-
हाई-सी आधारित क्रोमाटिन अन्तरक्रिया
हाई-सी प्रोबिङ प्रोक्सिमिटी-आधारित अन्तरक्रिया र उच्च-थ्रुपुट अनुक्रम संयोजन गरेर जीनोमिक कन्फिगरेसन क्याप्चर गर्न डिजाइन गरिएको विधि हो। यो विधि क्रोमेटिन क्रसलिङ्किङमा फर्माल्डिहाइडसँग आधारित छ, त्यसपछि पाचन र पुनः-लिगेसन यसरी हुन्छ कि सहसंयोजक रूपमा जोडिएका टुक्राहरूले मात्र लाइगेसन उत्पादनहरू बनाउँछन्। यी ligation उत्पादनहरू अनुक्रम गरेर, यो जीनोम को 3D संगठन अध्ययन गर्न सम्भव छ। हाई-सीले हल्का प्याक गरिएका जीनोमका भागहरूको वितरण अध्ययन गर्न सक्षम बनाउँछ (ए कम्पार्टमेन्टहरू, युक्रोमेटिन) र ट्रान्सक्रिप्सन रूपमा सक्रिय हुने सम्भावना बढी हुन्छ, र क्षेत्रहरू जो अधिक कडा रूपमा प्याक हुन्छन् (बी कम्पार्टमेन्टहरू, हेटेरोक्रोमेटिन)। हाई-सी टोपोलोजिकल रूपमा एसोसिएटेड डोमेनहरू (TADs), फोल्डेड संरचनाहरू भएका र समान अभिव्यक्ति ढाँचाहरू हुने सम्भावना भएका जीनोमका क्षेत्रहरू, र क्रोमेटिन लुपहरू पहिचान गर्नका लागि पनि प्रयोग गर्न सकिन्छ, DNA क्षेत्रहरू जुन प्रोटीनहरूद्वारा लंगरमा राखिएका छन् र ती हुन्। प्रायः नियामक तत्वहरूमा समृद्ध। BMKGene को Hi-C अनुक्रमण सेवाले अनुसन्धाताहरूलाई जीनोमिक्सको स्थानिय आयामहरू अन्वेषण गर्न, जीनोम नियमन र स्वास्थ्य र रोगमा यसको प्रभावहरू बुझ्नको लागि नयाँ मार्गहरू खोल्न सक्षम बनाउँछ।
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) एक प्रविधि हो जसले एन्टिबडीहरूलाई छनौट रूपमा DNA-बाइन्डिङ प्रोटीनहरू र तिनीहरूको सम्बन्धित जीनोमिक्स लक्ष्यहरूलाई समृद्ध बनाउन प्रयोग गर्दछ। NGS सँग यसको एकीकरणले हिस्टोन परिमार्जन, ट्रान्सक्रिप्शन कारकहरू, र अन्य DNA-बाइन्डिङ प्रोटीनहरूसँग सम्बन्धित DNA लक्ष्यहरूको जीनोम-वाइड प्रोफाइलिङ सक्षम बनाउँछ। यो गतिशील दृष्टिकोणले विभिन्न सेल प्रकारहरू, तन्तुहरू, वा अवस्थाहरूमा बाध्यकारी साइटहरूको तुलनालाई सक्षम बनाउँछ। ChIP-Seq का अनुप्रयोगहरू ट्रान्सक्रिप्शनल नियमन र विकास मार्गहरू अध्ययनदेखि रोग संयन्त्रहरू स्पष्ट गर्न, यसलाई जीनोमिक नियमन परिदृश्यहरू बुझ्न र चिकित्सीय अन्तर्दृष्टिहरू अगाडि बढाउनको लागि अपरिहार्य उपकरण बनाउँदछ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq
-
सम्पूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रमण (WGBS)
होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (WGBS) DNA मेथिलेसनको गहन अन्वेषणको लागि सुनको मानक पद्धतिको रूपमा खडा छ, विशेष गरी साइटोसिन (5-mC) मा पाँचौं स्थान, जीन अभिव्यक्ति र सेलुलर गतिविधिको एक निर्णायक नियामक। अन्तर्निहित WGBS सिद्धान्तले बिसल्फाइट उपचार समावेश गर्दछ, unmethylated cytosines लाई uracil (C to U) मा रूपान्तरण गर्न प्रेरित गर्दछ, जबकि methylated cytosines लाई अपरिवर्तित छोड्छ। यो प्रविधिले एकल-आधार रिजोल्युसन प्रदान गर्दछ, अनुसन्धानकर्ताहरूलाई मेथाइलोमको व्यापक रूपमा अनुसन्धान गर्न र विभिन्न अवस्थाहरू, विशेष गरी क्यान्सरसँग सम्बन्धित असामान्य मेथिलेसन ढाँचाहरू उजागर गर्न अनुमति दिन्छ। WGBS को प्रयोग गरेर, वैज्ञानिकहरूले जीनोम-व्यापी मेथिलेसन ल्यान्डस्केपहरूमा अतुलनीय अन्तर्दृष्टि प्राप्त गर्न सक्छन्, विभिन्न जैविक प्रक्रियाहरू र रोगहरू निम्त्याउने एपिजेनेटिक मेकानिजमहरूको सूक्ष्म समझ प्रदान गर्दछ।
-
उच्च थ्रुपुट अनुक्रम (ATAC-seq) को साथ ट्रान्सपोसेस-पहुँचयोग्य क्रोमाटिनको लागि परख
ATAC-seq एक उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमण प्रविधि हो जुन जीनोम-वाइड क्रोमेटिन पहुँच विश्लेषणको लागि प्रयोग गरिन्छ। यसको प्रयोगले जीन अभिव्यक्तिमा विश्वव्यापी एपिजेनेटिक नियन्त्रणको जटिल संयन्त्रको गहिरो बुझाइ प्रदान गर्दछ। यो विधिले हाइपरएक्टिभ Tn5 ट्रान्सपोसेज प्रयोग गर्दछ एकै साथ टुक्रा र ट्याग खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरू अनुक्रमण एडेप्टरहरू घुसाएर। त्यसपछिको PCR एम्प्लीफिकेशनले अनुक्रमिक पुस्तकालयको सिर्जनामा परिणाम दिन्छ, जसले विशिष्ट स्पेस-टाइम परिस्थितिहरूमा खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरूको व्यापक पहिचानको लागि अनुमति दिन्छ। ATAC-seq ले ट्रान्सक्रिप्शन कारक बाध्यकारी साइटहरू वा विशिष्ट हिस्टोन-परिमार्जित क्षेत्रहरूमा मात्र ध्यान केन्द्रित गर्ने विधिहरूको विपरीत, पहुँचयोग्य क्रोमाटिन परिदृश्यहरूको समग्र दृश्य प्रदान गर्दछ। यी खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरूलाई अनुक्रमण गरेर, ATAC-seq ले सक्रिय नियामक अनुक्रमहरू र सम्भावित ट्रान्सक्रिप्शन कारक बाध्यकारी साइटहरू हुने सम्भावना क्षेत्रहरूलाई प्रकट गर्दछ, जीनोम भरि जीन अभिव्यक्तिको गतिशील मोड्युलेसनमा बहुमूल्य अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।
-
रिड्युस्ड रिप्रेजेन्टेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (RRBS)
रिड्युस्ड रिप्रेजेन्टेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (आरआरबीएस) डीएनए मेथिलेसन अनुसन्धानमा होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (WGBS) को लागत-प्रभावी र प्रभावकारी विकल्पको रूपमा उभिएको छ। जबकि WGBS ले एकल आधार रिजोल्युसनमा सम्पूर्ण जीनोम जाँच गरेर व्यापक अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ, यसको उच्च लागत एक सीमित कारक हुन सक्छ। आरआरबीएसले रणनीतिक रूपमा जीनोमको प्रतिनिधि भागलाई छनौट गरी विश्लेषण गरेर यस चुनौतीलाई कम गर्छ। यो पद्धति MspI क्लीभेज द्वारा CpG टापु-समृद्ध क्षेत्रहरूको समृद्धिमा निर्भर गर्दछ र त्यसपछि 200-500/600 bps टुक्राहरूको आकार चयन। फलस्वरूप, केवल CpG टापुहरूको निकटतम क्षेत्रहरू क्रमबद्ध छन्, जबकि टाढाका CpG टापुहरू भएकाहरूलाई विश्लेषणबाट बहिष्कृत गरिएको छ। यो प्रक्रिया, bisulfite अनुक्रम संग संयुक्त, DNA मेथिलेसन को उच्च-रिजोल्युशन पत्ता लगाउन अनुमति दिन्छ, र अनुक्रमण दृष्टिकोण, PE150, विशेष गरी मध्यको सट्टा सम्मिलितहरूको छेउमा केन्द्रित हुन्छ, मेथिलेसन प्रोफाइलिङको दक्षता बढाउँछ। RRBS एउटा अमूल्य उपकरण हो जसले लागत-प्रभावी DNA मेथिलेसन अनुसन्धानलाई सक्षम बनाउँछ र एपिजेनेटिक मेकानिज्महरूको ज्ञान बढाउँछ।
