNA अभिव्यक्ति विश्लेषणले यी अणुहरूको नियामक भूमिकाहरू र विभिन्न सेलुलर प्रक्रियाहरू, विकास चरणहरू, र रोग अवस्थाहरूमा तिनीहरूको महत्त्वमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ, जीन अभिव्यक्तिको सन्दर्भमा RNA नियमनको जटिलताको गहिरो बुझाइमा योगदान पुर्याउँछ।
-
सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण - Illumina
सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमले विविध आरएनए अणुहरू, समावेशी कोडिङ (mRNA) र गैर-कोडिङ RNAs (lncRNA, circRNA, र miRNA) को प्रोफाइलिङको लागि व्यापक दृष्टिकोण प्रदान गर्दछ। यो प्रविधिले विशेष सेलहरूको सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोमलाई दिइएको क्षणमा कब्जा गर्छ, जसले सेलुलर प्रक्रियाहरूको समग्र समझको लागि अनुमति दिन्छ। "कुल आरएनए अनुक्रमण" को रूपमा पनि चिनिन्छ, यसले ट्रान्सक्रिप्टोम स्तरमा जटिल नियामक सञ्जालहरू अनावरण गर्ने लक्ष्य राख्छ, प्रतिस्पर्धात्मक अन्तर्जात आरएनए (ceRNA) र संयुक्त आरएनए विश्लेषण जस्ता गहन विश्लेषणलाई सक्षम पार्दै। यसले विशेष गरी circRNA-miRNA-mRNA-आधारित ceRNA अन्तर्क्रियाहरू समावेश गर्ने नियामक सञ्जालहरू उजागर गर्न कार्यात्मक चरित्रीकरणतर्फ प्रारम्भिक चरण चिन्ह लगाउँछ।
