बिरुवा / पशु सम्पूर्ण जीनोम अनुक्रमण
सेवा सुविधाहरू
● पुस्तकालय तयारी मानक वा PCR-रहित हुन सक्छ
● ४ सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्महरूमा उपलब्ध: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, वा PacBio Revio।
● जैव सूचनात्मक विश्लेषण भेरियन्टहरूको पहिचानमा केन्द्रित: SNP, InDel, SV र CNV
सेवा लाभहरू
●विस्तृत विशेषज्ञता र प्रकाशन रेकर्ड: 1000 भन्दा बढी प्रजातिहरूको लागि जीनोम अनुक्रमणमा संचित अनुभवको परिणामस्वरूप 5000 भन्दा बढीको संचयी प्रभाव कारकको साथ 1000 प्रकाशित केसहरू छन्।
●व्यापक जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण: भिन्नता कल र प्रकार्य एनोटेसन सहित।
● बिक्री पछि समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता 3-महिना पछि-बिक्री सेवा अवधि संग परियोजना समाप्ति बाहिर विस्तार छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरू सम्बोधन गर्न परियोजना फलो-अप, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रस्ताव गर्दछौं।
●व्यापक एनोटेशन: हामी पहिचान गरिएका भिन्नताहरूका साथ जीनहरूलाई कार्यात्मक रूपमा एनोटेट गर्न र बहुविध अनुसन्धान परियोजनाहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दै सम्बन्धित संवर्धन विश्लेषण गर्न बहु डेटाबेसहरू प्रयोग गर्छौं।
सेवा विशिष्टताहरू
| भेरियन्टहरू पहिचान गर्न | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको गहिराई |
| SNP र InDel | Illumina NovaSeq PE150 वा MGI T7 | 10x |
| SV र CNV (कम सटीक) | ३०x | |
| SV र CNV (अधिक सटीक) | नानोपोर प्रोम P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV र CNV | PacBio Revio | 10x |
नमूना आवश्यकताहरू
| ऊतक वा निकालिएको न्यूक्लिक एसिड | Illumina/MGI | नानोपोर | PacBio
| ||
| पशु भिसेरा | ०.५-१ ग्राम | ≥ 3.5 ग्राम
| ≥ 3.5 ग्राम
| ||
| पशु मांसपेशी | ≥ ५ ग्राम
| ≥ ५ ग्राम
| |||
| स्तनधारी रगत | १.५ एमएल | ≥ ०.५ एमएल
| ≥ 5 एमएल
| ||
| कुखुरा/माछाको रगत | ≥ ०.१ एमएल
| ≥ ०.५ एमएल
| |||
| बिरुवा - ताजा पात | 1-2 ग्राम | ≥ 2 ग्राम
| ≥ ५ ग्राम
| ||
| सुसंस्कृत कोशिकाहरू |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| कीरा नरम तन्तु/व्यक्तिगत | ०.५-१ ग्राम | ≥ 1 ग्राम
| ≥ 3 ग्राम
| ||
| डिएनए निकालियो
| एकाग्रता: ≥ 1 एनजी / μL रकम: ≥ 30 एनजी सीमित वा कुनै गिरावट वा प्रदूषण
| एकाग्रता रकम
OD260/280
OD260/230
सीमित वा कुनै गिरावट वा प्रदूषण
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/प्रवाह सेल/नमूना
१.७-२.२
≥१.५ | एकाग्रता रकम
OD260/280
OD260/230
सीमित वा कुनै गिरावट वा प्रदूषण | ≥ ५० एनजी/ µL 10 μg/प्रवाह सेल/नमूना
१.७-२.२
१.८-२.५ |
| PCR-मुक्त पुस्तकालय तयारी: एकाग्रता≥ 40 एनजी/ µL रकम≥ 500 एनजी | |||||
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
डाटा वितरण
निम्न विश्लेषण समावेश:
- कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
- सन्दर्भ जीनोममा पङ्क्तिबद्धताको तथ्याङ्क
- भेरियन्ट पहिचान: SNP, InDel, SV र CNV
- भेरियन्टहरूको कार्यात्मक एनोटेशन
सन्दर्भ जीनोममा पङ्क्तिबद्धताको तथ्याङ्क - अनुक्रम गहिराइ वितरण
धेरै नमूनाहरू बीच SNP कल
InDel पहिचान - CDS क्षेत्र र जीनोम-चौडा क्षेत्र मा InDel लम्बाइ को तथ्याङ्क
जीनोम भरि भिन्न वितरण - Circos प्लट
पहिचान गरिएका भेरियन्टहरूको साथ जीनको कार्यात्मक एनोटेशन - जीन ओन्टोलजी
चाइ, Q. et al। (2023) 'A glutathione S-transferase GhTT19 ले कपासमा एन्थोसायनिन संचयलाई नियमन गरेर फूलको पंखुडी पिग्मेन्टेशन निर्धारण गर्छ', प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, 21(2), p। 433. doi: 10.1111/PBI.13965।
चेंग, एच एट अल। (2023) 'क्रोमोजोम-लेभल वाइल्ड हेभिया ब्रासिलिन्सिस जीनोमले जीनोमिक-सहायता प्रजननको लागि नयाँ उपकरणहरू र रबरको उपज बढाउन मूल्यवान लोकी प्रदान गर्दछ', प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, 21(5), pp. 1058-1072। doi: 10.1111/PBI.14018।
ली, ए र अन्य। (2021) 'जेनोम अफ द ईस्टुरिन ओइस्टरले जलवायु प्रभाव र अनुकूली प्लास्टिसिटीमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ', संचार जीवविज्ञान 2021 4:1, 4(1), pp. 1-12। doi: 10.1038/s42003-021-02823-6।
Zeng, T. et al। (2022) 'चिनियाँ स्वदेशी कुखुरामा समयसँगै जीनोम र मेथिलेसन परिवर्तनहरूको विश्लेषणले प्रजाति संरक्षणमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ', सञ्चार जीवविज्ञान, 5(1), pp. 1-12। doi: 10.1038/s42003-022-03907-7।
