-
Metagenomic अनुक्रमण - NGS
मेटाजेनोम भनेको वातावरणीय र मानव मेटाजेनोम जस्ता जीवहरूको मिश्रित समुदायको कुल आनुवंशिक सामग्रीको संग्रह हो। यसमा खेतीयोग्य र खेती गर्न नसकिने सूक्ष्मजीवहरू दुवैको जीनोमहरू छन्। NGS सँग शटगन मेटाजेनोमिक अनुक्रमले वर्गीकरण प्रोफाइलिङ भन्दा बढि प्रदान गरेर वातावरणीय नमूनाहरूमा सम्मिलित यी जटिल जीनोमिक परिदृश्यहरूको अध्ययनलाई सक्षम बनाउँछ, प्रजाति विविधता, प्रशस्तता गतिशीलता, र जटिल जनसंख्या संरचनाहरूमा पनि दानेदार अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ। वर्गीकरण अध्ययनहरू बाहेक, शटगन मेटाजेनोमिक्सले एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य पनि प्रदान गर्दछ, एन्कोडेड जीनहरूको अन्वेषण र पारिस्थितिक प्रक्रियाहरूमा तिनीहरूको महत्वपूर्ण भूमिकाहरू सक्षम पार्दै। अन्तमा, आनुवंशिक तत्वहरू र वातावरणीय कारकहरू बीचको सम्बन्ध सञ्जालको स्थापनाले माइक्रोबियल समुदायहरू र तिनीहरूको पारिस्थितिक पृष्ठभूमि बीचको जटिल अन्तरक्रियाको समग्र समझमा योगदान पुर्याउँछ। अन्तमा, मेटाजेनोमिक अनुक्रमणले यी जटिल पारिस्थितिकी तंत्रहरू भित्र आनुवंशिकी र पारिस्थितिकी बीचको बहुआयामिक सम्बन्धलाई उज्यालो पार्दै, विविध माइक्रोबियल समुदायहरूको जीनोमिक जटिलताहरू उजागर गर्नको लागि एक प्रमुख साधनको रूपमा खडा हुन्छ।
प्लेटफार्महरू: Illumina NovaSeq र DNBSEQ-T7
-
Metagenomic अनुक्रमण-TGS
मेटाजेनोम जीवहरूको मिश्रित समुदायको आनुवंशिक सामग्रीको संग्रह हो, जस्तै वातावरणीय र मानव मेटाजेनोम। यसमा खेतीयोग्य र खेती गर्न नसकिने सूक्ष्मजीवहरू दुवैको जीनोमहरू छन्। मेटाजेनोमिक अनुक्रमणले वर्गीकरण प्रोफाइलिंग भन्दा बढी प्रदान गरेर पारिस्थितिक नमूनाहरूमा सम्मिलित यी जटिल जीनोमिक परिदृश्यहरूको अध्ययन सक्षम गर्दछ। यसले एन्कोडेड जीनहरू र वातावरणीय प्रक्रियाहरूमा उनीहरूको भूमिकाको खोजी गरेर कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य पनि प्रदान गर्दछ। जबकि इल्युमिना सिक्वेन्सिङको साथ परम्परागत शटगन दृष्टिकोणहरू मेटाजेनोमिक अध्ययनहरूमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ, नानोपोर र PacBio लामो-पढ्ने अनुक्रमको आगमनले क्षेत्र परिवर्तन गरेको छ। नानोपोर र PacBio टेक्नोलोजीले डाउनस्ट्रीम बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषणहरू बढाउँछ, विशेष गरी मेटाजेनोम एसेम्बली, थप निरन्तर सम्मेलनहरू सुनिश्चित गर्दै। रिपोर्टहरूले संकेत गर्दछ कि नानोपोर-आधारित र PacBio-आधारित मेटाजेनोमिक्सले सफलतापूर्वक जटिल माइक्रोबायोमहरू (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) बाट पूर्ण र बन्द ब्याक्टेरियल जीनोमहरू उत्पन्न गरेको छ। नानोपोर रीडलाई इलुमिना रीडसँग एकीकृत गर्दा नानोपोरको अन्तर्निहित कम सटीकतालाई कम गर्दै त्रुटि सुधारको लागि रणनीतिक दृष्टिकोण प्रदान गर्दछ। यस सिनर्जिस्टिक संयोजनले प्रत्येक अनुक्रमिक प्लेटफर्मको शक्तिहरूको लाभ उठाउँदछ, सम्भावित सीमितताहरू पार गर्न र मेटाजेनोमिक विश्लेषणहरूको शुद्धता र विश्वसनीयतालाई अगाडि बढाउन बलियो समाधान प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म: Nanopore PromethION 48, Illumia र PacBio Revio
-
सम्पूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रमण (WGBS)
होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (WGBS) DNA मेथिलेसनको गहन अन्वेषणको लागि सुनको मानक पद्धतिको रूपमा खडा छ, विशेष गरी साइटोसिन (5-mC) मा पाँचौं स्थान, जीन अभिव्यक्ति र सेलुलर गतिविधिको एक निर्णायक नियामक। अन्तर्निहित WGBS सिद्धान्तले बिसल्फाइट उपचार समावेश गर्दछ, unmethylated cytosines लाई uracil (C to U) मा रूपान्तरण गर्न प्रेरित गर्दछ, जबकि methylated cytosines लाई अपरिवर्तित छोड्छ। यो प्रविधिले एकल-आधार रिजोल्युसन प्रदान गर्दछ, अनुसन्धानकर्ताहरूलाई मेथाइलोमको व्यापक रूपमा अनुसन्धान गर्न र विभिन्न अवस्थाहरू, विशेष गरी क्यान्सरसँग सम्बन्धित असामान्य मेथिलेसन ढाँचाहरू उजागर गर्न अनुमति दिन्छ। WGBS को प्रयोग गरेर, वैज्ञानिकहरूले जीनोम-व्यापी मेथिलेसन ल्यान्डस्केपहरूमा अतुलनीय अन्तर्दृष्टि प्राप्त गर्न सक्छन्, विभिन्न जैविक प्रक्रियाहरू र रोगहरू निम्त्याउने एपिजेनेटिक मेकानिजमहरूको सूक्ष्म समझ प्रदान गर्दछ।
-
उच्च थ्रुपुट अनुक्रम (ATAC-seq) को साथ ट्रान्सपोसेस-पहुँचयोग्य क्रोमाटिनको लागि परख
ATAC-seq एक उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमण प्रविधि हो जुन जीनोम-वाइड क्रोमेटिन पहुँच विश्लेषणको लागि प्रयोग गरिन्छ। यसको प्रयोगले जीन अभिव्यक्तिमा विश्वव्यापी एपिजेनेटिक नियन्त्रणको जटिल संयन्त्रको गहिरो बुझाइ प्रदान गर्दछ। यो विधिले हाइपरएक्टिभ Tn5 ट्रान्सपोसेज प्रयोग गर्दछ एकै साथ टुक्रा र ट्याग खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरू अनुक्रमण एडेप्टरहरू घुसाएर। त्यसपछिको PCR एम्प्लीफिकेशनले अनुक्रमिक पुस्तकालयको सिर्जनामा परिणाम दिन्छ, जसले विशिष्ट स्पेस-टाइम परिस्थितिहरूमा खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरूको व्यापक पहिचानको लागि अनुमति दिन्छ। ATAC-seq ले ट्रान्सक्रिप्शन कारक बाध्यकारी साइटहरू वा विशिष्ट हिस्टोन-परिमार्जित क्षेत्रहरूमा मात्र ध्यान केन्द्रित गर्ने विधिहरूको विपरीत, पहुँचयोग्य क्रोमाटिन परिदृश्यहरूको समग्र दृश्य प्रदान गर्दछ। यी खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरूलाई अनुक्रमण गरेर, ATAC-seq ले सक्रिय नियामक अनुक्रमहरू र सम्भावित ट्रान्सक्रिप्शन कारक बाध्यकारी साइटहरू हुने सम्भावना क्षेत्रहरूलाई प्रकट गर्दछ, जीनोम भरि जीन अभिव्यक्तिको गतिशील मोड्युलेसनमा बहुमूल्य अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।
-
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-PacBio
16S र 18S rRNA जीनहरू, इन्टरनल ट्रान्सक्राइब्ड स्पेसर (ITS) क्षेत्रको साथमा, उच्च संरक्षित र हाइपर-भेरिएबल क्षेत्रहरूको संयोजनको कारणले निर्णायक आणविक फिंगरप्रिन्टिङ मार्करहरूको रूपमा सेवा गर्दछ, तिनीहरूलाई प्रोकारियोटिक र युकेरियोटिक जीवहरूको विशेषताको लागि अमूल्य उपकरण बनाउँछ। यी क्षेत्रहरूको प्रवर्धन र अनुक्रमणले विभिन्न इकोसिस्टमहरूमा माइक्रोबियल संरचना र विविधताको अनुसन्धानको लागि अलगाव-मुक्त दृष्टिकोण प्रदान गर्दछ। जबकि Illumina अनुक्रमणिले सामान्यतया छोटो हाइपरभेरिएबल क्षेत्रहरू जस्तै 16S र ITS1 को V3-V4 लाई लक्षित गर्दछ, यो प्रदर्शन गरिएको छ कि उत्कृष्ट वर्गीकरण एनोटेसन 16S, 18S, र ITS को पूर्ण लम्बाइ अनुक्रम गरेर प्राप्त गर्न सकिन्छ। यो व्यापक दृष्टिकोणले सही वर्गीकृत अनुक्रमहरूको उच्च प्रतिशतमा परिणाम दिन्छ, प्रजाति पहिचानमा विस्तारित संकल्पको स्तर प्राप्त गर्दछ। PacBio को सिंगल-मोलिक्युल रियल-टाइम (SMRT) सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्म इलुमिना सिक्वेन्सिङको परिशुद्धतालाई प्रतिद्वन्द्वी गर्दै पूर्ण-लम्बाइ एम्प्लिकनहरू कभर गर्ने उच्च सटीक लामो पढाइ (HiFi) प्रदान गरेर बाहिर खडा छ। यो क्षमताले अन्वेषकहरूलाई बेजोड फाइदा प्राप्त गर्न अनुमति दिन्छ - आनुवंशिक परिदृश्यको मनोरम दृश्य। विस्तारित कभरेजले प्रजाति एनोटेसनमा विशेष गरी ब्याक्टेरिया वा फंगल समुदायहरू भित्र, माइक्रोबियल जनसंख्याको जटिलताहरूको गहिरो बुझाइलाई सक्षम पार्छ।
-
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-एनजीएस
Illumina टेक्नोलोजीको साथ एम्प्लिकन अनुक्रमण, विशेष गरी 16S, 18S, र ITS आनुवंशिक मार्करहरूलाई लक्षित गर्दै, माइक्रोबियल समुदायहरूमा फाइलोजेनी, वर्गीकरण, र प्रजातिहरूको प्रशस्ततालाई उजागर गर्ने एक शक्तिशाली विधि हो। यस दृष्टिकोणले हाउसकीपिङ आनुवंशिक मार्करहरूको हाइपरभेरिएबल क्षेत्रहरू क्रमबद्ध गर्ने समावेश गर्दछ। मूलतः द्वारा आणविक फिंगरप्रिन्टको रूपमा प्रस्तुत गरियोदु: ख आदि1977 मा, यो प्रविधिले अलगाव-मुक्त विश्लेषणहरू सक्षम गरेर माइक्रोबायोम प्रोफाइलिङमा क्रान्तिकारी परिवर्तन गरेको छ। 16S (ब्याक्टेरिया), 18S (फङ्गी), र इन्टरनल ट्रान्सक्रिप्ड स्पेसर (आईटीएस, फङ्गि) को अनुक्रम मार्फत अनुसन्धानकर्ताहरूले प्रचुर मात्रामा प्रजातिहरू मात्र नभई दुर्लभ र अपरिचित प्रजातिहरू पनि पहिचान गर्न सक्छन्। एक प्रमुख उपकरणको रूपमा व्यापक रूपमा ग्रहण गरिएको, एम्प्लिकन अनुक्रम मानव मुख, आन्द्रा, मल, र बाहिर लगायत विभिन्न वातावरणहरूमा भिन्नता माइक्रोबियल रचनाहरू बुझ्नको लागि सहायक बनेको छ।
-
ब्याक्टेरियल र फंगल सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण
ब्याक्टेरियल र फङ्गल पूर्ण-जीनोम पुन: अनुक्रमण परियोजनाहरू माइक्रोबियल जीनोमहरूको पूर्णता र तुलनालाई सक्षम पारेर माइक्रोबियल जीनोमिक्सलाई अगाडि बढाउनको लागि महत्त्वपूर्ण छन्। यसले किण्वन ईन्जिनियरिङ्, औद्योगिक प्रक्रियाहरूको अनुकूलन, र माध्यमिक चयापचय मार्गहरूको अन्वेषणको सुविधा दिन्छ। यसबाहेक, फंगल र ब्याक्टेरियल पुन: अनुक्रमण वातावरणीय अनुकूलन बुझ्न, तनाव अनुकूलन गर्न, र आनुवंशिक विकास गतिशीलता प्रकट गर्न, चिकित्सा, कृषि, र पर्यावरण विज्ञानमा व्यापक प्रभावहरू सहित महत्त्वपूर्ण छ।
-
PacBio-पूर्ण-लम्बाइ 16S/18S/ITS एम्प्लिकन अनुक्रमण
Amplicon (16S/18S/ITS) प्लेटफर्म माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषणमा वर्षौंको अनुभवको साथ विकसित गरिएको छ, जसमा मानकीकृत आधारभूत विश्लेषण र व्यक्तिगत विश्लेषण समावेश छ: आधारभूत विश्लेषणले वर्तमान माइक्रोबियल अनुसन्धानको मुख्यधारा विश्लेषण सामग्रीलाई समेट्छ, विश्लेषण सामग्री समृद्ध र व्यापक छ, र विश्लेषण परिणामहरू परियोजना रिपोर्टहरूको रूपमा प्रस्तुत गरिन्छ; व्यक्तिगत विश्लेषण को सामग्री विविध छ। नमूनाहरू चयन गर्न सकिन्छ र आधारभूत विश्लेषण रिपोर्ट र अनुसन्धान उद्देश्य अनुसार प्यारामिटरहरू लचिलो रूपमा सेट गर्न सकिन्छ, व्यक्तिगत आवश्यकताहरू महसुस गर्न। विन्डोज अपरेटिङ सिस्टम, सरल र छिटो।
-
PacBio-पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम (गैर-संदर्भ)
प्यासिफिक बायोसाइन्सेस (PacBio) Isoform अनुक्रमण डेटा इनपुटको रूपमा लिएर, यो एपले पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्ट अनुक्रमहरू (असेंब्ली बिना) पहिचान गर्न सक्षम छ। सन्दर्भ जीनोम विरुद्ध पूर्ण-लम्बाइ अनुक्रमहरू म्याप गरेर, ट्रान्सक्रिप्टहरू ज्ञात जीनहरू, ट्रान्सक्रिप्टहरू, कोडिङ क्षेत्रहरू, आदि द्वारा अनुकूलित गर्न सकिन्छ। यस अवस्थामा, वैकल्पिक स्प्लिसिङ, आदि जस्ता mRNA संरचनाहरूको थप सटीक पहिचान हासिल गर्न सकिन्छ। NGS ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण डेटाको साथ संयुक्त विश्लेषणले ट्रान्सक्रिप्ट स्तरमा अभिव्यक्तिमा थप व्यापक एनोटेशन र अधिक सटीक मात्रालाई सक्षम बनाउँछ, जसले ठूलो मात्रामा डाउनस्ट्रीम विभेदक अभिव्यक्ति र कार्यात्मक विश्लेषणलाई फाइदा पुर्याउँछ।
-
रिड्युस्ड रिप्रेजेन्टेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (RRBS)
रिड्युस्ड रिप्रेजेन्टेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (आरआरबीएस) डीएनए मेथिलेसन अनुसन्धानमा होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (WGBS) को लागत-प्रभावी र प्रभावकारी विकल्पको रूपमा उभिएको छ। जबकि WGBS ले एकल आधार रिजोल्युसनमा सम्पूर्ण जीनोम जाँच गरेर व्यापक अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ, यसको उच्च लागत एक सीमित कारक हुन सक्छ। आरआरबीएसले रणनीतिक रूपमा जीनोमको प्रतिनिधि भागलाई छनौट गरी विश्लेषण गरेर यस चुनौतीलाई कम गर्छ। यो पद्धति MspI क्लीभेज द्वारा CpG टापु-समृद्ध क्षेत्रहरूको समृद्धिमा निर्भर गर्दछ र त्यसपछि 200-500/600 bps टुक्राहरूको आकार चयन। फलस्वरूप, केवल CpG टापुहरूको निकटतम क्षेत्रहरू क्रमबद्ध छन्, जबकि टाढाका CpG टापुहरू भएकाहरूलाई विश्लेषणबाट बहिष्कृत गरिएको छ। यो प्रक्रिया, bisulfite अनुक्रम संग संयुक्त, DNA मेथिलेसन को उच्च-रिजोल्युशन पत्ता लगाउन अनुमति दिन्छ, र अनुक्रमण दृष्टिकोण, PE150, विशेष गरी मध्यको सट्टा सम्मिलितहरूको छेउमा केन्द्रित हुन्छ, मेथिलेसन प्रोफाइलिङको दक्षता बढाउँछ। RRBS एउटा अमूल्य उपकरण हो जसले लागत-प्रभावी DNA मेथिलेसन अनुसन्धानलाई सक्षम बनाउँछ र एपिजेनेटिक मेकानिज्महरूको ज्ञान बढाउँछ।
-
प्रोकारियोटिक आरएनए अनुक्रमण
आरएनए अनुक्रमणले विशेष परिस्थितिहरूमा कक्षहरू भित्र सबै आरएनए ट्रान्सक्रिप्टहरूको व्यापक प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ। यो अत्याधुनिक प्रविधिले एक शक्तिशाली उपकरणको रूपमा कार्य गर्दछ, जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ। आधारभूत अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाईएको, आरएनए अनुक्रमले सेलुलर गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनका जटिलताहरूमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ। हाम्रो प्रोकारियोटिक आरएनए नमूना प्रशोधन प्रोकारियोटिक ट्रान्सक्रिप्टोमहरूको लागि अनुकूल छ, आरआरएनए कमी र दिशात्मक पुस्तकालय तयारी समावेश।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome अनुक्रम
इलुमिना सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीको सदुपयोग गर्दै, BMKGENE को मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिङ सेवाले माटो, पानी, समुद्र, मल, र आन्द्रा जस्ता प्राकृतिक वातावरणमा युकेरियोट्सदेखि प्रोकारियोट र भाइरससम्म फैलिएको सूक्ष्म जीवहरूको विविध एरेको गतिशील जीन अभिव्यक्तिलाई अनावरण गर्छ। हाम्रो व्यापक सेवाले अनुसन्धानकर्ताहरूलाई जटिल माइक्रोबियल समुदायहरूको पूर्ण जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू पत्ता लगाउन सक्षम बनाउँछ। वर्गीकरण विश्लेषण बाहेक, हाम्रो मेटाट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण सेवाले कार्यात्मक संवर्धनमा अन्वेषणलाई सहज बनाउँछ, भिन्न रूपमा व्यक्त गरिएका जीनहरू र तिनीहरूको भूमिकाहरूमा प्रकाश पार्छ। यी विविध वातावरणीय निचहरू भित्र जीन अभिव्यक्ति, वर्गीकरण विविधता, र कार्यात्मक गतिशीलताको जटिल परिदृश्यहरू नेभिगेट गर्दा जैविक अन्तर्दृष्टिहरूको सम्पत्ति पत्ता लगाउनुहोस्।
-
डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGENE ले फंगल जीनोमहरूको लागि बहुमुखी समाधानहरू प्रदान गर्दछ, विभिन्न अनुसन्धान आवश्यकताहरू र वांछित जीनोम पूर्णतालाई पूरा गर्दै। छोटो-पढ्ने इलुमिना सिक्वेन्सिङ एक्लै प्रयोग गर्दा मस्यौदा जीनोमको उत्पादनलाई अनुमति दिन्छ। नानोपोर वा प्याकबियो प्रयोग गरेर छोटो-पढ्ने र लामो-पढ्ने अनुक्रमलाई लामो कन्टिगहरू सहित थप परिष्कृत फंगल जीनोमको लागि संयोजन गरिन्छ। यसबाहेक, हाई-सी अनुक्रमणलाई एकीकृत गर्दा पूर्ण क्रोमोजोम-स्तर जीनोमको प्राप्तिलाई सक्षम पार्दै क्षमताहरू बढाउँछ।
